自从明末以来，山东一省地方性的农民起义连绵不断，明朝廷的统治已经很不稳固。大顺政权接管该省后，由于实行免赋政策，派遣的官员奉公守法，吏治严明，受到当地贫苦百姓的拥护。原先所谓的“土贼”有的自行解散归农，有的改编为大顺政权的地方武装，一度出现了多年未见的平静局面。大顺军主力西撤后，明朝官绅乘机颠覆大顺地方政权，实行反攻倒算，许多地方的农民又自发地组织武装同官绅势力作对。如靠近北直隶的冠县在大顺县令逃跑后，有“土贼裴守政、马瑞恒、刘桐相等蜂起”，两年后才被清政府镇压下去。胶东地区随着大顺政权的瓦解也陷入一片混乱之中，许多地方在当地义军控制之下，原明朝设置在登州的防抚曾化龙也掌握部分兵力，盘踞地方。五月间，灵山卫义军张大雅、张千出、韩继本，高密县义军单之赏、张宇等部围攻胶州。六月初六日，曾化龙派登州守将滕胤玉等统兵击退义军，解胶州之围。昌邑县土豪李好贤率众向曾化龙投降，张大雅、张千出被擒杀。可是，曾化龙得知清军占领京畿以后，却丢下防守地区，同胶州知州郭文祥一道航海南逃。胶东地区处于无政府状态。清廷在这年秋天任命柯永盛为胶镇总兵，轻而易举地接管了该地。这一地区的义军胶州韩继本，高密单之赏、张宇，即墨黄宗贤、周六、丘尚佐、王尔玺，平度搭毛、翟五和尚、张广等部先后被柯永盛部清军扫灭。《即墨县志》载：“无赖贼郭尔标倡众为乱，诸孽附之。贼之在姑密胶东者亦相与为响应，众十余万，号十四营，环围即墨。”当地绅衿先向明朝官员请援，毫无所得，改向清胶州总兵柯永盛求救，才将义军击溃。其时声势特别浩大的是兖州府、济宁州、曹州府以至沂州府属蒙阴县一带的农民起义。嘉祥满家洞有宫文彩“僭称擎天王，拥贼二万有奇”，傅家楼等地还有马应试（大顺政权授掌旅之职）、李文盛、宋二烟、杨鸿升、杨之华、阎清宇等领导的武装，为众不下数万。在大顺军西撤后，他们仍然“坚事逆闯”，“安心附逆，旗帜之上大书闯贼年号”。顺治元年九月，清山东巡抚方大猷在“为塘报事”揭帖中写道：“嘉祥地方满家洞土寇聚众数万攻破冯家等堡二十余处，杀人不计其数，捕官率领乡兵俱被杀伤，势甚紧急，恐该县被陷……”
面对各地风起云涌的反清运动，清朝委派的官员束手无策，七月间巡抚方大猷在启本中说：“今则无百姓、无官、无兵，而总因无饷。虽奉令旨准免三分之一，部臣王鳌永复推广德意请免新、练二饷。臣又除去荒地，止就成熟者姑征一分。然究竟民无以应也。久已抛弃农业，渐有从贼巢中观望来归，而一旦闻有开征之示，掉臂而返，有以相率从贼为得计者。此开征两字求之一百四州县中不过十数处耳。”方大猷的启本说明了山东百姓留恋大顺政权的免征赋税，才以永昌年号为旗帜奋起抗清，这和当地明朝官绅的动向正好相反。它还清楚地反映了清廷虽然在名义上接管了山东，统治力量却非常单薄。
这年九月二十九日发生了青州之变。事情的经过是，原属大顺政权的一支军队同主力失去了联络，在旗鼓赵应元和投降了大顺政权的明朝官员杨王休率领下来到青州。九月二十九日晨以入城拜会为名，乘机夺门而入。当时清廷委任的招抚山东、河南户、工二部侍郎王鳌永正在城内，赵应元派步兵上城头摆垛，自己带着骑兵直入王鳌永的部堂辕门。王鳌永以为赵应元是率部前来归降，突然看到兵将持刀露刃蜂拥而进，仓皇躲避到上房。后来听见人声鼎沸，“城内震地”，又翻过院墙藏到姓房的乡绅家中。赵应元下令搜捕，“扬言拿获部堂者赏金五十两，拿获部堂下官一员者赏银十两”。王鳌永被军士搜获，赵应元下令把他处斩。
赵应元的收复青州，并不是为了重建大顺地方政权。据文献记载，他自己声称：“我也不愿做皇帝，只是扶立明朝一人。”清山东巡抚方大猷的题本中说他以“拥立衡藩为号召计”，定于十月初八日“扶衡王坐殿”。这位衡王却是个脓包，他在七月间已在王鳌永招诱下向清廷献上降书，惟恐赵应元拥戴复明将召来杀身之祸，只知“涕哭，眼肿如桃”。赵应元为了增强抗清力量，“四门竖旗招兵：有马给银四两八钱，骡兵给银三两八钱，步兵一两八钱，外加一钱”。山东昌乐、寿光等县的抗清武装首领赵慎宽、秦尚行、郭把牌、翟五和尚都派人来青州会商合作事宜。
青州事件发生后，在省会济南的清山东巡抚方大猷惶惶不安，他手头只有兵马六百多人，防守省城还不够，只好请求清廷发“真满洲官兵一万，星夜南驰”。清廷得报知道事态严重，派梅勒章京和讬、李率泰领兵赶赴山东。十月初六日，和讬、李率泰部到达济南，初八日前往青州。早已降清的明青州守备李士元献计智取，他同清廷委任的青州道韩昭宣等官绅暗中勾结，进入青州城内充当说客。李士元对赵应元威胁利诱，劝他转投清方，由巡抚上疏清廷解释青州之变“只以总督虐民诛之，其余不戮一人，今复以全城归命天子，则通侯之赏可立至矣”。赵应元果然受骗，带了甲士数百名出城同清将和讬等会面，双方钻刀歃血对天起誓。当天晚上，赵应元在府城北门的瞻辰楼设筵，大张酒乐。清军按李士元等约定的计划，伏兵城外。席间炮声突发，李士元、韩昭宣和随从当场击杀赵应元、杨王休，赵军大乱。清军拥入城中，格杀招降余党，青州的反清事件遂告失败。
