第二，马士英建议起用阮大铖原意只是报知遇之恩，并没有掀翻“逆案”的意思，比起史可法开“逆案”之禁要保守得多。这点从他在奏疏中为阮大铖开脱“阴行赞导”的逆迹可以得到证明。陈子龙记载他曾劝告马士英不要“犯天下之怒”起用逆案人物阮大铖，马士英回答说：“逆案本不可翻也，止以怀宁一人才，不可废耳。”马士英本是倾向东林的人物，他没有很深的门户之见，爬上首席大学士之后，颇想联络各方面人士，特别是东林—复社的头面人物，造成众望所归、和衷共济的局面。阮大铖废置多年，不甘寂寞，安排适当官职，任才器使，对弘光政权并不会造成多少损害。相形之下，东林骨干的迂腐偏狭令人惊异。他们当中的许多人出仕以来从来没有什么实际业绩，而是以讲学结社，放言高论，犯颜敢谏，“直声名震天下”，然后就自封为治世之良臣，似乎只要他们在位，即可立见太平。实际上根本不是这么回事。甲申夏初，明朝南方官绅处于国难当头之时，东林—复社的主要人物关心的焦点不是如何共赴国难，而是在残存的半壁江山内争夺最高统治权力。排除福王继统的阴谋破产后，他们又出于防微杜渐的考虑惟恐阮大铖起用导致整个“逆案”掀翻。于是，抓住马士英推荐阮大铖一事大闹朝堂。名望甚高的刘宗周九月初三日上疏说：“大铖进退，关江左兴衰。”人们议论明末以来的党争时，往往受东林骨干人士的影响，偏颇特甚。黄宗羲起的作用最为恶劣。他因为反清义士夏允彝的遗著《幸存录》持论比较公允，竟然大动肝火，专门写了一篇《汰存录》痛加驳斥，指责夏允彝“是非倒置”，所著《幸存录》是“不幸存录”。黄宗羲的基本论点只是一句话，东林人士是“君子”，与东林异调者为“小人”。夏允彝书中说：“东林之持论高，而于筹边制寇，卒无实着。”黄宗羲真不愧是刘宗周的弟子，反驳道：“夫筹边制寇之实着，在亲君子远小人而已。”这无异是说，东林—复社人士孜孜以求的正是一派掌权，达不到目的就破口大骂。被东林—复社人士奉为圭臬的刘宗周就是抱着这种态度行事的，他的儿子刘汋记载：“有朝绅为马士英解于先生曰：枢辅甚向慕先生；先生不吝一见，无有不归命者。所贵大君子以其能化小人为君子，今日国事为重，不宜拒绝太深。先生不答。后士英所亲再四言之，先生亦不答。”
李清等人记载：“马辅士英初亦有意为君子，实廷臣激之走险。当其出刘入阮时，赋诗曰：‘苏蕙才名千古绝，阳台歌舞世无多。若使同房不相妬，也应快杀窦连波。’盖以若兰喻刘、阳台喻阮也。”可见，马士英并没有排挤东林—复社人士的意思。直到弘光元年二月，诚意伯刘孔昭上言：“珰案昭雪，专为阴行赞导原无实迹者言之耳，若献媚有据，岂应翻案？”弘光朝廷接受了这一意见，下令“逆案无得滥雪”。这又说明，整个弘光在位时期，并没有“掀翻逆案”。东林—复社人士的记载中常见一种说法：马士英、阮大铖针锋相对地提出：“彼攻逆案，吾作顺案相对耳。”实际上大量材料证明，朝野人士中对在北京投降大顺政权的官员大加挞伐和主持分等定案的主要是以气节自命的东林—复社人士。马士英曾经上疏要求惩办从“贼”诸臣，其中一段云：“更有大逆之尤如庶吉士周钟劝进未已，上书于贼，劝其早定江南。昨日病中，东镇刘泽清来见，诵其劝进表一联云：‘比尧舜而多武功，迈汤武而无惭德。’臣闻之不胜发指。其伯父周应秋、周维持皆为魏忠贤走狗，本犯复为闯贼之臣，枭狡萃于一门，宜加赤族。而其胞兄周铨，尚厕衣冠之列；其亲堂弟周镳，俨然寅清之署，均当从坐，以清逆党。”这份奏疏斥责周应秋等“为魏忠贤走狗”，显然没有掀翻逆案的意思。弘光一朝诛杀“从贼伪官”仅光时亨、周钟、武愫三人，周镳的被牵连勒令自杀，另有原因，这里不能细说。
