但根据顾雏军与容桂镇政府之间签订的正式协议和补充协议，顾雏军不但要掏出3.48亿元真金白银（尽管有人说顾雏军实际上只支付了1.5亿元，但并无证据），而且还要承担9.12亿元巨额债务。其实顾雏军买科龙价格并不便宜。
“2002年，全国新闻界都认为我收购科龙并非明智之举，当时很多人都对我能否经营好科龙产生质疑。但令人不解的是，如今竟然流行一种说法，认为我收购科龙占了大便宜，我感觉这种说法十分荒唐。这就好比我在一块没人看中的贫瘠土地上播种，等有了好的收成，却被别人说成我抢占了一块肥沃的土地。”
顾雏军的抱怨并非没有道理。
除了容桂镇政府，顾雏军的资金来源也成了媒体关注的焦点。格林柯尔在香港上市时，媒体的质疑集中在格林柯尔的业绩，格林柯尔收购科龙时，媒体的质疑则集中在顾雏军的资金来源。不止一家媒体认为顾雏军玩的是“空手道”，空手套白狼；甚至有媒体怀疑这场收购是商业欺诈，认为顾雏军是个骗子。
空手道也好，骗子也好，其实并无根据。3.48亿元也好，1.5亿元也好，顾雏军毕竟付了钱。
顾雏军日后说：“如果不把钱先给地方政府，你认为地方政府会把企业交给你吗？如果地方政府把美菱这样的企业卖给骗子，那么这一届政府恐怕就要下台了。对于科龙，我不止一次说明，收购科龙的资金都是我个人的。当时银行只收不贷，我个人也没有名气，当然只能自己出资了，但这点实力我还是有的。”
顾雏军说的是事实。容桂镇政府不是傻子，顾雏军不掏钱，他们怎么会把偌大的企业交给他？
收购科龙时，顾雏军的确没有贷款。因为银行正在追缴科龙的欠账。面对关于钱的质疑，顾雏军反复说：“我用的是我个人的钱，是格林柯尔集团内部的钱。”
2000年7月，顾雏军绝对控股的格林柯尔在香港创业板上市，筹资5.45亿港元。2001年，其净利润由2000年的2.69亿元攀升至3.39亿元，两年的毛利率都高达80%以上。2001年6月，顾雏军减持香港格林柯尔（8056.HK）股票，套现2.48亿港元。
同年，香港格林柯尔以预付款的形式向顾雏军控制的天津格林柯尔公司转移2.3亿港元制冷剂购买款；加上顾雏军2001年所获香港格林柯尔股息8000万港元，三笔共计5.6亿元现金。
这就是顾雏军收购科龙的资金来源。应该说，顾雏军的资金来源并不是一笔糊涂账。
但顾雏军收购科龙的这笔交易并不是完全没有问题，其中违规之处也十分明显。
顾雏军为收购科龙特意搭建了一个平台——顺德格林柯尔企业发展有限公司。公司成立时的注册资本为12亿元人民币。
这12亿元是有水分的。在12亿元的注册资本中，顾雏军的个人出资额占90%，其父顾善鸿的出资占10%。其中，以货币形式出资的仅为1.8亿元，知识产权出资高达9亿元，知识产权作价所占比例为75%，这违反了《公司法》。《公司法》第二十四条规定：股东可以用货币出资，也可以用实物、工业产权、非专利技术、土地使用权作价出资……以工业产权、非专利技术作价出资的金额不得超过有限责任公司注册资本的20%，国家对采用高新技术成果有特别规定的除外。
显然，顾雏军这样做的目的是为了使收购科龙的资本总额“达标”。由此可见，当时的顾雏军口袋里并没有足够的收购资金。
如果顺德格林柯尔的注册资本只有3亿多元，而收购科龙的整个金额又高达3.48亿元，已经接近全部的注册资本，这显然又违反了《公司法》。
《公司法》第十二条规定：公司向其他有限责任公司、股份有限公司投资的，除国务院规定的投资公司和控股公司外，累计投资额不得超过本公司净资产的50%，在投资后，接受被投资公司以利润转增的资本，其增加额不包括在内。
这里需要指出的是，顾雏军违反《公司法》的前提是顾雏军手中的知识产权不属于高新技术成果，所以只能按20%计算。
但如果顾雏军手中的顾氏制冷技术和其他专利属于高新技术，那么，顾雏军按12亿元计算顺德格林柯尔的注册资本是没有问题的，顾雏军的所作所为也就没有违背《公司法》相关规定。在顾雏军眼里，他所拥有的知识产权肯定属于高新技术。
顾氏循环理论和顾氏制冷剂本来就是多年争议不下、没有定论的东西。因此，在顾雏军收购科龙时，并没有权威部门认定顾雏军的知识产权不属于高新技术，否则顾雏军12亿元的顺德格林柯尔就注册不下来了。
但在2002年工商年检中，工商行政管理部门查出了顺德格林柯尔注册资本中无形资产所占比例过高的问题，因其不符合企业工商登记注册的规范要求，顺德市工商行政管理部门不予年检。后经有关部门协调才暂准其办理年检手续。
按工商部门要求，顺德格林柯尔要达到12亿元的注册资本，现金或者实物资产必须达到9.6亿元，才可以附带有2.4亿元的专利技术投入。因此，工商行政管理部门要求顺德格林柯尔股东再缴纳6.6亿元的出资额。
于是，顾雏军旗下的格林柯尔制冷剂（中国）有限公司拿出了6.6亿元。由此，顺德格林柯尔的股东变成了顾雏军和格林柯尔制冷剂（中国）有限公司。顾雏军所持的20%股权为知识产权投入。格林柯尔制冷剂（中国）有限公司所持80%的股权来自两个方面，一是顾雏军和其父顾善鸿的3亿元货币出资，一是用6.6亿元从顾雏军那里换取的知识产权。
经过如此转让，顾雏军20%知识产权投入由7500万元变成了2.4亿元，增加了1.65亿元。如果顺德格林柯尔就维持这样的股权结构，似乎可以将其看作是对过去不实出资的纠正。但是，格林柯尔制冷剂（中国）有限公司在2003年5月26日又将40%的股权以4.8亿元转让给了顾雏军。经过这样两次倒手，至少有6600万元的所谓知识产权投资得以变成了现金收入。
此时的顾雏军真有几分资本运作高手的模样。
顾雏军收购科龙时的第二处违规是关联交易。
顾雏军为了拼凑5.6亿元的收购巨款，不得已做了2.3亿元的关联交易。2001年，香港格林柯尔以预付款的形式向顾雏军控股的天津格林柯尔公司转移2.3亿港元制冷剂购买款，而这样做肯定是违反《证券法》的。2005年年初，香港证监会就曾对2001年香港格林柯尔与天津格林柯尔的交易进行谴责。
从顾雏军收购科龙的两处违规来看，都是因为缺钱导致的。顾雏军曾放言：“我最不缺的就是钱。”实际上，无论是在香港上市时的顾雏军，收购科龙时的顾雏军，还是后来疯狂收购时的顾雏军，最缺的恰恰是钱。顾雏军的倒台就是因为缺钱，因为资金链断裂。
顾雏军在资本市场令人眼花缭乱的表演，很快为他赢来“资本运作高手”和“资本大鳄”的称号。但顾雏军对此并不认可：“在我理解，这种并购算不得什么资本运作，因为资产没有变化，主营业务也没有变化，我只不过得到了一个发展实业的平台，所以说不上是什么资本运作高手。”“真正的资本运营是更高级的商业智慧，而真正能够运营资本的人是高手中的高手。而我们这样只能算次一等的人，只是把一个企业潜在的市场机会买到手而已。”
顾雏军还有一句名言：“在资本市场，我只能算一个木匠。”
