1914年初，张东荪又在《正谊》杂志上发表《内阁论》，对内阁制作了进一步阐述，公开主张实行内阁制。他说：“内阁者，行政权之最高机关也。此机关为宪法所规定，故谓之为直接机关。盖三权分立，乃法治国之特征。立法之机关无阶级之可分，仅一国会而已；司法之最高机关为大理院；至于行政，则其最高之发动机关厥维内阁。”他强调，内阁作为行政机关的主体，有四个特征：即内阁会议、完全责任、阁令、拒绝副署权。内阁会议者，“表示内阁之主动，亦所以表示内阁之责任。内阁既为主动，则不受人之干涉；且内阁既负责任，则不必参以他人之主张。故内阁会议不容有外人之列席。”“且内阁会议所议决之政策，一经议决，即有实权，断不容外力之干与，更无最高机关以待其裁可。”内阁会议有很大权力。完全责任者，“内阁既为行政权发动之主体，则自当负有完全之责任。”阁令者，“正所以表示内阁之独立。夫内阁之所以颁布阁令：1.由于其有独立表示意思之权；2.由于其有指挥政务之权；3.由于其有用人之权；4.由于其有完全责任。是故有内阁一日，则阁令一日不可或缺。”拒绝副署权，“苟元首之意思，而不为内阁所赞成，则可拒绝副署”。“内阁之有副署权者，正足所以表示内阁为行政部之主体，自有权利且自负责任。内阁之责任由拒署权以促成之，内阁之权利，由拒署权以保障之。”
张东荪对那种“谓国会专事捣乱，把除之而可”的献媚政府者，给予迎头痛击，指出这样一来，“立宪政体永无成立之望，必复归于专制而已。”他坚信：中国实行内阁制后出现的行政部与立法部的冲突，是由于“本为专制国无三权分立之现象”而造成的，是“本为帝政之国其行政部于数千百年以养成大权独揽、专制自为之习惯”所使然；所以，救济此弊唯有厉行内阁制，“内阁之利在使内阁与国会融成一片，则无冲突之事，且复使内阁为行政部之主体，不致有独裁政治之出现。既足促政治之进行，更可消内乱于无形。”
在后来发表的《吾人之统一的主张》中，张东荪对内阁制也作了发挥，把实行内阁制与防止像袁世凯那样的野心家专权联系起来。他公开申明：“吾人主张于中央制度采用内阁制。”认为中国实行内阁制有两种原因：一是迫使野心家入正轨，即：“吾国于最近期间必不能消灭所有之多数野心家而归之无有，必不得已，其惟迫之使入正轨而让出一大部分政权与吾民”，所以，中国最谊采取内阁制。二是由于民力不足以骤然建立善良政制，即：“欲于此幼稚之民力上建设完美之政制，必不可能，必不得已，其惟建筑基础以徐图发展民力”，这两点决定了中国“非行内阁制不可也”。如何在中央实行内阁制？张东荪提出了具体方案：一是内阁总理由下院票选；二是内阁各员由总理选任；三是不信任之决议，必两院各为多数；四是谴责之议决，两院得各别行之；五是中央大理院及各省高等厅法官之任命，必须上院之同意。
（五）取联邦制精神，在地方实行分权制
早在清末，便有人主张中国应实行地方自治，采用联邦制。民国成立后，地方自治论调一度消沉。1914年5月，张东荪入京，与丁佛言等人交换了政局的意见后，感到为了制限袁世凯权限，除了中央实行内阁制外，地方上必须实行自治制度，以避免中央专制。于是，7月，他率先在《中华杂志》上发表《地方制之终极观》，主张地方应采取发展自治精神的制度，“事无巨细由省自办”，同时亦管中央委任之事务，国家之立法不得违抗，并称：“吾以为中国欲图存且强，非采用英美派自治不为功也。”他实际上认为，国家动乱和贫困的原因，就在于中央集权过多，实行地方自治，加强地方实权，削弱中央权力，不使它任意作恶。是文刊出后，丁佛言也发表《民国国是论》，表示支持，宣称：中国之国情，在地方而已，不改进省的制度，国家无从发展。他说：“除了今日各省之官僚政治，而地方得有自由发展也。”主张采用美国联邦制。他们实际上都主张联邦制，但却并未用“联邦制”之名。章士钊在《甲寅》第4号上发表《学理上之联邦论》，推动了对该问题的讨论，并认为张东荪所以不敢公开用“联邦论”的名义，是慑于舆论和政局的压迫。对此，张东荪作了《联邦论辩》，不同意章士钊的观点，解释了其中的原因。
此文发表后，引起较大反响。1914年9月15日，张东荪在《正谊》1卷5号上发表《予之联邦组织论》，次年1月，他在《中华杂志》2卷1号上发表《就纯理论上讨论邦先存于国之理——答〈甲寅〉杂志秋桐君》；2月，在《正谊》上发表《根本救国论》，继续阐述地方制度。认为要真正实行多数政治，就必须“取地方分权之地方制”，即“利用省界之观念，使一省之利害得失，由一省之人以相召相感之精神，以处理之，于省建立多数政治。各省如此，全国始得多数政治也。”4月15日他在《正谊》上发表《吾人之统一的主张》，更公开声明：在地方宜采取联邦制。10月10日，在《甲寅》1卷10号上发表《吾人理想之制度与联邦》。
1915年10月1日，张东荪与汪馥炎、李剑农、杨端六等人在上海创办《新中华》。张东荪集中精力对联邦制又进行了一番系统研究，以“圣心”为笔名，一口气在该刊上发表了《联邦立国论》、《联邦之性质及其精神》、《联邦制度与宪法制定》《具体之省制论》等文，并翻译了《耶律芮克联邦之公权论》、《美利坚各邦之宪法及精神》等文，积极介绍联邦制，全面讨论中国实行联邦制的诸多问题。
张东荪认为，联邦制的精神，第一是“自治”，“自治者，国之命也，近世国家所以异于中古者，皆在自治，一切优美之代议制度皆由自治而出。”第二是“分权”，国权与邦权互相制衡，“邦若为恶，国足以干涉之，国若为恶，邦足以抵制之，二权调剂，政治得以发达焉。”中国为什么要采用地方分权的联邦制？张东荪解释说，中国采用联邦制，其原因在于，一，“在合乎历史上之趋势”；二，“在明乎政力向背之理而为之分配”；三，“在能得真正之统一”；四，“在能启发人民之自治能力”；五，“在能建设一刚性宪法，且能维系此宪法，使其有效于实际”；六，“可得控制与平衡之道”；七，“在能矫正民主政治之流弊”。张东荪主张于地方制度用联邦制，其用意首先在于分散中央权力，防遏野心家专权并排斥官僚政治。他认为，采用地方分权的联邦制，其结果将会导致：一，中央之权不能压制及地方，而地方得以自由发展；二，地方之权得徐徐逼迫中央，使入正当之轨道；三，地方自治，由于区域狭小利害杂陈，不致为野心家一人欺骗；四，便于实行议政，开发民智，以民执政；五，地方有充足基础，不致因政变动摇国本；六，地方真能忠顺中央，则能得真正统一；七，地方人民不致受中央之摧残。而其中最主要的是“各地方独立，使野心家失其利用；一地方之区域狭小，民得自政，足以排斥官僚而已。”
中央与地方分权的界限何在？张东荪考察了加拿大、德意志等国的联邦制后，认为中国采用联邦制，不能采取美国、德国之制，宜采用加拿大之制：“窃以为中国果为联邦也，不宜师美，更不宜师德，尤不宜师瑞士，惟取加拿大之制而变通之可也。”对各省与中央的权限作了规定：一，各省全县规定于国家之宪法，宪法之改正必得各省之同意；二，各省所立之法律，中央行政部有拒否权，但得国会之统一仍成法律；三，省长由各省自选，但不称职时，中央有撤任之权；四，以参事会为省之行政主部，省长为之主席，其任期与省议会相同，省长撤任时，参事会必同时更选；五，中央依国会之同意得解散省议会；六，地方厅高等厅由省自酌办，但法官由中央委任，中央仅设大理院，全国用一统之法律；七，省议会有弹劾省长之权，其审查权属于国会，省长去职，参事会亦同时更选；八，省长及参事员皆由省议会选任。
