还有一种说法，认为黄光裕同时觊觎着中关村所蕴藏的丰富的人脉资源。但让黄光裕始料不及的是，他后来会深陷其中难以自拔，一生的命运或许会因此而发生转折。
麻烦接踵而至。《证券市场周刊》在《三个人的中关村》一文中透露了一个细节：中关村在武汉参股了一个王家墩项目。起初，段永基告诉黄光裕、许钟民，中关村在该项目持有20%的股权，而事实上，武汉项目的其他股东已经在此前进行了一次增资，中关村所占股份比例被稀释到8%。不仅如此，这些股权也并非公司所有，其中一部分为公司代武汉王家墩大股东泛海集团持有。这让黄光裕等人很不爽。
更重要的是，段永基早前尽快解决CDMA问题的承诺，也迟迟不见兑现。黄光裕深入了解中关村之后，才发现“窟窿”远比想象的要严重得多。在2005年因中关村巨额担保和亏损而受到中国证监会点名的段永基，将问题重重的中关村“踢”给了黄光裕——中关村彼时涉及金额达33.9亿元的CDMA担保风险和中国银行5.9亿元的逾期贷款。2007年9月，中关村33亿元CDMA债务纠纷爆发，广东粤财上门来逼债。
那段时间，许钟民连续一周在医院打点滴。而作为第一大股东，黄光裕必须承担起偿还中关村巨额债务的责任，这与黄光裕当初进驻中关村时的初衷显然不符。陷入一团乱麻之中的黄光裕萌生退意。
《华夏时报》一篇文章如此评论：“黄光裕骨子里是个很讲义气的人，为朋友两肋插刀。而这个朋友是许钟民，其身份是中关村科技的董事长，黄光裕的广东潮汕的同村伙伴，两人一起在北京打拼多年，关系非同一般。显然，在中关村一役上，段永基抓住了黄光裕的命门，顺利出局，留下一个烂摊子。”
于是，黄光裕派驻到中关村的管理团队开始撤出，同时，他开始打算通过别的途径实现地产业务借壳上市。但或许经不起老乡许钟民的恳求，黄光裕抹不开许钟民的面子——和当年H股借壳是在香港“壳王”詹培忠的帮助下类似，黄光裕在国美A股借道也得到了许钟民的帮助；另据《财经》杂志称，2006年黄俊钦、黄光裕兄弟遭遇调查门危机，神通广大的许钟民也出力甚多。加之黄光裕已经深陷其中，当时已经陆续投入了4亿元，远较许钟民、段永基在中关村投入的3900万元和2600万元要多，黄光裕最终只能和许钟民共进退。
黄光裕决定放手一搏。通过收购中关村科技的资产，承租物业，或授予建筑业务等方式，累计为中关村提供了超过9亿元的资金支持。而在许钟民和黄光裕的努力下，中关村33亿元的CDMA债务解决看到了曙光。而此时，掌控中关村科技达8年之久的段永基，已经金盆洗手、全身而退，准备远赴非洲探矿淘金去了。
2007年12月31日，中关村通过清算债权和出售、出租中关村科贸中心等存量房产的方式，将总计10多亿元的各种前期债务问题全部解决。2008年4月24日，经历了股改和新股东入驻的中关村公布了2007年业绩，并开始了国美式布局。
解决了大麻烦的黄光裕，当时似乎对中关村未来的发展信心十足。曾经有人向黄光裕提出，给中关村老股东贴了几十亿元非常不值。但黄光裕却说，做企业的人眼光要放长远一些，虽然目前贴了点钱，但是从长远看，现在的股价将是一个地板价。
2008年5月4日，中关村科技召开第三届董事会，审议通过“中关村”将向鹏泰投资及一致行动人非公开发行股份，用于收购其合并持有的北京鹏润地产控股有限公司100%的股权。黄光裕拟将约180亿元优质地产注入中关村，对中关村进行实质性的重组。根据《预案》，黄光裕注入上市公司的鹏润控股房地产项目包括：大康国际鞋城项目、鹏润建国大酒店项目、重庆鹏润蓝海住宅项目、重庆解放碑国泰广场项目、无锡电瓶厂项目、沙河项目、金尊大厦项目、宋庄项目、崔各庄项目、张家湾项目等。
和7个月前相比，地产股价格已经多半腰斩，而国美还以每股14.67元的价格交易，付出成本太高。这个增发价格让黄光裕“倒贴”了不少，使得黄光裕实际持有股份减少4亿股，使得其未来经营整合难度加大。不过，黄光裕最终还是兑现了承诺。
