清政府善后的进退两难在崇厚身上已有显露。据著名洋务派官僚黎庶昌所记，这位满洲贵族“驻天津近十年，调停于民教之间，人颇讥之。事变之后，崇公出示解散，有严禁聚众滋事之语，由是怨声载道。”清政府只好让崇厚出国避开风头，另择人办理教案。
清政府另选的人就是黎庶昌的老师，时任直隶总督的曾国藩。平定太平军的曾国藩声望正隆，但此时已经抱病，这从农历五月二十五日，清廷“（曾国藩）精神如可支持，着前赴天津”的上谕中显露无遗，同时也说明，在清廷最高统治者心目中，实在也找不出比曾更适当的人选。曾国藩的态度呢？他儿子，即著名外交家曾纪泽后来回忆，“臣的父亲先臣曾国藩，在保定动身，正是卧病之时，即写了遗嘱，分付家里人，安排将性命不要了。”平情而论，大概也不算太夸张。
曾国藩到底老谋深算，二十五日领命，二十九日他即回奏：武兰珍所供之王三，业经庾获，必须讯取确供；武兰珍是否果为王三所使？王三是否果为教堂所养？挖眼剖心之说，是否凭空谣传？抑系确有证据？此两者为案中最要之关键。从此两层悉心研鞫，力求平允，乃可服中外之心。
曾国藩看得很清楚，要对外国人和本国民众都有所交待，首要的问题，就是查清真相。而真相的要害，则在于拨开笼罩在育婴堂上的疑云。
真相并不扑朔迷离
很多人声称寻求真相是其最高目标，仿佛真相高不可攀，实则在多数时候，真相并不多么扑朔迷离，关键在于你对真相是不是叶公好龙。
曾国藩到津后，立即对拿获的王三等人进行审讯。但据黎庶昌说，这几人“皆市井无赖，供词反复狡展，不能定案。”曾国藩又不畏劳苦，亲赴实地查访，其过程，他自己的奏折中说得十分详实：
臣等伏查此案起衅之由，因奸民迷拐人口，牵涉教堂，并有挖眼剖心，作为药材等语，遂致积疑生忿，激成大变。……惟此等谣传，不特天津有之，即昔年之湖南、江西，近年之扬州、天门，及本省之大名、广平，皆有檄文揭贴，或称教堂拐骗丁口，或称教堂挖眼剖心，或称教堂诱污妇女。厥后各处案虽议结，总未将檄文揭贴之虚实剖辨明白。此次应查挖眼剖心，竟无确据，外间纷纷言有眼盈坛，亦无其事。盖杀孩坏尸，采生配药，野番凶恶之族尚不肯为，英、法各国岂肯为此残忍之行？……以理决之，必无其事。天主教本系劝人为善，……即以仁慈堂之设，其初意亦与育婴堂、养济院略同，以收恤穷民为主，每年所费银两甚巨。彼以仁慈为名，而反受残酷之谤，宜洋人之忿忿不平也。至津民所以积疑生谤者，则亦有故。盖见外国之堂，经年扃闭，过于秘密，莫能窥测底里。教堂、仁慈堂皆有地窖，系从他处募工修造者，臣等亲履被烧堂址，细加查勘，其为地窖，不过隔去潮湿，庋置煤炭，非有他用。而津民未尽目睹，但闻地窖深遂，各幼孩幽闭其中。……加以本年四五月间，有拐匪用药迷人之事，适于其时，堂中死人过多，由是浮言大起。”
这一奏折的要点有四：一，经曾氏实地调查，民间甚嚣尘上的洋教士“杀孩坏尸”、“采生配药”，教堂内“有眼盈坛” 云云，并无其事；二，洋教士之育婴系慈善事业，“以收恤穷民为主，每年所费银两甚巨”；三，民众对洋教士的误解也不为无因，教堂“经年扃闭，过于秘密，莫能窥测底里”，说到底，都是不沟通所致；四，天津教案的发生必然中有偶然，适值其时“有拐匪用药迷人之事”，而恰恰育婴堂中又“死人过多” （修女们特别愿意为生病和垂死儿童洗礼，这是育婴堂死亡率较高的重要原因），凑在一起酿成了巨变。
