英军蹂躏华盛顿未取得任何军事效果，相反，它在美国人民心中激起了巨大的愤怒和复仇情绪。
令人费解的是，在与“海上霸主”英国的海战中，美军取得了惊人的战绩，其中包括1813年美军取得的伊利湖战役和泰晤士河战役的胜利。美国的私掠船也肆意追捕英国商船，并大获其利。这些战役虽不能打破英国的海上优势，却足以影响英军的士气和自信心，打乱其战略部署。
1814年，美国陆军也在巴尔的摩港大败英军，后又取得普拉斯堡等战役的胜利。
当美英双方都已对战争感到厌倦之时，和谈的大门被打开了。
但谈判之路是艰苦漫长的，直至1814年12月，双方才签订了《根特和约》，以维持战前状况为条件，结束战争。但此时历史对交战双方开了一个玩笑，由于当时通信条件的限制使缔约的消息姗姗来迟，1815年1月双方仍发生了一场新奥尔良战役，美军取得了重大胜利。
当这两个消息传到华盛顿时，麦迪逊欣喜若狂。
在这场战争期间，美国付出了巨大的物质损失，其中伤亡和失踪近一万人。战争使美国的国家安全得到了保障并缓和了国内矛盾。战争彻底结束了美国在经济上对英国的依赖，获得了真正的经济自主权，同时刺激了国内制造业的发展，使美国开始向工业强国迈进。人们把这场战争称作“第二次独立战争”。 这场战争还推动了美国的军事理论和军队建设事业的发展，锻炼了一大批优秀的军事指挥人才，其中门罗、安德鲁·杰克逊等五位将军后来分别先后成为共和国总统。
战争的结束也使麦迪逊度过了执政的危机时期，他的总统任期的最后两年是在比较平稳的情况下度过的。由于在战争期间阴谋分裂联邦，联邦党在战后很快就消亡了，党派之争大大缓和。西进运动再掀高潮，促进了经济的繁荣和社会结构的变化。
1815年，麦迪逊出于对国家安全的考虑，建议大大增加拨款数额，以加强海陆常备军的建设，要求征收财产税和保护性关税。此后，海军建设的步伐明显地加快了，对各类商品特别是美国纺织品的保护性关税增加了。
这时期，麦迪逊调整了他的经济政策，以便加快美国的工业化的步伐。1816年，他签署了《第二银行法》，以设立新的国家银行，并通过了关税条例，提高关税率，以保护发展中的民族工商业。他还对国家的交通运输和教育事业给以大力支持，如修建公路、运河，支持筹建公立学校和大学等。几年之内，美国的国力明显增长，经济生活和政治生活的面貌都发生了巨大变化。
但麦迪逊仍坚持有限政府的原则，反对政府权力的过度膨胀。在卸任前夕，他否决了关于用联邦资金来改善国内交通运输的法案，其理论依据便是：必须对宪法予以严格解释，而《联邦宪法》中并没授权联邦政府修筑公路和运河。
