长者介绍完，他说这就是摩尼教的二宗三际，我们的宇宙建立起来只是为了拯救灵，我们的灵被肉所囚禁，一切的争斗都毫无意义。独孤媚珠说她还是不明白什么是二宗三际，长者说二宗就是光明和黑暗，三际就是过去、现在、未来，其实都是一体的。他继续说，自从摩尼明尊开始，历任明尊不断扩展摩尼教，曾经传遍从罗马到中国的整个亚欧大陆，受到迫害后，分别在中国转入道教，就是明教会，在罗马转入基督教，就是清洁教派。现在摩尼教面临着最大的危机，清洁教派在西方的起义被十字军镇压，明教会帮助朱元璋打下天下后就被取缔，他就是新一任明尊。
朱允炆和伊莎贝拉都感觉人生若浮云，决定皈依摩尼教，学习古叙利亚语，诵读摩尼教七大经典，加上《二宗经》，重振摩尼教。明尊教给他们各种法术。朱允炆和伊莎贝拉在桃花园中耳鬓厮磨，逐渐产生感情，在独孤媚珠的撮合下，他们喜结连理，明尊亲自主持婚礼，祝他们龙生九子和九个缪斯。
在他们精通摩尼教经典后，明尊带建文帝朱允炆、伊莎贝拉公主、独孤媚珠及十二个弟子到帕米尔高原的一座山丘，从一个秘密入口进入曲折的山洞，走了许久就豁然开朗。明尊点亮洞窟四周的火，他们发现整个洞窟仿佛一个倒扣着的巨大金钟，四周有十二个大门，他们正是从其中一个大门中进来的。洞窟中间的凹陷中有一个高台，上面是一个大太极图，太极图的四周是八个座位，八个座位下面又各有八个座位。洞窟顶部有三个圆形洞，四壁还有二十八个小门。明尊带他们到中间，见太极图的中心有一个圆孔，两个阴阳鱼上也各有一个圆孔。
明尊跟他们说这阴阳象征摩尼教的光明、黑暗二宗，洞顶的三个圆形洞象征过去、现在、未来三际，十二大门象征十二星座和十二地支，二十八小门象征二十八宿。摩尼教明尊让弟子把建文帝朱允炆和伊莎贝拉公主的事迹刻在一块石头上，一面用拉丁文，一面用文言文。二人问这是干什么，明尊说将来你们的子孙会找到这里的，这洞中就蕴藏着时间地轴的秘密。二人现在就要启动时间地轴，明尊说五百年后才会出现王者，让他们好好抚养后人。从洞窟出来后，明尊让人分别用建文通宝铜币和曼努埃尔金币做机关的触点，一拉通道就能打开。
明尊又带他们分别向西到撒马尔罕，向东到敦煌，那里同样有秘洞可以进入，里面有阴阳图、三个洞窟、十二大门、二十八小门，在里面同样立拉丁文和文言文的碑来记述二人的事迹，出来同样在十二个入口中以建文通宝铜钱和曼努埃尔金币标志。
