海上运输
日清战争是日本近代大规模越海作战的第一次尝试，海上运输成为渡海战争的最大课题。参谋本部和陆军省决定征用民间船只运兵，从日本邮船会社征得汽船12艘，从大阪商船会社征得汽船2艘，其中军需物资及通信物资用船4艘，计24,487吨。当时日本拥有日籍汽船378艘191,491吨；外国造汽船64艘109,817吨。国产内航船106艘52,817吨；近海航船208艘28,786吨。船队航线，北路到海参崴；南路到夏威夷、南洋诸岛；西路到朝鲜、上海、香港、孟买等地。由于船只征用难以适应作战需要，陆军大臣决定增购1,500—3,000吨位的汽船10艘，计18,099吨。7月12日至9月17日，汽船陆续交货，全部贷与日本邮船会社，投入军需运输。
8月下旬，日军赴朝兵力输送量激增，陆军征用船只数达到40艘73,726吨，海军拥有的6艘汽船全部配与巡洋舰补给使用。10月，海军另外追购6艘汽船29,036吨，其中5艘归属海军，1艘归属陆军，全部贷与民间会社运行。随着战争的全面展开，民间航运业者纷纷求购汽船，业界出现相互竞争的局面。10月，第二军花园口登陆作战，民间提供征用船63艘113,372吨；1895年7月，海外部队回归及台湾作战，民间增加提供征用船38艘，民间船只合计101艘195,197吨。日清战争军内外征用汽船总数为，陆军112艘212,636吨；海军24艘45,750吨；另外征用帆船7艘4,619吨，专门用于向国内运送缴获的兵器、弹药等战利品。战时军事运输结果显示，日军渡海作战的船舶吨数明显不足。在兵力、物资运输缓慢的情况下，日军仍然取得花园口、荣城湾登陆作战的成功，主要应归结于联合舰队取得制海权，确保了海上运输通道的畅通。
运输通信支部
战地输送任务，由兵站开设的运输通信支部担任，负责将战斗兵力和物资送至指定作战地域。1894年6月8日，宇品开设运输通信支部，输送先头部队混成第九旅团。6月15日下关的兵站兼停泊场，接受运输通信支部的任务。第九旅团在朝鲜登陆后，兵站监部开设“现地临时运输通信支部”，运送部队前往朝鲜京城，临时运输通信支部的任务一直持续到第一军登陆。10月4日，第一军开设现地运输通信支部，掌管向大同江方面的输送业务。27日，南部兵站监部在渔隐洞开设运输通信支部，负责耳湖浦、大东沟、大孤山方面军用物资的登陆运输。11月13日，第二军兵站监部在花园口柳树屯设立运输通信支部，负责人马、军需品的登陆及患者的送还业务。1895年，运输通信支部在旅顺口设立出张所（派出所），执行旅顺半岛作战军前往山东的运送任务，并随军在登陆地龙睡澳设置出张所。3月1日运输通信支部从威海卫返回旅顺口，会同柳树屯运输通信支部筹备直隶决战。4月初，旅顺口运输通信支部分别在耳湖浦、大孤山、营口设出张所，为辽河平原作战提供支援。近卫师团台湾作战时，在基隆设立运输通信支部，逐次在淡水、澎湖岛、安平、打狗等处设置出张所。1896年3月31日，运输通信长官部宣布关闭这一支部，剩余业务移交台湾临时陆军运输通信部继续完成。
日清战争期间，运输通信诸机关从1894年6月至1896年3月31日，从内地发出的人员约360,100人，马约35,900匹；向内地回送的人员271,500人，马约20,200匹；以及发送、回送大量军需用品。
战时炊事供给
宣战前夜的1894年7月31日，日军颁布第33号敕令，规定战时人员、马匹的供给条例——《出征人马粮秣定量》。其中野战粮秣规定，战时供给分“寻常粮秣”和“携带粮秣”两种。“寻常粮秣”是战时粮秣的总称，包括后方安全地域的供给标准“完全定量”和前线供给标准“携行定量”。“携带粮秣”指战场作战单元携带的口粮。步兵大队携行粮食中，各兵员随身携带两天的定量，主食为精米6合或干面包（约900克），副食有盐或咸梅干、鱼菜干等。“大行李”携带1日定量、兵站纵列携带3日定量，兵员“携带粮秣”合计总量为6日定量。
