陕西的起义农民被淹没在血泊中后，明廷即着手加强山西的围剿力量。崇祯五年十二月初七日，临洮总兵曹文诏奉命和部将马科、曹变蛟等人一道，带领“逐一挑选、屡经战阵”的马步兵丁三千五百人由甘肃庆阳开拔，经潼关渡河，前往“山西蒲州、河津贼聚等处，转至平阳、潞安一带各贼四犯地方”(51)。明廷对曹文诏部入晋会剿寄予很大希望。朱由检亲自批准给他先加升一级，授权“节制秦，晋诸将。”(52)马科、曹变蛟等也分别升官以资鼓励。统治者希冀把陕西的战果扩大到山西，一场围歼山西起义军的战斗就要开始了。
为了对付鏖集山西的官军，起义军采取了避实就虚的策略。崇祯六年正月，他们东跨太行山进入畿辅地区，出现在顺德（今河北省邢台地区）、真定（今正定）两府境内。这使明政府深感不安。给事中孟国祚上言说：
“畿南咽喉重地，顺德为大平原，千里直走京师，非有河山为之蔽也。今晋有曹文诏、张应昌；豫有左良玉、邓玘，贼将何之乎？昔之秦驱于晋，晋驱于豫者，今转而驱之顺德矣。”(53)
为了堵御起义军进入畿南平原地带，保护京师的安全，明廷急忙抽调通州兵二千，昌平兵二千，会同保定总兵梁甫部八千人，配合大名兵备道卢象升和山西官军夹剿。
在同官军作战中，起义军充分发挥了流动作战的优越性，他们在晋、冀、豫三省接境地区不断转移，避开官军的重兵，相机出击。这就使官军处于被动挨打的地位，统治阶级内部的矛盾也激化了。兵部指责“河南不塞太行之险，揖贼使入，不得无罪。”(54)河南的乡绅们向朝廷请求，由陕西总督洪承畴兼管山西、河南军务。兵部同意了这个方案，认为可以统一事权，防止各省互相推诿，便于全面部署对起义军的围剿。兵部还建议洪承畴移驻三省交界的潼关，监制山西、河南二巡抚和曹文诏、邓玘、张应昌三总兵。可是，这时朱由检还不愿意让臣下掌握较大的权力，没有同意。他把起义军活跃于三省归咎于官军作战不力，派太监陈大奎、阎思印、谢文举、孙茂霖为内中军，分别出任曹文诏、张应昌、左良玉，邓玘四镇的监军。这件事进一步暴露了朱由检独夫民贼的反动本质。他的统治越是不稳，就越不相信人。在他看来，太监是自己身边的亲信，派到军中充当耳目，可以防止文武官员的欺蒙。实际上，宦官们擅长的只是巧言令色骗取皇帝的信任，借以招权纳贿。在军事上他们完全是外行。所谓“监纪功过”，不过是给他们提供一个发财的机会罢了。地方上的文武官员，为了让他们在皇帝面前说点好话，从贪污所得中分给一些油水，也就串通一气，互为表里了。以惩治阉党而一度博得好评的朱由检，在失望之余，终于走上了万历、天启两朝重用宦官的老路。
起义军在畿南地区同官军作战互有胜负。由于当时起义农民的力量还敌不过官军，华北大平原上又无险可据，在朝廷逐渐加强这一带防守力量以后，起义军就转入太行山区。明潞王分封在卫辉府（府治在河南汲县），他眼看农民军在豫北的力量越来越大，封地岌岌可危，乃上疏告急，请求朝廷“早行剪薙，毋轻视贼。”(55)朱由检特命倪宠、王朴任总兵，太监杨进朝、卢九德为监军，统京营兵六千往豫北征讨义军。官军倚仗优势兵力，逐渐把起义军主力压缩在河南省的黄河以北地区。明政府以为北有重兵，南扼大河，可以把起义军消灭在这里。
