手足口病是全球性传染病，世界大部分地区均有此病流行的报道。
我国自1981年在上海发现本病，以后北京、河北、天津、福建、吉林、山东、湖北、广东等十几个省（市）均有报导。1983年天津发生CoxA16引起的手足口病爆发流行，5～10月间发生了7000余病例；经过2年散发流行后，1986年又出现了以托儿所及幼儿园为主的爆发。1995年武汉病毒研究所从手足口病人中分离出EV71病毒，1998年深圳市卫生防疫站从患者分离出2株EV71病毒。2000年5～8月山东省招远市小儿手足口病爆发，市人民医院接诊患儿1698例，其中男1025例，女673例，年龄最小5个月，最大14岁；3例合并爆发心肌炎死亡。
从近年报告的疫情资料来看，手足口病每年的发病时间高峰位于7月份左右。进入2008年后，手足口病呈蔓延趋势，春季在安徽、广东、天津、宁夏等多地爆发，后得到有效控制。2008年5月全国共报告手足口病万余例，死亡40例。2008年下半年山东菏泽出现部分疫情，但被瞒报，直到2009年三四月迫于舆论当地政府公布疫情。截至4月7日，全国累计报告手足口病例115618例，其中重症773例，死亡50例。
2009年我国手足口病发病处于上升阶段。从今年初到4月7日，全国累计报告手足口病例115618例，死亡50例。从广东省卫生厅获悉，全省今年累计报告手足口病例已有6000多例，预计下月将进入发病高峰期。在死亡病例中，山东荷泽13人、河南商丘11人、河南开封5人。报告病例比较多的是河南、山东、江苏、广西、安徽、广东、河北、湖北、湖南和浙江，这十个省报告的病例数占总病例数的80%。报告病例以婴幼儿为主，5岁以下占到了，3岁以下占到了。今年疫情发病比往年有所提前，主要流行在农村地区。
