然而，蒲寿庚在这时却作出了一个重大的选择，他下令关闭城门，不让小皇帝进城。众君臣只好绕道经泉州城郊，继续向东南流窜。1279年，宋军在广东新会与追兵展开最后的决战，宋兵全军覆灭，陆秀夫背负幼主在崖山投海殉国。脉衍300多年的宋王朝自此终结。
南宋灭亡时，是世界上最富有和最先进的国家，蒙古人的入侵导致华夏文明的彻底毁灭，因此有“崖山之后无中国”的叹息。后世学者常常把南宋的失败归罪于统治者的道德沦丧——沉迷于享乐而不思进取。不过，法国学者谢和耐的观点却不同，他认定，“中国崩溃的真正原因其实与道德松弛无关，而似乎更像是在其经济性和社会学的本质之中”。
投靠元朝的蒲寿庚得到了回报，他被忽必烈大汗授予昭勇大将军，任闽广都督兵马招讨使，他在泉州大开杀戒，诛杀南宋宗室3000余人，尸堆成冢。终元一代，蒲家三世显赫，统治泉州达数十年之久，也成为当时最著名的首富家族。在元人笔记之中，蒲寿庚的女婿佛莲也是一个巨商，他拥有大型海船80艘，家藏珍珠130石。
蒲寿庚叛宋投元，被汉人和史家唾为不齿，更成了商人见利忘义、随风使舵的范例，对蒲氏家族的诅咒和惩罚甚至延续到100多年后。在明朝初年，政府曾明确规定“蒲姓子孙不得参加科举考试、不能入朝当官”。（“禁蒲姓者不得读书入仕。”）
不过，他的这一决定不但保全了上百万生灵，更把泉州带上了一段无比辉煌的历史。由于广东的汉人拼死抵抗，元兵血腥屠杀，“三入广，广州始平”，广州港自此一蹶不振，泉州取而代之，成为中国最大的港口，并与亚历山大港并列为当时世界最著名的两大海港。
蒲寿庚对泉州的崛起居功阙伟。在他的主导下，泉州与上百个国家形成了贸易关系，货物贸易十分繁忙，市舶司管理的海船数量一度有15000艘之多。他还在泉州至杭州之间，专门设置了“海上站赤”（即海驿）15站，每站备有海船5艘，水军200人，专门运送从泉州入口的蕃货及贡品。因商贸之繁荣，泉州商人名闻天下，元代学者吴澄记载，泉州是“富商巨贾之窟宅，号为天下最”。
蒙古人在13世纪的崛起，是世界史上的一个重大事件。元朝不但统治了中国，还发动了大规模的西征战争，成为欧洲和东北亚历史的一场梦魇。据国内外学者考证，蒙古大军在全世界屠杀的人数达到1亿人左右，其中约有7000万为中国人，这一项纪录被保存在《吉尼斯世界纪录》中。
元朝是中国历史上第一个由少数民族建立起来的帝国，它的统治将延续到1368年，前后长达98年。在后世的记忆中，这是一个特别黑暗的异族统治时期，在滴血的蒙古战刀的威慑下，汉人战战兢兢地苟活了将近100年。不过在一个人看来，当时的中国却是地球上最最富有的国度，它的繁荣和生动让人心生向往。
1298年，这个叫马可·波罗的威尼斯商人被关在监狱中，无所事事之余，他向狱友罗斯特·切罗口述了他在1271~1295年之间游历东方的传奇故事，其中很重要的内容是他在元朝的经历。这次讲述被编成一部书，就是日后非常出名的《马可·波罗游记》。
