六、李自成起义军大发展的经过。
七、李自成建立政权的经过：崇祯十五年冬在河南各地建立地方政权；十六年春建立襄阳政权（开始有中央机构）；十七年（1644，即大顺永昌元年）在西安建立大顺政权；同年大顺军占领整个黄河流域（包括北京在内），从西北到山东沿海都派设了各级地方官员。
八、不同意所谓的李闯式“流寇主义”。
九、不同意把大顺军失败归因为进入北京后的“腐化变质，追求享乐”。
十、支持并补充论证了李自成牺牲于湖北省通山县九宫山麓，认为李自成出家的说法根本不信。
以上详细论点见《明末农民战争史》及相关论文。
《明末农民战争史》交稿后，立即开始了《南明史》的写作。由于在《明末农民战争史》前言里说明了要续写《南明史》作为“姐妹篇”，出版社也同意，并签订了合同，约定交稿时间。大约写了一半左右，中国社会科学出版社文史编辑室突然通知我，邓立群指示他们集中力量出版《当代中国》丛书，其他书一律推迟，南明史可以“慢慢写”。正好我早就对明代的卫所问题非常关心，既然《南明史》可以推迟交稿，集中一段时间来探讨卫所问题未尝不是个机会。于是，在教学之余把科研的重点放在卫所的问题上，继续搜集材料进行研究。从1986年起，先后在《中国社会科学》、《历史研究》、《北京师范大学学报》上发表了四篇文章，题为《明前期耕地数新探》、《论明帝国的管理机制》、《谈明代的卫籍》、《卫所制度在清代的变革》。在这几篇文章里基本上描绘了我的看法。主要论点是：
一、明代的卫所并不像一般史学著作中描述的那样仅仅是明中期以前的一种军事制度，其特点可归纳为：1.它是明帝国建立的一种军事体系，长期承担帝国的军事职能；2.卫所在很大程度上是一种“地理单位”，就是说大多数卫所管辖着大小不等的土地，这些土地不归行政系统的布政使司、府、州、县管辖；正因为明代疆土分别归行政系统（六部——布政使司、直隶府、州—府、州—县）和军事系统（五军都督府——都指挥使司、行都指挥使司、直隶卫——卫、直属都司的千户所——千户所）分别管理，所以存在着两种“地理单位”。这两种“地理单位”都属于明帝国的版图，并且可以互相转换，即行政系统的府、州、县可以改为军事系统的卫、所；卫、所也可改为或划出一部分辖区归府、州、县。在明朝建立之初是把大批元朝设立行政机构的地方改为都司、卫、所；明中期以后特别是在清代则是把卫、所改为或并入府、州、县。我称之为“地理单位的可转换性”。
二、明太祖为了解决军队的自足自给问题，大力推行屯田，元末战乱之后出现大量荒田，卫所制度建立后，根据朱元璋的命令各卫军士按不同比例分拨屯田。卫所的耕地不仅包括军士的屯田，还包括划归卫所管辖的民户耕种的田地。这些耕地的数字不在户部管辖之下，所以《明实录》中绝大多数年份记载的“是年天下田地数”都没有包括卫所辖区的耕地数；换句话说这个数字只是十三布政使司和南、北直隶府、州的数字。根据这一基本论点，我就史学界长期讨论的明初耕地数提出了自己的看法。过去，日本史学家清水泰次教授在本世纪二十年代发表文章对明初洪武年间的耕地数作了研究，他认为洪武年间两种不同记载：《明太祖实录》中记载洪武十四年的耕地数为三百六十余万顷，洪武二十四年为三百八十余万顷：而洪武二十六年三月编成的《诸司职掌》却记载全国耕地数为八百四十九万余顷(有各布政司和直隶府、州分项数)，为什么会出现这两个相差一倍以上的“权威性”数字？清水先生认为《明太祖实录》里记载的只是田、地数，而不包括山地、湖荡滩涂地，而《诸司职掌》则包括了田、地、山、荡各种土地。所以才出现两种不同的统计数字。到四十年代，日本藤井宏教授经过查阅大量地方志，明代各地的耕地数都包括田、地、山、荡在内，并没有只统计水田和旱地的。因此，他提出另一种解释：明初根据朱元璋的命令各地既调查了实际耕种的土地数，也调查了可供开垦的土地数。《明实录》中的数字是实际耕种的土地数，《诸司职掌》中的数字则为实耕地与可耕地之和。换句话说，只有《明实录》中的记载才是真实的，洪武年间的耕地不到四百万顷，此后明代耕地数虽有增长，到明中期仍在四百余万顷徘徊，直到万历初年张居正厉行清丈田地才查出隐占的耕地，全国的耕地数上升至七百零一万顷。藤井先生的观点得到国内外多数学者的赞同，成为流行甚广的说法。中山大学的梁方仲教授则持另一种观点，他认为明初之所以有两种全国耕地统计数是由于大小亩的关系，即丈量的方法不同，用通常的二百四十步为一亩(即小亩)来统计数字自然大得多，这就是八百四十九万顷数字的由来；而有些地方习惯上通行大亩(自三百六十步为一亩至七百二十步为一亩不等)，按这种方法去统计数字必然小得多。吴晗先生在《明初社会经济的发展》一文中列举了洪武十四年和洪武二十四年不到四百万顷的数字，接着写上《诸司职掌》中所载洪武二十六年的八百四十九万顷，据此断言洪武年间经过多年垦荒和审核耕地数有大幅度增长。其实，洪武二十四年距洪武二十六年三月不过一年多，何况明帝国的版图早已奠定，全国耕地面积增加一倍以上是绝对不可能的。按我的观点，明初的耕地数应以《诸司职掌》的记载为准，因为它包括了行政系统和军事系统管辖的全部耕地在内(《诸司职掌》是由朱元璋亲自下令编制，编成后又经他审定，然后才颁发给内外各衙门的，绝不可能出现重大错误；但是，朱元璋出于对军事保密的考虑，把军事系统的都司、卫、所管辖的耕地数全部隐藏在行政系统的布政使司里面，这可以从两点来证明：一、河南、湖广二布政司的数字出奇地庞大；二、贵州、云南以及辽东、陕西以西的广大地区竟然连一亩耕地都没有)。即在洪武后期全国耕地数为八百五十万顷左右。整个明代耕地数都在八百多万顷以上（如明实录内绝大多数年分记载耕地数多为四百余万顷，可是在《明孝宗实录》里从弘治元年到十七年每年年底的耕地数都是八百余万顷，弘治十八年孝宗去世，武宗即位，耕地数又突然降到四百多万顷： 而弘治年间修撰的《大明会典》却在“土田”项下先引《诸司职掌》的数字，然后记载弘治十五年全国耕地数为四百二十二万余顷。可见明中期官修权威文献中仍有两种不同记载)。到万历九年，张居正清丈全国耕地的结果为七百零一万顷，可是在《明神宗实录》里记载万历三十年全国耕地数高达一千一百余万顷，这是明代史籍中出现的最高耕地数。如果我们以洪武后期代表明初，弘治年间代表明中期，万历年间代表明后期，那么，就都能发现有两个不同的数字，二者之间相距四百余万顷。这四百余万顷正是军事系统卫所管辖的耕地数字。总而言之，明代从洪武后期起，全国耕地一直保持在八百万顷以上；而到万历后期已增长到一千一百余万顷。
三、明代的卫籍。洪武年间朱元璋建立卫所制度时，规定官军到达指定卫所后立即盖房、屯田。待到屯种收获的粮食自给有余时，即将在原籍的妻子、儿女(少数也有父母、兄弟)接来卫、所；未婚者由原籍军户(即其父母、兄弟等亲属)代为娶妻送至卫所(若其家贫困无力娶妻，由邻里资助)。卫所官、军既有产业(住房、屯田)，又有妻子同住，指定卫所又往往与原籍相距甚远，未经允许不得擅自回乡，几代以后就同祖军原籍的亲属关系越来越疏远，而在卫所繁衍的后裔却越来越多。祖军的后裔因世代居住于卫所，逐渐演变成卫籍的主体(军官的长子袭承父职，次子以下为舍人；旗、军的长子亦须承袭，次子以下为军余；官、军的女儿大抵在卫所内婚配)：由于划归卫所管辖的地区常常有多少不等的原住民籍户口，这些人口因隶属关系也成为卫籍的组成部分。卫籍的官军后裔一般是知道自己的祖军原籍的，但他们在制度上已经成为卫所的居民，比如卫籍人士参加科举考试只能到与卫所相关的布政使司去参加乡试，而不能去祖军原籍应试。自然，这同卫学的广泛建立有密切关系。明中期以后，卫籍人士通过科举出任官职的人相当多，然而在史传中记载他们的籍贯时却往往呈现混乱，有的用卫籍所在地，有的则沿用其人的祖辈原籍。
