抗日战争爆发后，史语所取档案中之精华部分（约占原有件数的三分之一）随所播迁，1948年至1949年之交，史语所迁至台湾的杨梅镇，这批档案则随之运台。自20世纪50年代中叶至70年代，史语所继续刊印《明清史料》之戊、己、庚、辛、壬、癸各编。自甲编至癸编共100册，收录史料10000页。另外还刊印了李光涛等人选编的《明清档案存真选辑》三集。运往台湾的清内阁大库档案共有31万件，至80年代中期已经整理出7万多件。约有三分之一的档案因腐烂霉变、水渍虫蛀而成为残屑碎片，另有三分之一未开箱检视，存于史语所傅斯年图书馆的地下室中。［1］1986年之后，因得到联经出版事业公司等单位的资助与合作，刊布印行之速度加快，至上世纪90年代中期，已出版近300册。［2］这批珍贵档案资料的整理被列为台湾历史语言研究所的三大工程之一，准备将这些档案建成影像档，为人们提供网络检索与阅读的便利。［3］
在整理内阁大库档案的同时，傅斯年还组织领导并亲自参加了《明实录》的校勘整理工作。1930年，整理内阁大库档案的工作人员发现案卷中有明朝内阁进呈的《熹宗实录》的散页，而北平图书馆藏红格本《明实录》正缺《熹宗实录》13卷。傅斯年得知此事后，便打算从这些散页中找到红格本《明实录》的缺文，并据此改正《明实录》其他部分的脱漏与讹误。《明实录》主要是根据明朝档案写成，《明史》多取材于《明实录》。明朝档案今存世甚少，《明实录》可以算是关于明朝历史的最足珍贵的直接史料了，它比《明史》具有更加重要的史料价值。因此，傅斯年对此项工作十分重视，他当即作出校勘整理《明实录》的决定。
1930年下半年，傅斯年向北平图书馆洽借《明实录》红格本予以晒蓝，费时年余方才完成。而内阁大库中的千余张《熹宗实录》散页须逐页装裱，此工作至1932年1月始告结束。1932年6月，傅斯年又借得兵工署存广言馆旧藏《明实录》，此本亦仅缺《熹宗实录》，是官方藏书中较完善的本子。待准备工作基本就绪后，傅斯年乃聘请李晋华来历史语言研究所，专门负责校勘《明实录》。李晋华曾就读于广州中山大学，乃傅斯年的及门弟子，中山大学毕业后，入燕京大学文科研究院专攻明史，造诣颇深。次年7月，又增聘那廉君等3人为李晋华的助手。根据傅斯年的意见，他们以红格晒蓝本《明实录》为底本，与广言馆旧藏本对校，遇有缺疑，则以北平图书馆藏礼王府本、北京大学图书馆藏本、武汉大学图书馆藏本及史语所原藏朱丝栏精抄本相参校。1937年春，傅斯年派那廉君、张政烺去浙江吴兴县南浔镇，以重金购得刘氏嘉业堂藏本，又以此本复校。这时李晋华因患心脏病去世，其三位助手也先后离职。7月，傅斯年又从北京大学选拔王崇武、吴相湘、姚家积三位高材生来史语所，继续从事家业堂本《明实录》校勘工作。不久吴、姚相继离职，王崇武于抗日战争期间随史语所辗转迁徙，继续从事校勘工作，直到1948年赴英为止。
［1］ 参见1987年8月1日《团结报》第八版。
［2］ 参见《中央研究院历史语言研究所简介》，中央研究院历史语言研究所l995年12月出版发行。
［3］ 参见王戎笙：《赴台参加“海峡两岸清史档案研讨会”散记》，《中国史研究动态》1993年第1期。
