在毛泽东讲话时，江青倚仗她的特殊身份，未作一句检讨，并不时在会上插话，引起毛泽东的不快。他面色严峻，一句一顿地告诫江青：“不要随便，要有纪律，要谨慎，不要个人自作主张，要跟政治局讨论，有意见要在政治局讨论，印成文件发下去，要以中央的名义，不要用个人的名义，比如也不要以我的名义，我是从来不送什么材料的。”
第二天，周恩来在医院同正式开始主持中央日常工作的邓小平商议，根据毛泽东的指示，需在政治局内进一步批评“四人帮”。随即，他伏案写下书面意见，表示“同意小平意见”，支持由邓主持政治局会议批评“四人帮”。
为确保开好批评“四人帮”的会，周恩来不顾身体极度虚弱，又亲笔致信中央政治局成员，提议应进一步讨论吃透毛泽东5月3日的讲话，尤其应搞清楚有人带头批“经验主义”的问题。对此，最早提出批“经验主义”的张春桥心怀鬼胎，发表异议说，周总理信中“有些话不确切”。周恩来毫不退让，以张春桥3月1日在总政讲话和三四月间军内各单位对张讲话的反应的事实，回击张春桥对反“经验主义”问题的狡辩。在铁的事实和周恩来的有力批驳面前，张春桥不得不有所收敛。
5月27日和6月3日，在邓小平主持下，中央政治局连续开会，讨论毛泽东5月3日讲话，对“四人帮”进行严厉批评。会上，邓小平、叶剑英再作长篇发言，对江青、张春桥等人多次攻击、诋毁周恩来的做法逐一揭露，连发质问。邓小平以坚决的口吻说道，对这些问题，应当讲清楚，“不讲明白，没有好处”。
迫于形势，王洪文不得已作了一些“检查”。而江青等则拒绝检讨，甚至还试图否认“四人帮”存在的事实。
事后，当邓小平向毛泽东汇报政治局会议情况时，毛泽东称赞道：“我看有成绩，把问题摆开了。”“他们几个人（指'四人帮'）现在不行了，反总理、反你（指邓）、反叶帅……现在政治局的'风向'快要转了。”最后，毛泽东满怀期望地对邓小平提出：“你要把工作干起来！”邓小平坚定地表示：“在这方面，我有决心就是了。”
由于“四人帮”的干扰破坏，整顿军队工作被迫中断。但是，这次整顿思想已深深扎根在广大指战员的心田之中，使人们在危难之中，坚定了必胜的信念，迷途之中看清了方向
中央军委扩大会议冲破“四人帮”重重阻力和干扰终于在6月24日至7月16日在北京召开。这次会议与1967年4月的军委扩大会议已相隔8年多，这是新中国成立以来从未有过的。仅从这一点就说明“文化大革命”内乱对军队建设的破坏是多么严重。
