在苹果内部，这款手机的研发高度保密。iPhone在苹果内部的项目名称为P2，这是英文Purple 2的缩写——此前苹果和摩托罗拉合作的ROKR手机被称作Purple 1。
参与这一项目的员工要通过一扇又一扇门，一次又一次地刷员工证，并输入数字密码才能进入办公室。办公区普遍安装了摄像头。当你进行产品测试时，必须穿上黑色外衣，进行操作时会有红色的灯警告你：要特别小心。
保密是苹果十分重要的一项企业文化，为此苹果极少和媒体、投资人公开打交道，并很少参加各种电子展会。它几乎只在新产品上市这样的场合和外界沟通，以获得轰动效应。
这款手机的研发团队被分散到好几个地方，而当苹果的高级主管前往Cingular沟通会面时，他们以半导体公司Infeneon(英飞凌)工程师的身份来伪装自己。
此外，研发iPhone的硬件和软件的团队是完全分开的。搞软件的工程师所研发的硬件的确是iPhone，但是其中灌装的软件确是伪装的，连他们自己都不知道，自以为是真正的iPhone软件。
而搞软件的工程师也是如此，虽然他们在开发真正的iPhone软件，但是所用的硬件却装在木盒子里，一些工程师甚至以为未来的iPhone，居然还是木头外壳的。
其实到2007年1月，当乔布斯在Macworld大会上真正公开展示出iPhone时，很多研发的工程师才搞清楚原来这才是真正的iPhone，其实当时之前大约不到30位资深人员才知道产品最终的模样和状况。
在iPhone发布之前，互联网上关于苹果手机的假想图和假新闻铺天盖地，其中竟然没有一条与真正的iPhone相符，难怪乔布斯在发布iPhone的MacWorld2007大会上得意洋洋地说道，在送到FCC检测的时候，苹果的秘密已经掩盖不住了，“我们决定让苹果自己来把这台新手机告诉全世界，而不是FCC”。
在苹果iPhone的合作伙伴中，Google、雅虎以及运营商Cingular等重要角色竟然从来没有见识过苹果iPhone的真面目。
甚至苹果公司的一些高级官员也表示，在iPhone发布之前根本不知道这款神秘手机到底长什么样子。苹果iPhone与乔布斯之间将秘密保持到了最后一刻，这其中所表现出的不只是苹果公司对首款手机的重视程度，也体现了苹果严格和成熟的管理机制。
伊夫负责的设计部是苹果里面最机密的部门。他们的办公楼其他部门的苹果员工都进不了，从设计部离职的人，要和律师谈三个小时，签下各种协议，不可说任何故事，连去过什么城市都不可说，因为“那样别人可能会猜出苹果在跟谁合作”。
苹果公司之所以能够将让iPhone的细节滴水不漏，主要是因为乔布斯充分利用了法律的武器。
在这个充斥着监控设备的时代，道德规范已经不足以得到完全的信任，因此，苹果公司在涉及产品细节的环节上都以“秘密保证协议”作为首要考虑事项。“协议”警告所有工作人员、外聘人员不能以任何方式将iPhone的任何资料对外泄露，否则就会被送上法庭，受到牢狱之灾。
对于那些对外泄露一点点公司机密的员工，苹果会毫不犹豫地开掉，以起到震慑效果。
谈论即将发布的产品对苹果员工来说极其危险，以至于苹果员工要么装傻，要么扮无知。 “我每天被追问下一代iPad或iPhone不下5次，我只能说我不知道。但如果我说下一代iPad将有摄像头，那我的麻烦可就大了。”一位苹果员工对外透露。
“甚至每天看报纸我都会避开科技板块，这样我在与别人聊天的时候才不会不小心冒出自己的看法。 我宁愿对科技一无所知。”这位员工略显夸张地形容道。
“乔布斯非常在意其私人生活。就我知道他以来，他对各种事情都非常小心谨慎，只信赖极少数人。”早年曾担任苹果公司媒体顾问的硅谷著名营销老兵里吉斯·麦肯纳(Regis McKenna)表示。
在苹果内部，甚至有一个类似“苹果的盖世太保”的组织，它的官方名称叫做“全球忠诚团队”(Worldwide Loyalty Team)，在苹果的一些员工眼中，他们就像是一群间谍，专门监视苹果各大总部和店面的情况，并直接向苹果CEO史蒂夫·乔布斯和CFO彼得·奥本海默(Peter Oppenheimer)汇报情况。
一位化名“汤姆”的苹果前员工说：“苹果的这些‘间谍’无处不在，尤其是在一些有可能泄露机密的部门。就连管理层都不知道他们的存在。一旦他们怀疑信息被泄露，他们就会立即赶到你的办公桌前，当场收掉你的全部手机，并检查里面所有的短信和照片，同时展开没完没了的调查。”
在这个过程中，所有的员工都必须启动电脑的屏幕保护程序，以确保他们不会相互沟通，也不会与外界联系。而且所有员工都被要求保持沉默，不许发短信，也不许打电话。如果有谁拒绝遵守命令，就会被辞退，而且永不录用。
苹果公司还经常采用“替身”做法，为防止苹果的合作伙伴泄密，Google、雅虎等iPhone软件的合作公司不需要见到手机原型，只要提供相应的软件给苹果公司，就能够让合作顺利进展。
苹果会经常向外释放错误信息，以混淆或掩盖分析师和媒体对于新产品的感知能力。几年前，苹果的一位高管曾向外表示“苹果没有兴趣开发便宜的、不带屏幕的 iPod ”。但不久之后，苹果就推出了 iPod Shuffle 。
而在运营商方面，Cingular根据传统需要看到苹果公司拿出的iPhone原机图，才能开展后续的谈判。在这方面，苹果公司毫不在乎地提供了iPhone的一系列“替身”产品，而此时，真正的iPhone还在伊夫领衔的设计团队手中不断地完善。
在图形界面上，苹果公司为iPhone设计了完美的保密计划，对程序员只提供相应的部分代码，整个手机软件界面也进行了一系列伪装，即便是资深的程序开发人员也无法得到iPhone手机真正的系统界面。
这些严格的保密措施，为iPhone最后的轰动上市埋下了伏笔。
