叶剑英因毛泽东一再保护，未被明令取消中央书记处书记兼军委秘书长职务，还能勉强支撑着摇摇欲倾的军委大厦，在力所能及的范围内照顾一些工作。
他忍辱负重，以极大的耐心和克制，同林彪、林青两个反革命集团周旋，机敏巧妙地进行着各种形式的斗争。
他在自己处境十分艰难的情况下，仍然关怀着军队的稳定，关心着其他受冲击的同志。
一次国防科委几十名“造反派”要“炮轰”聂荣臻元帅，情况危急。
聂帅交代秘书周均伦去找叶帅。
叶剑英亲切接待他。
不久，让他转告聂帅，已向毛泽东同志报告过，毛主席说是人民内部矛盾，请他放心。
后来叶剑英又将此事报告周恩来，周总理批评七机部“九一六”群众组织“炮轰”聂荣臻是错误的，要立即停止。
1967年，“八一”建军节前夕，叶剑英亲自带着一名战士理发员，来到了徐帅的住处，要他先理个发，作出席招待会的准备。
当时他的意思十分明确：这次招待会，军委的一些老同志应该出席，这不是个人的事，它关系到军队的安定与团结，关系到国内外的影响，也是向“四人帮”一伙作斗争。
后来，周恩来请示毛泽东同意，朱德和几位老同志都要出席招待会，叶剑英得知这一消息，喜形于色，庆幸不已。
为了保护各大军区、各军兵种遭到冲击的领导，叶剑英分别把处境十分困难的一些同志接到北京，安置在京西宾馆等地方加以保护，派专人负责他们的安全和生活。
十一、被迫离开军委领导岗位，仍然全神贯注天下大事
“文化大革命”进入1968年，形势更为严峻。
这一年3月22日，发生了震惊全国的“杨成武、余立金、傅崇碧事件”。
中共中央、国务院、中央军委、中央文革发布《命令》，称：根据毛主席、林副主席决定，撤销杨成武、余立金、傅崇碧的所任职务，命黄永胜为总参谋长，温玉成兼任北京卫戍区司令员。
24日，在人民大会堂召开的军队团以上干部会议上，林彪首先讲话，宣布杨成武、余立金、傅崇碧的“错误”和对他们的处理决定。
第二天，毛泽东、林彪接见黄永胜、吴法宪、温玉成等。
毛泽东说：军委就是办事组，军委常委可以不开会了。
于是，成立“军委办事组”由黄永胜取代叶剑英主持军委工作。
黄永胜一伙有意刁难叶剑英，实行“三不”：不给他看文件，不准他打电话，不准与外界联系，甚至不准与子女联系。
林彪、江青等对被打成“二月逆流”的“三老、四帅”的迫害有增无减。
10月下旬，林彪、江青、康生、谢富治等在扩大的中共八届十二中全会分组会上组织围攻参加过所谓“二月逆流”的陈毅、叶剑英、徐向前、李富春、李先念、聂荣臻等(谭震林被取消参加会议的权利)，并无端指责朱德、陈云、邓子恢等“一贯右倾”。
在17日第一小组会上，康生强加给所谓“二月逆流”以“反毛主席”、“否定延安整风”、“为王明路线翻案”等罪名。
江青则污蔑陈毅、叶剑英、徐向前等人“乱军”。
黄永胜、吴法宪污蔑朱德是“老右倾机会主义分子”，“是黑司令”。
林彪在20日的全会上，宣称“二月逆流”是“十一中全会以后发生的一次最严重的反党事件”，是“资本主义复辟的预演”。
针对林彪、江青等的诬陷，周恩来极力给“二月逆流”平反。
他抓住一切机会和场合，为叶剑英等开脱、平反制造舆论。
但叶剑英仍未走出逆境。
1968年底，毛泽东亲自抓了北京的“六厂二校”作为指导“斗、批、改”的试点单位。
1969年春节，毛泽东找几位元帅谈话，要他们到工厂去蹲点，作调查。
