（一）横向合并带来的竞争问题
尽管横向合并可以带来规模经济，也可以产生其他的经济效率，但与其他类型的企业合并相比，横向合并对竞争带来的消极影响也是最直接的。其消极影响主要体现在三个方面。第一，横向合并是直接竞争者之间的合并，所以该合并直接导致参与合并的企业之间竞争的消失。如果两个参与合并的企业原本在市场上就占有举足轻重的地位，那么它们之间的合并对整个市场上的竞争有可能造成很大影响。第二，如果参与合并的企业原本在市场中就占有相当大的份额，那么企业合并之后，将可能大大加强合并后企业的市场势力，使其有能力单方面提高产品价格，垄断该产品市场。第三，直接竞争的企业之间的合并，导致市场上的竞争者数目减少，不仅有利于企业签订价格和产量协调协议，而且有可能造成寡头垄断的市场环境，为企业的默示协调行为提供便利。
（二）纵向合并的竞争问题
纵向合并最大的好处是可以提高企业的管理效率、节约企业的交易成本，使原材料的供应或产品的销售更符合企业的要求，因为它把原来外在的供应商或客户变成了内在的合作关系。
纵向合并并不减少在同一水平的市场上相互竞争的企业的数量，但它有可能改变企业的行为方式。不管是向上游的合并还是向下游的合并，被合并的企业有可能决定只与合并它的企业做生意，这样对于合并企业的供应商、客户和竞争者而言，原来的竞争状况都发生了改变。例如，如果一个生产商兼并了一个原材料供应商，其结果导致该供应商只向兼并他的生产商提供原料，其他生产相同产品的厂家则不得不转向其他供应商，这样在原材料供应市场以及该产品本身的市场上，竞争态势都发生了变化。如果兼并能够带来产品成本的降低，而且这种降低能够进而传递给客户，那么下游市场的竞争态势也因之发生了改变。
（三）混合合并的竞争问题
混合合并无论表现为何种形式，所涉及的都是在不同市场上进行经营的企业，无论在兼并企业的市场上还是在被兼并企业的市场上都不导致企业数目的减少，也不发生所谓的排挤竞争对手以及抬高市场进入障碍问题，所以混合合并一般对竞争造成的负面影响较不直接。
但是，人们仍然对混合合并存在一定的疑虑，这种疑虑既是出于经济的考虑，也是出于政治的考虑。第一，如果没有发生合并，那么将来该企业可能以独立的姿态进入该市场，从而增加该市场上的竞争，但混合合并发生后，这种可能性就不存在了。第二，一个混合合并可能会把一个较大的企业转变成一个具有决定性影响的具有市场支配地位的企业。第三，混合合并可能减少市场上小企业的数目，从而增加大企业的政治势力，使小企业在国家政治法律环境中处于劣势。
另外，关于企业合并的反托拉斯法也可以适用于合营企业（joint venture）。在United States v.Penn Olin Chemical Co.案中，Pennsalt Chemicals Corporation与Olin Mathieson Chemical Corporation设立了一个合营企业，在美国东南部生产和销售氯酸钠。在设立合营企业之前，两家企业都没有生产或销售氯酸钠。最高法院判决，《克莱顿法》第七条适用于合营企业，两公司设立的合营企业违法，一方面，该合营企业对其他公司造成了进入障碍，另一方面，该合营企业的设立，排除了其两个母公司进入该市场的可能性。
