不可否认，苏联从中长铁路捞取了不少特权。协定规定，苏联政府有权在铁路上用加封的车辆运输过境军需品，且不受海关检查。由苏联至大连、旅顺往返的货物，免征中国关税。
大连的行政主权归中国，但应苏方要求，中方同意将所有港口工事及设备的一半无偿地租给苏联，租期为30年。另指定码头及仓库租给苏联。
据当事人说，苏联在草拟条约的最后时刻大耍“两面派手法”。中长铁路协定注明30年期满后“无偿”归还中国，但“这两个字在俄文本中没写上”。原来商定经大连出口的苏联货物和经大连港进口的外国货物均应免税，俄文本却改为“运到大连供当地消费的货物免予征税”。而经大连运往其他市场的货物仍须纳税，这就增加了大连苏联当局的财政收入。
根据《中苏关于旅顺口之协定》，苏联取得了在旅顺驻扎陆、海、空军的权利。而且，苏联在军事委员会中占居多数。就连旅顺市主要民事行政人员的任免，中方还要征得苏联军事指挥机关的同意。
条约签订之后，蒋介石承认，国民党政府在下列涉及国家权益问题上，“不得不作出重大让步”：（1）承认外蒙的独立自治；（2）东北长春铁路的共同经营；（3）宣布大连为自由港，对于长春铁路直运苏俄及由苏俄直运出口之货物，免除关税；（4）旅顺口由两国共同使用为海军基地。
尽管如此，蒋介石“总体上对条约是满意的”。他还坦言，条约的签订表明苏联准备帮助他统一中国的武装力量，支持国民党建立政府。
当然，斯大林对条约感到更加满意。苏联以最小的代价换来了在法律上承认外蒙古的独立，以及恢复了沙皇在中国东北的大部分特权，从而大大改善了苏联在远东和太平洋地区的战略地位。斯大林曾洋洋得意地说：“旅顺口是我们的，大连是我们的”，而且“中长铁路是我们的”，中国、蒙古，“一切都已正常”。
