同时，周恩来深知，江青一伙是什么伤天害理的事都能做得出来的。唯恐这些青少年继续遭受他们的镇压摧残，周恩来出于真诚的爱护，在第二天接着召开的“誓死捍卫毛主席的革命路线、夺取新的伟大胜利誓师大会”上，为了尽早解除江青一伙镇压的借口，劝告各纠察队马上自动解散，他说：“我提议现在各个学校最好取消纠察队这个名字，我希望你们自动取消。纠察队的名字是你们自己起的，我们采取民主的方法，你们自己取消。”
江青终于向“联动”下了毒手，十几岁的娃娃生平第一次走进监狱。孩子们见到周恩来如同见到父母，哭喊声响成一片
江青一伙心毒手狠，悍然下令对“联动”进行大规模的残酷的镇压，他们狡狯地躲在幕后，唆使大学生来斗中学生。就在第二天，12月18日，江青、张春桥、关锋、戚本禹、姚文元及谢富治等，在人民大会堂接见首都红卫兵第一、二、三“司令部”和首都兵团以及一部分大专院校红卫兵代表，煽动他们镇压西城、东城的红卫兵纠察队。
本来，11月20日中共中央刚向全国批转的《北京市委重要通知》说：“任何厂矿、学校、机关或其他单位，都不许私设拘留所、私设公堂、私自抓人拷打，这样做是违犯国家的法律和党的纪律。”同时规定：“如果有人在幕前或幕后指挥这样做，必须受到国法和党纪的严厉处罚。”江青自恃特殊，完全无视这个通知，继续在“幕后指挥”，还把国务院副总理兼公安部部长谢富治找来，一起给这三个“司令部”的非法抓人的犯法行为出点子，使它转为合法化。江青说：“听说你们抓了很多人，我很怕你们走向反面，犯错误。抓来的人，你们可以交给公安部，让他们替你们管，告诉公安人员管好，随叫随到，发生问题由他们负责。”
提起红卫兵纠察队，江青咬牙切齿地说：“红卫兵的纠察队不管是什么样的，都要解散。”她还恶狠狠地说：“北京的这股歪风一定要镇压下去，给全国做个示范。对于那些打人多的，态度不好、年纪大一点的，可以镇压，一定要判死刑；年轻的可以死刑缓期。”关锋说：“把西城区纠察队的后台查出，严重的枪毙！”
有了尚方宝剑，三个“司令部”的“司令”立即对红卫兵纠察队——“联动”大举镇压。谢富治指挥蒯大富、聂元梓等，先后数次调动数以万计的大专院校学生，配合谢富治下令调派的警察，连续对许多中学大包围、大搜捕。最多的一次，1月25日下午4时，谢富治指挥蒯、聂之流调动3万余名不明真相的群众，把“八一”学校围得铁桶一般，把这座具有光荣历史的中学砸得稀烂，逮捕32名同学。2名同情学生的教师也被当做“联动”投进监狱。这次大的搜捕，使得大批青年南下逃亡，引起民众关注。这些被江青所追捕的青少年都是革命后代，周恩来异常痛惜，忧心如焚。有100多名十几岁的“联动”成员，被他们当做“专政对象”关进北京半步桥第一监狱囚禁了3个多月。直到4月22日，才把监狱大门打开，把他们释放出来，送到人民大会堂东大厅的会议室，等候总理接见。
看到周恩来总理走进来，孩子们全都站起来，都像受了委屈的儿女见到了亲人，顿时哭声喊声交织一片。周恩来一边招手，一边审视着这群衣衫褴褛的“小囚犯”，眼睛也湿润了。周恩来挥手让大家坐好，先问：“董良翮在不在？”又问：“谁是孔丹？”他们都满眼热泪，默默地站起来。董良翮是国家副主席董必武的儿子，是董老严守组织纪律，老老实实交出去的（这天董良翮回到家里，董老对他说的第一句话：“你是替我去坐牢呀！”）。孔丹的母亲许明是总理的秘书，因不堪江青的迫害凌辱含恨而死（死后江青还恶狠狠地指控她是“联动”儿子的“后台”）。周恩来对孔丹说：“你父母的情况我都了解，你不要难过，你们是党和人民一手抚育大的，你们是党和人民的孩子，受了挫折不要灰心，要继续跟着党，跟着毛主席干革命。”周恩来讲话的声音低沉。人们看到，他那深沉的目光里饱含着对革命后代的爱怜和一种难言的痛楚。
下令搜捕他们的祸首江青和陈伯达、康生及戚本禹也都在一旁坐着。这次是根据毛泽东的命令释放的。江青等人虽不甘心认输，却也无可奈何。周恩来生怕孩子们再受折磨，这时面向大家，明确地告诉他们说：“你们回去后，不要搞向毛主席请罪的活动，这样不好，这也是毛主席一贯反对的，应当以实际行动跟着党干革命！”
江青一伙在钓鱼台“放火”，周恩来在人民大会堂“灭火”。谢富治虚情假意的关心，激怒了周恩来
“文化大革命”期间，林彪、江青一伙鼓动不明真相的群众怀疑一切，打倒一切，到处煽风点火，制造混乱，以便为他们浑水摸鱼、篡党夺权的阴谋制造条件。周恩来为了稳定局势，维持国家机构的正常运转，保护一大批老干部过关，就处处为他们“灭火”。这一“放火”与“灭火”的斗争，一直到周恩来积劳成疾，因病逝世。
周恩来每次出席较大的群众集会或接见群众代表的时候，都要事先通知中央文革小组派人参加，可是每次他们都找借口不来，或者是故意拖延时间，让周恩来等候很久。周恩来每天工作繁重，日理万机，尤其是那个史无前例的年代，有时几乎连吃饭、睡觉的时间都挤掉了。时间对他来讲是非常宝贵的，可是江青一伙就是这样百般刁难周恩来。1966年12月24日晚上，总理要到北京体育馆参加国家体委批斗贺龙的大会。在这之前，江青、康生鼓动红卫兵到处揪斗贺龙，连他的家也被冲击了，弄得贺老总无处安身，周恩来多次出面保护，还曾把贺龙夫妇接到中南海西花厅自己的家里保护起来。这次在体育馆召开的批斗贺龙的大会，是要保护贺龙“过关”的。讲好大会是7点钟召开，可是到8点多钟，周恩来仍坐在休息室等候“中央文革”的人来，直到他们来了，才一同进入会场。
1966年12月中旬的一天，北航“红旗”一批红卫兵要冲击国防部大楼，叶剑英、陈毅等几位老帅听到这个消息都急了。11月8日，曾经发生过一起外地造反派冲击国防部大楼的事，后来被劝阻了。这次北航“红旗”又要冲击，是受江青一伙人在背后煽动的。国防部是国家军机要地，万一被这伙红卫兵冲击进去，来一番打、砸、抢，后果将不堪设想。周恩来知道后非常着急，一面打电话劝告冲击国防部的红卫兵赶快退出去，又以他的名义起草一封信函，指出冲击国防部是要犯严重错误的。经过多方耐心的工作，才平息了这次事件。
