1928年后，章太炎开始隐居不出，专心学问。据章太炎的私淑弟子、上海名医陈存仁说，当时章太炎处境颇为困窘，唯一的收入，只靠卖字（多卖给朵云轩）；因为他常年患有鼻窦炎，每天所吃的无非是腐乳、花生酱、咸鱼、咸蛋等；常年衣衫不过三四套，从未见他换过新衫；因为常与人交恶，拜访他的人也很少……
陈存仁是医生，章太炎对中医也有很深的造诣，尤其对《伤寒论》文献的研究，更有独到之处。章太炎著有《霍乱论》、《猝病新论》、《章太炎先生论伤寒》等医学书，曾有人问他：“先生的学问是经学第一，还是史学第一？”章太炎答：“实不相瞒，我是医学第一！”
据陈存仁说，某年春间他与另一名弟子章次公陪同章太炎夫妇去杭州，在那里待了数月而归。到杭州的第二天，章太炎一大早就去原曲园拜祭老师俞樾，不料此时已经物是人非，主人也已数易其主，竟不知此为俞樾故居。又一日，章太炎去楼外楼饭店吃饭，吃完后为楼外楼主人写一首极长的张苍水绝命诗，这时蒋介石夫妇由杭州市长周象贤陪同，也简装轻行地来到楼外楼吃饭，双方因为互不相识，也就未打招呼。
蒋介石夫妇吃饭很快，在临行之前，周象贤低声对蒋介石说，对面那个写字的就是章太炎。蒋介石听后立刻过来招呼说：“太炎先生你好吗？”章太炎说“很好很好”，蒋介石又问他近况如何，章太炎说“靠一支笔骗饭吃”。蒋介石说：“我等你一下，送你回府，你有什么事可以随时关照象贤。”
章太炎频说“用不到，用不到”，并坚持不肯坐车。蒋介石没办法，只好将自己的手杖送给了章太炎，作为纪念。章太炎对这根手杖倒是颇为满意，称谢握手而别。
次日，杭州各大报大登“章太炎‘杖国杖朝’、蒋主席关心故旧”的新闻。其实，在章太炎的眼里，蒋介石不过是个革命晚辈，何况他还亲自带人刺杀了同道陶成章，“故旧”一说，实难成立。而且，章太炎终身与蒋介石交恶，从无善言，这则故事的真伪，尚不得而知。
章太炎晚年居住在上海时，常闹笑话。有一次他出门买书，叫人力车送去，看了半天，一本没买，然后又施施然地出来，坐上另一辆人力车，车夫问他去哪里，他不记得自家地址，只说往西走。人家拉了他半天，问他到底住在哪里。章太炎说：“我是章太炎，人称章疯子，上海滩人人知道我的住址，难道你不知道吗？”车夫连连摇头，只好自认倒霉。
后来，章太炎稍微有了点钱，便在苏州买了栋房子，搬到那里定居。在苏州期间，章太炎办了国学讲习会，传授《小学略说》、《经学略说》、《史学略说》、《诸子学略说》等，收徒甚众，为保存国学做了很大的贡献。章太炎一生著作颇多，约有400余万字，其在文学、史学、语言学、医学、诗词、书法等方面均有成就，所著《国学概论》、《国学论衡》等著作可称得上民国时期的儒学经典。章太炎由才子到“疯子”、由革命家到国学大师，其一生并未虚度。
1936年夏，章太炎在国学讲习会给学生讲完《尚书》后，于6月14日在苏州病逝（病因应系鼻窦癌），时年六十八岁。去世前，章太炎只留下一句话，“设有异族入主中原，世世子孙勿食其官禄”，他似乎已经意识到今后的中国将发生什么危险。
鉴于章太炎“革命元勋”、“国学泰斗”的身份，南京国民政府下令举行国葬。但后来因为抗战爆发，时值乱世，章太炎遗骨一直未能安葬而是暂厝于苏州锦帆路寓所，直到解放后，浙江方面才按其遗愿，将其安葬于杭州西湖南屏山南明遗臣张苍水墓旁。
章太炎的一生都很矛盾，他既要革命，又想保留国粹；既要共和，又反对代议制政府；既是个儒者，又向往佛教……据陈存仁说，章太炎嫉恶如仇，凡人有不善，必面加呵斥，不稍留余地。到了晚年，只要是他不喜欢看见的人，绝不接见；即使见了，也不多说话，默尓顾他，不做灌夫之骂。章太炎晚年的志趣与早年迥然相异，日趋平实，其涵养功力日渐深邃，他曾给人写条幅，自嘲曰：“少年气盛，立说好异人，由今观之，多穿凿失本意，大抵十可得五耳。假我数年，或可以无大过。”
从突破传统到最后回归传统，章太炎最终从斗争中得到心灵的解脱。但不幸的是，他生活的那个年代，思潮越来越偏激、越来越激烈，他最终跟不上时代的潮流而被“革命”所抛弃，而他晚年在著作中表现出来的“疯”，何尝不是一种返璞归真的“孤愤”！所幸的是，在闭门不出、专心学术后，章太炎并没有辜负他的才华与早年的学术训练，终成一代国学大师；而与他同时代的一些才子佳人，在百年“革命潮”过去之后，早已湮没无闻矣！
