设置“守护”与“地头”，在法律上虽不是排斥“国司”和庄园的“本所”与“领家”的权利，但由“镰仓殿”委任的御家人掌握军事、警察、征税与土地管理等最重要的权利，不外乎是“镰仓殿”实质上已统治了全国。
接着，源赖朝又推荐亲镰仓派的公卿（大臣等三品以上的高官贵族的通称）九条兼实为摄政，以改革朝廷。当时，他曾向九条兼实说过“这次是草创天下”，但实际上武士阶级的国家正是在这时创建起来了。
但因基础还不甚稳固，原设于各国的地头到了第二年很快就不得不有所收敛，而只在没收平家的领地及出现过造反者的庄园范围内设置。这时的天皇制国家还有相当势力，权利虽由公家和武家分享，但这与平清盛只不过是原封不动地劫持了旧天皇制机构相比，显然有质的不同。这是武家独创的政权。这个政权就是镰仓幕府著者注：幕府源出于汉语的出征中的将军军幕之意。在日本，原来是指近卫大将军的公馆或指他本人。后来源赖朝任右近卫大将军（后又任征夷大将军），他在镰仓的公馆遂被称之为幕府。由此就转而称呼以武将资格组建的政权与政务办公厅为幕府。但源赖朝政权实质上是本书上述设置“守护”与“地头”时成立的，因此，镰仓幕府也可看成是这时成立的。。
幕府对全国的统治在逐步加强。在推翻平氏那年年末，源赖朝在搜捕其余党的名义下，设置了九州各国总追捕使（即后来的“镇西奉行”）。公元1189年，令奥羽地区的藤原泰衡将其隐匿的源义经杀掉。尔后，又剿灭了藤原泰衡本人。10年的战乱到此结束了。公元1192年，后白河院殁后，源赖朝当上了期望已久的征夷大将军。
但幕府的基础是薄弱的。在经济上，幕府的基础仅为没收平家的庄园、“关东御领”（在关东的领地）和源赖朝获得的称为“关东御分国”的知行国以及幕府能委派“地头”的称做“关东御口入地”的庄园。在这一点上，源赖朝的幕府、平氏政权及以前的贵族政权在本质上并无不同。源赖朝本人也是因为其祖先是从天皇系统派生出来的源家嫡系的“贵种”而当上了武家的首领，他本人不是领地的经营者，在这一点上与平清盛也无不同。
因有这样的弱点，即使肆无忌惮地咒骂后白河上皇个人是个大“天狗”的源赖朝，也不能漠视天皇（上皇）的地位及其权威。正如在追剿木曾义仲、平氏和源义经时要请求发出“院”令、设置守护与地头时也要向朝廷提出申请并要得到批准那样，他就是借天皇制的权威，使自己的行动具有权威，具有合理合法性的。由于源赖朝是这个样子，所以就不能从根本上摧毁皇室、贵族、大寺院与大神社对庄园的统治。因而，他们的政权的物质基础就保留下来了。
北条氏取代源氏
源赖朝政权之所以强于平氏政权，是因为有着组织实际生产与统治人民的军事力量以及把领主与名主阶级组织成为“御家人”。而且在为期10年的战火中，源赖朝的非凡的统率力和政治手腕，还锻炼了这一组织。源赖朝制造借口相继地消灭了对追剿平氏有大功的骨肉兄弟（皆为异母兄弟）的源义经与源范赖。这一方面虽然是为了打倒有可能成为自己竞争者的人，但另一方面也是为了显示这一点即为确立“御家人”忠于“镰仓殿”的道德，即使是有大功的骨肉至亲，但要叛逆源赖朝也是不容的。
