为了稳定局势，叶剑英于9月3日批准总政治部及时发出不准军队院校师生来京串连的三条指示。
9月4日，叶剑英参加周恩来召集的中央碰头会，商拟给新疆维吾尔自治区党委并告西北局的两个特急电，强调伊犁、塔城、阿尔泰等边境地区的“文化大革命”，由区党委负责，通过自上而下加强领导，不要采取群众直接“罢官”的做法。
特别要劝阻各地学生不要进入这些地区串连，已去的外地学生应该离开。
新疆的“文化大革命”运动必须加强维、汉等民族的团结。
叶剑英根据民族政策，对赛福鼎、王恩茂等非常关心，尽力要部队加以保护。
9月23日，叶剑英主持军委常委会讨论通过《关于干部战士亲属被斗被抄民政部及处理意见》，在会上提出，各大军区目前工作重点应即转向抓好部队工作，保证部队正常秩序，在此期间，叶剑英还派出联络小组出席海、空军常委扩大会议，交代联络员“只带耳朵，不带嘴巴”，进行大量调查。
当发现林彪暗中指使李作鹏等人搞派性，制造混乱，妄图夺取海军领导权时，叶剑英即报告刘少奇、邓小平，在中央、军委常务联席会议上，对海军“文革”问题作了专题研究。
他根据总书记邓小平的指示，亲自到海军党委扩大会议上讲话，明确指出：萧劲光等是好同志，有错误可以批评；军队不能罢官夺权，会议本身作决议撤换领导是错误的；要按照党的民主集中制办事，不准搞地下活动，强调分清是非，搞好团结，并批评了某些人“抢班夺权”的错误。
对空军也是如此，他亲自打电话给空军司令部参谋长何廷一，告诉他“不要卷进去”，站稳立场。
从而有效地抵制了林彪一伙夺取海、空军领导权的阴谋活动。
由于及时采取了这些措施，在“文革”初期，军队开展“四大”仍由各级党委领导，在党委领导下设立文化革命小组及其办事机构具体掌管，并限定“四大”只在宣传、文化、院校、科研等少数部门和单位开展，从而使军队基本上保持了稳定的局面。
二、面对林彪一伙的指责和反扑，正气凛然，针锋相对予以反击
林彪、江青一伙出于乱军夺权的卑鄙目的，对叶剑英等抵制“文革”、稳定军队的做法怀恨在心，多次密谋要搞乱军队，惟恐天下不乱。
在钓鱼台“中央文革小组”的一次碰头会上，陈伯达叫嚷：军队已经跌到了修正主义的边缘!江青质问列席会议的总政治部负责人：你们军队为什么按兵不动?对军队那些“走资派”为什么不揪?我看就是有人压着。
她说的“有人”，首先指的就是叶剑英。
叶剑英大义凛然，毫无惧色。
他们经过精心策划，10月1日在天安门城楼上，由第二军医大学群众组织“红色造反纵队”的一个头头向毛泽东、林彪告状，说军队镇压群众，与地方做法不同，搞了许多条条框框，限制太多等。
于是林彪下令要全军“文化革命小组”立即发一个紧急指示，让军队院校的“文化大革命”完全按地方的做法搞，10月5日《关于军队院校无产阶级文化大革命紧急指示》颁布。
这个“指示”写道，根据林彪的建议，“军队院校的文化大革命运动，必须把那些束缚群众运动的条条框框取消”，明令取消军委、总政关于《军队院校文化大革命运动在撤出工作组后由院校党委领导》的规定，以及不在军种、兵种院校范围内的地方搞院校串连等其他许多规定。
要求军队院校完全按照“十六条”的规定办，开展“四大”。
叶剑英目睹“造反派”自毁长城的破坏活动，又无力制止，十分焦虑。
他在西山住所同军委、总政的领导同志个别接触，商量对策。
随后，即以总政治部名义，起草了关于各总部国防科委军种兵种机关必须经常保持战备状态的通知，要求“我军必须经常保持高度的警惕和战备状态，随时准备对付敌人的突然袭击。
