聂荣臻得知后说，叫赵如璋好好休息，可以暂时按此协议办。
让“北航红旗”继续暴露，事情总是会走向反面的。
第二天，聂荣臻召开国防科委党委常委会议，研究国防工业高等院校“文革”方面的问题，特意请赵如璋列席。
聂荣臻首先在会上说：“赵如璋同志你受委屈了”，表示慰问。
在研究到北航问题时，聂荣臻说：“我怀疑‘红旗’里面有坏人，有‘牛鬼蛇神’，肯定有后台。”
这些话，不知怎么很快就传出去了。
这下，可闯了大祸。
中央文革当然非常恼怒，“北航红旗”穷追不放。
9月30日，江青通过聂荣臻的一位老部下传话，北航问题，国防科委越来越被动，陷得很深 ，情况正在起变化，是执行错误路线，还是执行正确路线。
必须坚决支持少数派。
学生要斗赵如璋，就由他们斗，戴什么帽子就是什么帽子，不要怕，运动后期再说。
西城区纠察队(红卫兵组织)去国防部门口赶“北航红旗”，撕大字报，是否有国防科委的干部子弟参加。
这样做很危险，有可能使矛盾转化。
“科委不要把聂总推到第一线，硬跟错误领导，搞成敌我矛盾就不好了。”
她还对这位传话人说：“你是否向聂老总再进一言。”
对江青的这些话，聂荣臻置之不理。
此后，“北航红旗”一再写信，或通过国防科委文革办公室传话，要求聂荣臻接见面谈。
聂荣臻都以身体不好和接见了少数派、就必须接见多数派为由，一再拒绝与“北航红旗”学生对话。
10月9日至28日，中共中央召开工作会议，陈伯达在会上作了题为《无产阶级文化大革命中的两条路线》的报告。
在全国掀起了批判所谓“资产阶级反动路线”的高潮。
“北航红旗”在中央文革支持下，不断向军委和全军文革施加压力，迫使国防科委党委同意停止了罗舜初、赵如璋的职务。
两人被软禁在北航，忍受多种折磨，长达几个月。
聂荣臻在主持导弹核武器试验回京后，就又立即投入我国自行研制的第一枚中程地对地导弹试验和氢弹原理试验的准备工作。
在周恩来的支持下，聂荣臻仍然不与“北航红旗”见面。
12月24日，“北航红旗”通知聂荣臻，要开批判罗舜初、赵如璋清算国防科委推行“资产阶级反动路线”错误的大会，要聂务必参加。
聂荣臻以明天就要外出执行任务为由，拒绝出席。
这一下，“北航红旗”气急败坏，12月28日，又派人到国防部大院门口胡闹。
从30日起，他们就将“炮轰聂荣臻，火烧聂荣臻”、“聂荣臻是党内走资本主义道路的当权派”、“聂荣臻要在北航红旗里抓右派，何其毒也”、“聂老总，请你帮帮忙，把国防科委搬出来”等大标语、大字报，在北京各大院校和街头广为张贴。
1967年1月3日，江青、陈伯达在接见“北航红旗”3名代表时表示支持他们的行动，说：“聂荣臻有缺点，可以烧一烧，也应该烧一烧，学生可以与国防科委机关干部一起，把革命搞好。”
同一天，聂荣臻回到北京，很快知道了中央文革的表态。
1月5日，他去找周恩来，想请示怎么办?周恩来不在。
于是他出了中南海，直奔钓鱼台，找到陈伯达。
陈伯达支支吾吾，只是说，应该同“北航红旗”谈谈，不再说“可以烧一烧，应该烧一烧”之类的话了。
1月12日，在全军文革会议上，江青说：国防科委前一段运动搞得乱七八糟。
不久，聂荣臻又得知，毛泽东去年8月曾说过：赵如璋可以单独去向“北航红旗”澄清问题等话。
他对毛泽东是绝对尊重的。
于是1月18日，聂荣臻第一次来到北京航空学院，出席师生员工大会。
