皇帝、后妃虽号称“龙体”、“凤身”，却免不了“圣躬违和”、“凤体欠安”。因此，供奉御药的方式，也因保养“龙凤之躯”的需要和病情的轻重缓急有所不同。
据清朝太医院档案记载：宫廷要求同仁堂每三个月进货一次，这是“定时供奉”。所进药材，必须是产地地道、挑选干净的顶级药材。丸散膏丹等成药，必须按宫廷的处方工艺制造，要求质效兼优。
第二种供奉方式是“票传交进”，每逢宫内有特殊需要，如皇帝要出巡或游猎，御药房会“票传”同仁堂。同仁堂必须按照御药房的要求，在指定时间内备足所需药品，送往御药房或指定地点。清代档案中就记载了乾隆四十八年（１７８３）秋季，乾隆赴热河围猎，需要带咀片丸散等“随围药物”。由于御药房药品不全，便“票传”同仁堂，限期送到。传票内有细药牛黄、冰片、麝香、朱砂、雄黄、犀角面等七种；有普通地道药材二十七种，如茯苓、甘草、菊花、当归、枳壳等。还有中成药三十四种，如仙药茶、藿香正气丸、六味地黄丸、虎骨木瓜丸、麦味地黄丸等。传票上每种药的量都不是很大，如牛黄、冰片、麝香、朱砂、雄黄等，都是五钱，茯苓、苏叶等普通药材也都在一到两斤之间，说明这些药只是供皇帝等地位极高、极显贵的人使用的。有意思的是，传票中居然还有“西纸二刀、笔二支、墨一锭”，估计是供书写病案或药方之用。
在同仁堂将所有药材全部交齐，一切办备后形成的粘单上，有“存案可也”的批语，说明同仁堂已经圆满完成了任务，可以存案归档了。
“康乾盛世”之后，大清王朝逐渐走入了内忧外患的衰落时期。道光二十一年（１８４１）正月，英国军队侵袭广东沿海，沙角、大角炮台陷落。正月初八，清政府对英宣战。二月初五，虎门失陷，广州门户洞开。八月二十一日，英军舰船攻破福建厦门，占据鼓浪屿，然后又北进浙江。此时，道光皇帝却躲在圆明园因心体疲惫、焦虑万分，正急需同仁堂送去的药品为他镇惊安神，消除烦闷。从七月到九月，同仁堂按御药房的要求，向圆明园药房供给茯苓、当归等药材一百七十多味，共二百多斤。同仁堂的药能治道光皇帝的病，道光皇帝却拿不出对付外国入侵的良策。第二年，他签下了中国历史上第一个丧权辱国的不平等条约——《南京条约》。
供奉御药的另一种方式，叫作“遴选药味”。史有记载，同治九年（1870）十一月八日，同仁堂来了两位御药房的官员，一位是掌稿笔帖式廷璜，另一位是副库掌德祥。他们对其他药物都不感兴趣，只看鹿茸。大查柜就叫伙计把上好鹿茸都拿来，请两位官员挑选。不想他们看过后，竟埋怨起来：“你们这差是怎么当的？平日里就要你们备齐各种药味，尤其是参茸之类的名贵药材，说不定宫里什么时候就要。现在，我们要的东西连你们同仁堂都没有，辜负了两宫皇太后和皇上对你们的恩泽，也害得我们没法子交差了。”
大查柜一时摸不着头脑，只好说：“不知宫里需要什么样的鹿茸，我们可以去找。”
此言一出，两位官员更生气了：“到哪儿去找？谁不知道四月和七月才是锯茸的时候，这会儿是十一月，哪里去找？欺侮我们不懂行是不是？”
