明后期的党争是统治集团内部矛盾激化的表现，它贯串于万历以后整个政治生活中，一直延续到南明。崇祯在位的十七年间党争基本上限于在朝、在野的官绅当中；弘光以后军阀势力介入，朝中文臣往往以武将为靠山，使党争变得更加复杂尖锐。在一定意义上可以说，党争是导致明朝灭亡的一个重要原因。
南明第一个朝廷——南京政权从酝酿建立开始，就发生立福、立潞的争议，所谓“立贤”、“立亲”不过是表面文章，实质上是不同利益集团为争夺新政权垄断地位的一场争斗。弘光即位的时候，全国已处于四分五裂的状态，清朝、大顺、以至张献忠的大西政权都面临一个争取人才为己所用的问题，弘光政权也不例外。在争取人才方面，史可法是比较清醒的，当五月初起草监国诏书时，原稿起用废臣一款内有“除封疆（指任职期间所管地方失守）、逆案、计典、赃私不准起用”一语，他认为“国事之败坏非常，人才之汇征宜广，未可仍执往时之例”，把这句话删去。一两天后正式发布时，连史可法也不知道是怎么回事，仍照原本发出。后来史可法上言又引马士英奏曰：“监国诏书，据阁臣史可法疏谓，逆案等事俱抹去，而吕大器添入之。是以戎臣而增减诏书也。”总之，集中于南京附近江浙人文荟萃之地的一批官僚（他们大多是东林—复社人士）有一个如意盘算，一方面趁北都陷没，朝臣除极少数“死节”以外几乎都投降了大顺政权成为“从贼伪官”；一方面又以不准起用“逆案”等旧例为理由阻挡另一批在野官绅入仕，这样可以为自己控制从中央到地方的全部要津铺平道路。由于历史的原因，他们担心福王朱由崧即位可能掀翻逆案，使自己在政治上失势。朱由崧不得不凭借四镇武将的支持登上帝位，由此形成武将无功封爵、跋扈自雄的局面。四镇的遥控朝政，使东林—复社党人垄断朝政的图谋遭到重大挫折，这本来是他们自己种下的苦果。然而，一贯以清流自命的东林—复社骨干从来不肯承认自己私心自用，而是集中火力攻击投机取巧的马士英和他援引的阮大铖，似乎事情全坏在马阮乱政，掀翻逆案，正人君子连袂而去，众小翩翩入朝，终于导致南京弘光政权的覆亡。这种观点由黄宗羲创立的浙东史派发扬光大，流传三百多年，至今尚未廓清。
弘光初立的时候，大臣多是东林—复社人士心目中的正人君子。这种局面没有维持多久，姜曰广、高弘图、张慎言、刘宗周等人相继被排挤出朝。然而，这并不是掀翻逆案的结果，直到弘光朝廷覆亡，列名魏忠贤逆案中的人物极少起用。何况，弘光朝廷面对的是“大顺”和清方，起用不起用逆案官绅无关大局。清兵进入北京后留用大批降闯官员、礼聘逆案首魁冯铨，是其成功之策，而不是失败之著。弘光朝廷内部矛盾酝酿和激化始终是围绕“定策”问题展开的。就东林—复社骨干人士而言，本意是从帮派利益出发反对迎立福王，福王既立，“天位已定”，东林—复社骨干人士希望破产。四镇和及时转舵的马士英以定策之功自诩，洋洋得意。东林—复社人士妬意倍增，他们既不敢把矛头指向“当今皇帝”，只好把马士英作为攻击的靶子。
马士英固然不是救时之相，但把他打入另册，列入《明史》奸臣传是毫无道理的。至于把他同阮大铖挂在一起称之为“阉祸”更是无中生有。马士英热衷于权势，这在明末官场上是一种极为普遍的现象。在政治态度上，他原来倾向于东林—复社，陈子龙自撰年谱云：“贵阳（指马士英），先君同籍也，遇予亦厚。其人傥荡不羁，久历封疆。于门户之学，非素所深研也。”杜登春《社事始末》说：“南中建国，贵阳马士英为娄东（指复社首领张溥）好友，一时拥戴窃柄，甚引重东林，起用钱（谦益）、徐（）、陈（子龙）、夏（允彝）诸君子。……复社中失节者（指在北京投降大顺政权）贵阳阳加叹恨，阴为矜怜，悉欲置末减。及福藩恣用私人，搜罗珰孽，而阮大铖辈尽起而谋国是，外则附贵阳以招权纳贿，内则实为珰人翻局之计。”东林—复社人士抨击马士英最激烈的是他起用阮大铖。由于阮大铖名列崇祯初魏忠贤逆案，于是把掀翻逆案作为马士英的一条主要罪状，全线出击。然而，这条罪名能否成立很值得研究。
