马丁·路德攻击罗马，一些德意志王侯见猎心喜，是他能幸免于难的另一个原因。当时的德意志并不是一个单一制国家，它是一个由许多小国组成的邦联。罗马教廷在德意志的影响力要大过在英国、法国，这即是部分原因——英国和法国是统一的国家。在德意志，教会握有广大的土地，有些地区甚至占据泰半；剥削人民、聚敛钱财不说，各教区的主教也由教皇任命，这些王公贵族全无置喙余地。若是跟着马丁·路德走，他们便可占据教会土地，任命领地内的主教，对罗马停止金钱捐输，于是，这些王族成了马丁·路德的保护者，并在领土内广建路德的新教教会。日耳曼民族有一半的土地都设有新教教会，路德派教义也从现在的德国北传到了瑞典、丹麦和挪威。英国则是创立了自有的新教品牌，称为英国国教。
两派人马从相残到相容
罗马教廷的敌人很快就变得不止一个。新教教会的形式不一而足，因国家而异。它们在自己的国家里自给自足，建立起一系列教会，天主教会则是个跨越多国的庞大组织。平民百姓在受到马丁·路德和其他改革者鼓励而自己阅读《圣经》后，不久也从中找到批评马丁·路德的理由。在宗教改革运动中，由于再也没有一个统一的权威去诠释《圣经》、监督信仰，新教会不断增设，也不断被淘汰。
一百多年间，罗马天主教和新教就这样互相攻伐，甚至不惜兵戎相见。两方都认为对方大错特错，都不认为对方只是不同种类的基督教，甚至不只是非基督教而已，而是以反基督、真正教会的敌人视之，唯有另一方被消灭，真正的教会才能存续，这种认可杀人的教义引发了屠杀——与其让天主教徒或新教徒去传扬一种完全抵触上帝的训示，而使得他在世间的教会受到伤害，不如把对方给杀了来得好。不过，在互相残杀、谁也没胜过谁的百余年后，两方终于达成长期的休兵协议，包容的观念也逐渐成形。
首先，双方同意某些国家可以信奉新教，某些可以信奉天主教，接着——这是一大跃进——同一国里不同的基督教派也可和平共处，虽然一开始，新教徒和天主教徒对这个可能性都不敢置信。
