9月11日，他写信给院长蔡元培，该信全文如下：
午间与适之先生及陈寅恪兄餐，谈及八千麻袋档案，本是马邻翼时代由历史博物馆卖出，北大所得，乃一甚小部分，其大部分即此七千麻袋，李盛铎以万八千元（按：实为一万六千元)自罗振玉手中买回，月出三十元租一房以储之。其中无尽宝藏。盖明清历史，私家记载，究竟见闻有限；官书则历朝改换，全靠不住。政治实情，全在此档案中也。且明末清初，言多忌讳，官书不信，私人揣测失实。而神、光诸宗时代，御虏诸政，《明史》均阙。以后《明史》改修，《清史》编纂，此为第一种有价值之材料。罗振玉稍整理了两册，刊于东方学会，即为日本、法国学者所深羡，其价值重大可想也。
去年冬，满铁公司将此件订好买约，以马叔平(按：马衡字叔平)诸先生之大闹而未出境。李盛铎切欲即卖，且租房漏雨，麻袋受影响，如不再买来保存，恐归损失。今春叔平先生致函斯年设法，斯年遂与季(按：指戴季陶)、骝(按：指朱骝先，即朱家骅)两公商之，云买，而付不出款，遂又有燕京买去之议。昨日适之、寅恪两先生谈，坚谓此事如任其失落，实文化学术上之大损失，《明史》、《清史》恐因而搁笔，且亦国家甚不荣誉之事也。
［1］ 欧阳哲生主编：《傅斯年全集》第二卷，湖南教育出版社2003年版，第43页。
拟请先生设法，以大学院名义买下，送赠中央研究院，为一种Donation（此恐为Donation之误，意为捐赠品），然后由中央研究院责成历史语言研究所整理之。如此，则（一）此一段文物，不致失散，于国有荣。（二）明清历史得而整理。（三）历史语言研究所有此一得，声光顿起，必可吸引学者来合作，及增加社会上（外国亦然）对之之观念，此实非浪费不急之事也。先生虽辞去大学院，然大学院结束事务，尚有杏佛先生负责，容可布置出此款项，以成此大善事，望先生与杏佛先生切实商之。此举关系至深且巨也。至费用，因李盛铎索原价一万八千元，加以房租，共在两万以内，至多如此。叔平先生前云可减，容可办到耳。［1］
蔡元培收到傅斯年的信以后，便致函杨杏佛，商议购买事宜。1928年12月，史语所派员至北平，由马衡介绍，找李盛铎洽谈，后又由陈寅恪、李宗侗出面办理。1929年3月，陈寅恪致信傅斯年，说已向李盛铎预付定金，并说由罗振玉清理印出之史料乃其中之极少数，其余并未开包。最后，中央研究院买下了这批档案，交由史语所进行整理。
清季以来，这批档案数易其主，辗转搬运，潮湿腐烂、鼠啮虫蛀，损失相当严重。一般官僚政客，乘检视之机，将珍贵案卷攫为己有，加上纸店主人挑选出售，罗、李收藏时各有留取。历史语言研究所运进时，计称得存于天津之档案6万余斤，存于北平的部分大约与之相当，总计约12万～13万斤，较原来已少了2万余斤。
1929年春，史语所迁至北平后，傅斯年当即决定将存于天津的那部分档案运回北平，与原存北平者合并一处进行整理。他选定了属于历史博物馆的午门楼为存放整理处。7月，教育部出面将此房舍拨给中央研究院，委托历史语言研究所管理使用。傅斯年即派人操持维修午门东西廊房，作为工作室，同时购进了整理用具。8、9月间，平津两地档案陆续运至。9月，傅斯年筹划组织了“历史语言研究所明清史料编刊会”，他与陈寅恪、朱希祖、陈垣、徐中舒5人为编刊委员。陈寅恪博学多识，精通满蒙文字，长于文史考证，当时虽已出任史语所历史组主任，但仍在清华、北大兼课，陈乃学问大家，组织领导，非其所长，故历史组之事务，包括档案整理之规划，多由傅斯年包办。朱希祖是北京大学的教授，傅斯年的老师，他曾用心采辑明季史事，参加过北大所接收的清内阁档案的整理，在这方面很有经验。陈垣当时是故宫博物院理事，掌文献部，曾领导、规划清宫档案的分类整理，是这方面的专家。他拟定的《整理档案八法》，即分类、分年、分部、分省、分人、分事、摘由、编目，为这次档案整理者所依从。他们三人名为编辑委员，实乃傅斯年所聘之高级顾问，档案收藏、整理、刊布之大旨方略，悉出其一人之胸臆，而具体之业务活动则多由徐中舒负责。
9月底，史语所将招聘来的20多名档案整理人员分成6个小组，整理工作全面展开。至1930年7月，这批档案已清理出十之七八，其余部分均已破烂不堪，不少是片纸只字，无法连贯，整理起来十分困难。他们把这些未经整理的档案重新装入麻袋，打算日后再作处理。
［1］ 欧阳哲生主编：《傅斯年全集》第7卷，第70～71页。
