五四新文化运动中，代表科学主义，并用之于思想文化史研究而发生巨大影响的，当首推胡适的实验主义哲学。
现代新儒家对胡适引进并大力宣传的实用主义所起的思想启蒙作用，大都倾向于作肯定性评价，认为这是新文化运动中最重要，最有生气的哲学派别。钱穆指出：“胡氏自述其实验主义者之态度，亦即新文化运动背后之哲学的根据也。自严复开始介绍西洋思想以来，能为有主张的介绍，与国人以切实的影响者，唯胡氏之实验主义而已”。[29]冯友兰则从哲学史研究的角度，对胡适的历史性功绩表以嘉许，认为胡适本其实验主义主张而作的《中国哲学史大纲》（上卷），“对于当时中国哲学史的研究，有扫除障碍，开辟道路的作用”。必须指出，新儒家对胡适实验主义的肯定是有一定限度的。对于把这样一种所谓的“科学方法”运用于思想史研究而取得的“成绩”，新儒家则不敢恭维。
二十年代初年，史学界曾刮起了一阵“疑古”风，胡适是这股风气的推波助澜者，他把实验主义简约化为“大胆的假设，小心的求证”的方法。对此“实证”方法，冯友兰作了一分为二的分析，认为它的“长处是，对于文字的考证、训诂比较详细；短处是，对于文字所表示的义理的了解、体会比较肤浅”。[30]钱穆也有同感，并进而指出其根本性缺陷：“胡博士平常教人，每喜说拿证据来，但在思想本身范围之内，有些处只能就思想论思想。证据只能使用在思想之外皮，不能触及思想之内心。”[31]这实际上反映了新儒家与胡适治史方法的分歧，说到底，也就是“宋学”与“汉学”的区别。
五四时期，一些新文化运动的提倡者认为，古文是“死的文字”，死的文字表达不了活的思想；历史典籍只是没有生命的木乃伊，解剖它的目的，是为了“捉妖”、“打鬼”（胡适语）。这样一种冷峻的历史观念，是现代新儒家引以为忧的。一代儒学宗师牟宗三痛切地指出：
自五四以来，治史专家，多详于细事之考证，而不必能通观大体，得历史文化之真相。吾华族历史，演变至今，非无因者。若终茫昧不觉，交引日下，则民族生命，文化生命，势必断绝，而盲爽发狂，靡有底止。是故贯通民族生命，文化生命，以指导华族更生所必由之途径，乃为当今之急务。[32]
这就是说，在牟宗三看来，胡适派微观史学的治学方法，不仅不能得“历史文化之真相”，且有断送民族文化生命的危险，他因此著《历史哲学》一书，以为对五四以来主流史学观念和史学方法的一个反拔。
应该说，新儒家并不否认考据、训诂等方法对研究历史的重要性，但在他们的哲学理念里，历史文化是“一大生命”，研究历史的目的，应在阐释义理，“积极的求出国家民族永久生命之泉源，为全部历史所由推动之精神所寄，并由此培养人民的历史情感和文化关怀。”[33]无独有偶，西方汉学家对中国文化的研究也多持考古玩赏的心理，缺少应有的敬意和同情的理解，对中华智慧进行歪曲介绍，这是新儒家不能容忍的。1958年，牟宗三、唐君毅、张君劢、徐复观四人联名发表了足以代表当代新儒家根本精神方向的一个纲领性文件，即《为中国文化敬告世界人士宣言》，大声疾呼：“我们并未死亡”，中国文化不是“死的化石”，而是“活的生命之存在”。他们把历史文化与自然之物区别开来，认为历史文化是一代代学者以其生命心血贯注而成的，其间有血、有汗、有泪、有笑，是“一客观的精神生命之表现”，因此，不能以研究外在自然物的理智态度（即“旁观者”态度），去看待人类的历史文化，而应经由我们自己的“生命心灵”，透过历史文化典籍之表层，同情历史文化中内涵的精神生命，从而保持历史文化生命之延续不断。[34]
