在微观价值评析方面，顾诚同样能独具只眼，道人所未道。这尤其表现在他对历史人物所做的善恶、利害等道德评判、功利评判上。由于拥有史实的“底气”，《南明史》上来（“序论”）就敢于同“绝大多数”史家展开争辩：“（在）过去绝大多数史家制作的镜子里，侏儒们被拔高了，坚毅挺拔的形象被歪曲了，甚或被挤出了镜框之外，成了道地的哈哈镜。” 在他看来，李自成是受到歪曲的坚毅形象的典例之一，因此他在书中为这位农民起义的领袖进行了不遣余力地辩护。他指出，现代许多人断言李自成进京后领导集团腐化变质，丧失民心，终导致失败，这是轻信封建史籍对大顺军诬蔑的结果，与事实完全不符。且不说不少亲历甲申燕京之变的人士记载大顺军在京期间纪律严明，就以时间而论，中国历史上许多王朝肇建伊始均欣欣向荣，若干年后才壮志消磨，出现文恬武嬉的局面，未听说过有在20天左右便丧失战斗力的。再说清军占北京后立即将居民逐出，下令剃头，总不会更得民心吧，为何没有失败？显然，用腐败和丧失民心是难以解释李自成兵败原因的。顾诚用充分的史料指出，大顺政权所以未能在北京站住脚，绝非领导变质，失去了群众支持。恰恰相反，大顺军政权的失败在于它未完成质变，继续执行打击官绅地主的政策，引起缙绅的强烈不满。加之军事部署严重失误，导致满洲贵族与汉族官绅勾结在一起，构成了对大顺军的压倒优势。所以“说李自成等大顺军领导人因骄致败，是指他们目光浅短，骄傲轻敌，而决不能解释为他们骄奢淫逸。” 这就把对甲申300年经验的反思置于更为客观全面的基础之上。
对于人们耳熟能详的大西军统帅孙可望，曾被誉为民族英雄的史可法，以及收复**的郑成功等人，《南明史》也有深入具体的分析和概括。作者既不抹杀这些农民领袖、民族英雄们光明的一面，也不讳言他们各自具有的不为人知或少为人知的阴暗面，如孙可望后期的飞扬跋扈，最终导致众叛亲离，卖身投靠；史可法成事不足，败事有余，尽显“忠臣”误国的迂腐；郑成功虽有大志，却私心自用，断送华南抗清大业。作者特别寄情于明清之际最优秀的军事家李定国的个人悲剧：出滇抗清前期遭孙可望妒恨，无法在两湖、江西战场上施展雄才大略；中期寄厚望于郑成功连兵粤、闽，会师北上，得到的却是郑的虚应故事，结果丧师失地，南明中兴从此无望，最后只好鞠躬尽瘁，死而后已。读顾诚入情入里、有血有肉的分析，在替古人担忧、感慨嗟叹之余，不由得钦佩作者对自己笔下人物所持的那份异常的冷峻与客观。
《南明史》是一部货真价实的学术著作，但写得深入浅出，不仅为明史研究的同行所欣赏，而且具有一定历史知识的普通读者也能读懂。在史学陈述被各种以科学面目出现的枯燥模式、数据、曲线、图表和术语碎化的时候，它带给读者以赏心悦目的快感和启人心智的愉悦，据说连印刷厂的校对工人也读得津津有味儿，这是很值得玩味的现象。
史学是从常人之学起家的，几千年来都保持着叙述史的亲切品格。只是到了19世纪后半叶才随着史学的专业化而逐渐变成了大学里的书本史学，这当然是史学的巨大进步。史学作为一门学科，并骄傲地被称为科学，不只限于能如实地描述过去人们的活动，还在于一定程度上的抽象概括，甚至高度的概括。但事情都有两面性。史学概括需要复杂的抽象思维，必然牺牲细琐生动的史实，因而不得不付出失去普通读者的代价，变为由很小一部分专业人员控制的系统化、规范化的学问，从而换上了一付严肃的面孔。由于它一直把抽象的概括当作评判史学水平高低的最高尺度，这就驱使人们竞相去设计各种历史演进的静态或动态的模式，营造各自的体系或表达范式的大厦，具体研究工作的价值于是便受到忽略或低估。这就使一种富有活力的史学研究法有走向极端的可能。国外近些年来叙述史、政治史的复归，不能不说是对这种趋向的一种否定。《南明史》无疑属于叙述史，如果放到这种国际史学的大背景下，其寓论于史的形式便有了新的意义。顾诚舍弃多家在学术界颇有声望的出版社而选择中国青年出版社，恐怕有着亲近社会、回应社会和时代要求的动机。但需要指出，叙述史在当代的复归不是简单的还原，而是在谨严的学科规范基础上的进步，是史学不断自我完善、螺旋式发展的生动体现。
