同盟会员胡瑛于汉皋被捕，被判终身监禁。
同盟会员孙毓筠、段书云、权道涵在南京被捕，被判终身监禁。
同盟会员李发根、廖德蕃在扬州被捕，被判终身监禁。
同盟会员杨卓林在苏州被捕，“直供革命党不讳”，被斩首。
而起义最初的组织者刘道一，也在清军于长江流域的大搜捕中被捕，一九○六年的最后一天被斩首于浏阳城外。
史书记载：“是役也，吾党中英俊死者数十人，诚可痛惜也。”
而整个起义死难者达万人以上。
“是役起事声势之大，为从前革命诸役所无；而牺牲革命党之众多，亦为从前所未有。”
五年以后，武昌首义，民国创立，民国陆军部以大总统孙中山的名义下令优恤刘道一： 湖南烈士刘道一，游学日本，与其兄揆一，密谋光复，纠结会党首领马福益，于甲辰冬起兵浏阳，事败，乘间走日本，苦心计划，联络会党，传播革命思想。岁丙午，复与党首萧克昌等起义于萍浏醴等处，事败，被逮，狱吏用酷刑讯供不得，遂以烈士佩章所镌“锄非”二字定狱，从容就义，死得极惨。方今民国成立，共和永建，凡从前为国死义之士，均以先后表彰，各在案。烈士尽瘁革命，屡蹶屡奋，联络各党，鼓励民气，厥功甚伟，而惨遭亡清官吏之毒杀，遗骸至今未掩，行路悲哀，允堪悯恻，自应准予列入大汉忠烈祠，同享恤典，并将事迹宣付国史院立传。应得恤典，仰陆军部查照恤赏章程，从优核办，以顺与情，而慰忠魂为要……长江流域的起义并未因同盟会员的流血而终止。
一九○七年五月二十二日，革命军占领了广东潮州府饶平县黄冈镇——“黄冈之地势，粤之东陲，有黄冈城焉，属于潮之饶平县。商务繁盛，为闽粤往来之孔道。满清于此曾设有协镇都司守备及左右城守、同知巡检文武诸官，诚要地也。”
这是孙中山直接领导的第三次起义。
起义的策划者是孙中山从海外委派回国的许雪秋。
许雪秋，原名有若，“任侠好客，挥金如土”的新加坡富商之子。父亲去世后给他留下大量遗产，于是他花钱买了个候补道的官衔。他懂武术，一身功夫，与江湖会党交结甚密。在南洋生活期间，受到革命党影响，一心想拉起武装大干一场。一九○四年，他在故乡潮州联络三合会头目余丑、余通、陈涌波等人，在海阳立坛歃血，约定举事日期为：一九○五年四月十九日。自封革命军司令的许雪秋指定了联络学界、会党和各省同志的负责人，并在修建潮汕铁路的工人中发展了几百人，又以成立团练以防海盗为名公开招募了数百人。但是，如之前所有的暴动一样，举事的消息再次泄露，清军开始了大规模搜捕。当许雪秋得知自己已被怀疑时，这个颇具武侠风范的富商之子居然怀揣手枪只身闯进潮州衙门，他侃侃自辩，神情自若，官吏们竟没有一人怀疑这个有钱的地方大绅。举事未成的许雪秋回到南洋筹款，在新加坡，他认识了孙中山并加入同盟会。他在孙中山那里得到一个官衔：民国军东军都督。孙中山派同盟会员方汉成、方瑞麟、乔义生、李思堂、张煊、方次石和日本人萱野长知、池亨吉等人到香港协助。许雪秋再次回到故乡，召集会党首领策划起义，日期定在一九○七年二月十九日，行动计划是：佯攻汕头，主攻潮州府城。但是，因为发动攻击的时间传达有误，各路起义军没能按时集结，许雪秋在潮州东门外一直等到天亮也没见到队伍，只得命令起义行动中止。不久，就传来有会党成员被捕杀的消息。孙中山要求耐心等待时机，切勿孟浪行事，但会党成员的被杀激起了起义军的愤怒。五月二十二日，当得知又有两名会党兄弟被官军抓走时，余丑、陈涌波等首领忍无可忍，遂召集七百多人在月下宣誓，宣布谁能枪毙黄冈守备黄其藻、城守许登科、巡检王绳武，得上等赏赐；谁抓到同知谢兰馨、都司隆熙和城守萧世华，得次等赏赐。宣誓完毕，各路会党从东、西、南、北四面向黄冈城发起了猛攻。战数时，势垂破，天忽大雨。党军所用枪械，多是土制，药尽湿，不能射，反被击退，至东西辕门外。雨仍未止，天将黎明。党军冻馁交迫，几不能支，陈涌波乃献策从协署左侧慰忠祠纵火焚毁，以寒敌心而壮士气。未几火光冲天，军声如雷，敌仍死守不退。涌波乃命余永兴，督率军士作战，己则亲冒矢石，直闯进协署，劝蔡河中（清军守备）降，动以情义，河中竟缴械受编。于是黄城遂为党军所有矣。清廷潮州镇总兵黄金福驻扎在距黄冈三十里的井洲。黄冈失守后，黄金福欲带兵三百前来增援。已被起义军推为司令的陈涌波以为：“黄镇亲来，则潮汕空虚，宜派兵乘虚攻之。潮汕既下，则清军巢穴已失，不战自溃。”于是，起义军向潮汕发动了攻击：……先是汫洲林姓时与港西各姓械斗，林姓用石建筑炮台，以避弹丸。两军对垒时，该炮台早被清军据为屏障，陈涌波即分党军为二，猛勇进攻，然地形险峻，而土炮不敌洋枪，至午遂北，伤数十人，死十余人。陈涌波既败，即命蔡德赴黄冈求援。党中闻耗几溃，余丑披发誓众，众感动，声势复壮。蔡德复率众往救，以清军武器精，能及远，党军不能支，乃群负湿水棉胎，借以避弹，易枪为刀，与敌扑战。清军阵势大乱，将次溃退。忽喇叭声大震，清军游击赵祖泽在坚灶率兵由水路至，将败之清兵得此生力军为助，势复振。党军前后受清军夹攻，所发土枪不能及远，死伤数十人，渐失其战斗力，遂下令退却……黄金福等来了省城的援军，据守黄冈的起义军“械劣弹乏，不堪再战”，遂宣布解散。黄金福进入黄冈城后，“惨杀乡民二百余人”。距此百余里有东灶乡，因为起义军提供过粥食，被黄金福下令“焚毁其祠堂及大屋十余间”。
