此时，朝廷各班大臣上奏高宗：“近日局势紧急，东学党若只有数千，我讨伐兵尚可以剿灭，然如今贼人达数万之众，剿灭显然已是空话。农民军虽系乌合之众，但其势难以抵挡，朝廷只能劝说招安归顺。全罗道、庆尚道、忠清道乃国之粮仓，绝不可失。朝廷可派大臣敕使前往，对贪官猾吏行刑，除之以平民愤，乱民便可一朝退散。”闵泳骏反驳道：“哪里有贪官猾吏，现今刁民者皆称自己冤罪。听说那赵秉甲遇袭之日早已去向不明，朝廷即便派遣特使，如何行刑服众。诸臣招安之说只能是姑息养奸，陛下若图安治国、平定乱局，应立即向清国借兵剿灭乱党。”高宗斥责闵泳骏，同意诸大臣的请奏，说道：“闻听东学教徒乃以忠孝为本，为何说臣民为乱党？”遂委任金鹤镇为全罗道监司，携带镇抚谕旨前往农民军阵营招降。结果事与愿违，东学党没有接受朝廷的怀柔政策，农民军乘胜占领了全州府，庆尚道、忠清道、平安诸道农民也纷纷蜂起北上，意欲总攻京城，形势迫在眉睫。5月31日，朝廷接到全州城陷落急报，朝堂大臣皆大惊失色，一致同意向清国借兵镇压乱党。6月1日，领议政总理大臣在请求清国援兵的公文上签字，由于朝廷内对引进外兵入境仍存异论，文书没有立即送交袁世凯府邸。此间，洪启薰招讨使再上疏朝廷，呼吁若无外兵救援，则东学乱党不灭，李氏江山难保。朝鲜近代史上最大的内乱，甲午农民起义进入了关键的历史阶段。
6月2日，日本驻朝鲜临时代理公使衫村濬，派遣公使馆书记生郑永邦探访袁世凯，打探朝鲜是否已经请求清国出兵一事。袁道：“双方已经达成内定意向，公文尚未到手。公文一旦取得，待命部队即可出兵。贵国对出兵朝鲜有何见解？”郑：“日本政府对朝鲜从无他意。”郑永邦返回公使馆，立即将袁世凯谈话禀告了衫村，同时给外务省发出“朝鲜政府有请求清国派遣军队之意向”的急电。当日，日本政府即召开临时内阁会议商讨朝鲜局势，会议认为朝鲜壬午军乱和甲申政变失败以及目前东学党起事，均以排斥洋倭为宗旨。日本在朝鲜的政治地位正受到沉重打击，东学党起义必将危及我驻朝公使馆和本邦8,825名侨民的安全。会议一致通过保护驻朝公使馆和在朝国人安全出兵朝鲜的议案。
6月3日晨，衫村公使亲自拜访袁世凯，围绕朝鲜借兵之事谈话达3小时。袁：“眼下要想维持东洋和平，当务之急是镇定朝鲜之乱。东学乱党是政府及地方官恶政的结果，政府官员的惩戒应首当其冲，若放任自流，镇定乱党就是空话，届时朝鲜势必受外国势力干涉，成为各国争夺的是非之地。依拙者所见，无论朝鲜政府如何施政，当前首要的是镇定乱民，防止外国干涉招惹祸端。”衫村故意试探袁世凯，“贵国出兵，那我国也不能不出兵，实在令人为难啊。”闻其所言袁世凯顿时面色大变，说：“为何贵国需要出兵？”衫村：“为了保护我公使馆和在朝鲜的居民。”袁：“我国援兵是为了镇定乱民，丝毫不会危及贵国人民的安全，贵国无需出兵。”衫村：“朝鲜政府自己不能镇定乱民，既然要向外国借兵，那我国人民依靠外国兵保护岂能安心。而且现在朝鲜国尚无正式请求贵国保护，我国出兵亦在情理之中。”袁：“如果贵国出兵，那么就会招来其他外国军队进入京城，此乃祸乱之端，朝鲜国王是不会欢迎的。”衫村为消除袁世凯的警觉，笑曰：“此乃笑谈，仅仅是余之空想所思，切望阁下不必多虑，贵国如确定出兵勿请阁下转告我国。”在衫村濬看来，袁世凯表面上公平理论，实则满腹野心，企图通过援兵入境进一步明确清国和朝鲜的宗属国关系，为自己建功立业。袁口口声声丝毫不会伤及日本官民，可1882年朝鲜“壬午事变”时，正是袁派出清兵杀伤日本官民，此人系阴险无信用之人。
6月3日，朝鲜政府请求清国派兵的正式公文送到，袁世凯立即电告李鸿章，并把与衫村濬的会谈情况作了报告，强调：“当前日本国内多事，即便日本出兵不过也是以保护公使馆名义派遣区区百余兵力罢了，对清国出兵不会构成威胁。”李鸿章赞同袁世凯的建议，决定派兵入朝，随即电告总理衙门转奏折与帝，光绪圣旨云：“李鸿章电奏已悉，此次朝鲜乱匪聚党甚众，清国派兵助剿，地势敌情均非素习，必须谋出万全，务操必胜之势，不可意存轻视，如需厚集兵力，即著酌量添调，克期续发，以期一鼓荡平，用慰绥靖藩服至意。”当夜衫村代理公使再访袁世凯，探问：“贵国如果没有朝鲜请求援兵之公文，乱民将对汉城构成威胁，清国有何对应。”袁：“朝鲜政府已经下达请求我朝援兵公文，清国准备派发1,500人兵力赴朝镇定东学民乱。”
