檀香山的情况更令孙中山失望：“兴中会之团体，久已荡然无存，会员中能始终不变者只有邓金、邓照、李昌、程蔚南、许直臣、何宽、李安邦等十数人，然亦慑于保皇会之声势，莫敢或抗，惟缄口结舌，以期待先生重来而已。”一八九九年，梁启超来到檀香山，鼓动保皇以救中国，并借助他的声望令多数兴中会员转为保皇派。孙中山不禁自责，以往专心于组织国内暴动，“未暇谋及海外之运动，遂使保皇纵横如此”。他开始大声疾呼中国不能实行君主立宪，只有民主共和才是唯一的出路：……我们必须倾覆满洲政府，建设民国。革命成功之日，效法美国选举总统，废除专制，实行共和……观于昏昧之清朝，断难实行其君主立宪政体，故非实行革命，建立共和国家不可也……孙中山决定创立一个新的组织——中华革命军。
为了吸引拥护革命的华侨入会，孙中山加入了檀香山的会党组织——洪门，并被封为洪棍。洪门军职分为洪棍、纸扇、草鞋三级，洪棍“即元帅别名也”。
洪门是以反清复明为主要宗旨的著名会党。
此后，孙中山发动的所有武装起义都以洪门会党为主力。
孙中山对保皇派的筹款十分愤怒，认为这是康梁在骗取华侨的血汗钱：“闻在金山各地已敛财百余万，大半出自有心革命倒满之人。梁借革命之名骗得此财，以行其保皇立宪，欲率中国四万万人永为满洲之奴隶，罪通于天矣，可胜诛哉！”为了与保皇派抗衡，以中华革命军的名义，孙中山发行了一元和十元两种军需债券，并承诺革命成功后连本带息十倍偿还。
史书中没有当地华侨认购军需券数额的记载。
在檀香山住了半年，没有取得显著成果。
一九○四年三月，孙中山决定前往美国，路费是华侨资助的。
临行前，孙中山对外国记者说，他有一个今夏在中国“大举起义，倾覆满洲”的计划，关于起义的具体时间和地点不便透露。记者们惊讶之余说：“我望有日得到了消息，汝被推举为中华民国大总统。”孙中山“莞尔一笑”。
为了能够顺利地进入美国，孙中山设法搞到一张檀香山出生证明，然后经在檀香山法院宣誓，领到了美国岛居民所持有的护照。但是，当他于四月六日抵达旧金山港时，还是被美国移民局登船检查的官员扣留了。
这是继伦敦蒙难后，孙中山再次陷入险境。
他被有保皇党背景的人出卖了。出卖者把他即将前往美国的消息，告诉了大清帝国驻旧金山领事何祐，何领事立即要求美国移民局禁止孙中山入境。美国政府无意禁止孙中山入境，但是，大清国皇族溥伦将于四月二十日到达美国，为避免可能发生不快之事，美国人认为最好将孙中山与溥伦隔开，办法是寻找借口将孙中山暂时扣留，待溥伦到达旧金山至少一个星期后，再把孙中山放出来。结果，孙中山刚一抵达旧金山，移民局的官员便说，尽管他持有檀香山出生证明，并不表示他具有美国公民的权利，而且其护照有伪造的嫌疑。于是，孙中山被拘留在港口的一间木屋里，那里面挤满了由于各种原因被扣留的华人。
这是一个令孙中山不堪回首的时刻。
至今，档案史料中还保留着这样一张照片：孙中山像所有罪犯一样将写有自己名字的木牌举在胸前。
数日之后，美国移民局判决将孙中山驱逐出境，等候轮船返回檀香山。
在港口木屋里度日如年的孙中山，突然间在被扣留的同伴那里看见一张《中西日报》，上面写有“总理伍盘照”的字样。他想起一八九五年流亡美国时，曾有人向他介绍过此人，说他是一位著名的基督教学者，“以说教及办报蜚声于时”。孙中山立即草拟了一封信托卖报人带出——（“乃草一函，求一卖报西童带往沙加缅都街中西日报，外书伍盘照博士收讫。）另有英文‘到奉带书人七角五分’字样。”
