鉴于贪污在1千万元以下的中小贪污分子占全体贪污人数的95%至97%，中央曾规定，对其中情节不严重者，一般应免予刑事处分，有的还可以免予行政处分。这样，大约85%以上的中小贪污分子可以免予刑事处分。毛泽东认为，这个规定便于争取团结和教育改造这一批人，以利开展"三反"斗争和建设工作。同时，他觉得对很多的小贪污分子的行政处分还可更宽一些，在中央已规定的撤职、降级、调职、记过这四项外，再加一项最轻的处分--警告。毛泽东解释说，这样，很多小贪污分子（约占全体贪污人数的70%上下），只须给以警告就可以了，"使大多数小贪污分子减轻对抗情绪，利于团结改造"。
不久，毛泽东在给陈毅的一份电报中又提出："中央正考虑不单是50万以下而且是100万以下的所谓贪污分子，一般不算作贪污而算作占小便宜或公私不分，以便解脱更多的人，便于教育"。同日，毛泽东告诉周恩来，百万元以下的人大部予以解脱，发一指示。3月1日，李富春送给毛泽东一份报告，是关于起草处理贪污分子和追赃的规定。毛泽东当即批示周恩来酌处，并说"还要宽一点，富春说得还太严了。"
按照毛泽东的指示，中节委起草了《中央关于三反中处理科学家、学者的问题的指示》，其中提出："三反斗争中对于这类有用的专门科学家和学者的处理，应该以思想改造为主，对于解放以前有贪污行为者，均作为思想问题来解决。对于解放以后有贪污行为者的处理的方法，必须事先经市委批准，以免造成偏向。"此稿送毛泽东审阅时，毛泽东在"必须事先经市委批准"后面又加上了一句："有些人须经省委或中央局批准。"
处理人一定要审慎，必须克服和避免滥捕乱抓，这是"三反"运动后期毛泽东一再强调和坚持的。3月29日，毛泽东亲笔批示向全国转发上海市委在"三反"中严格执行各项纪律的经验。上海市委的经验主要是：（1）本市各机关团体，如欲逮捕"三反"中有关人犯，必须经市委批准，交市公安局与区委联系后依法执行。中央及华东各地在沪各单位，则须经华东局批准后，与市委接洽办理；华东以外各大行政区所属各单位，除经当地最高机关之批准外，并须来市委接洽办理。（2）无论本市外埠任何机关团体，如因"三反"须传讯本市有关人员，须经市委批准，再与区委联系后，由公安分局以传票传至公安分局讯问，对被传之人，未经补办扣留手续，不得扣留过夜。（3）关于"三反"中退赃、追赃问题，华东局已有指示，其中所示退赃、追赃方式是完全正确的。但上海目前正处在"五反"时期，不宜由各单位径自进行追赃，无论本市外埠任何机关团体，凡须在本市追赃时，必须携带材料来市增产节约委员会联系与接洽，由其斟酌情形，分别先后，予以查明核实，再将结果复告有关单位，至于被追出之赃款、赃物，则该处统一交存人民银行，对收赃、存赃等有关"三反"人员之调查讯问，亦应即日停止。（4）凡因"三反"追赃而须将私人资财加以冻结、扣押，或对私人产业加以查封、没收时，一律必须经市增产节约委员会批准后，由军管会军法处或市人民法院依法执行。
