而据美国政府和美国宇航局说，他们第一是希望借约翰·格伦这个老头，研究老年人在太空中的生活和工作情况，研究人类衰老的秘密；第二，希望通过"不寻常的飞行"，能唤起公众对航天的热情和支持；第三是向人类显示普通人飞上太空已不再是梦想，因为老头能飞，年轻人更能飞。执行过"阿波罗12"号登月任务的宇航员艾伦·比恩也说："你完全可以告诉人们，航天飞机就跟坐飞机一样，去月球度假是完全可能的。也许人们并不相信我的话，但我相信约翰·格伦的太空飞行会改变人们的看法。"
1998年10月29日，77岁的格伦乘坐"发现"号航天飞机重新飞上了太空。这天美国各大电视台都进行了现场直播，美国总统克林顿和夫人也亲临发射场为他送行。经过8天的飞行，航天飞机于11月7日安全返回。这次飞行格伦的任务并不多，主要是配合做一些检查和医学实验工作。虽然飞行的时间比他第一次太空飞行的时间长得多，但感觉却比他第一次上太空舒服多了。在当年的"水星"载人飞船上，他像一只猴子一样被绑在座椅上，没有多少自由，更不知道什么鬼"太空乐趣"，反而是一次生命冒险。而在航天飞机上，他能自由活动，还能在失重环境下做各种有趣的实验和表演。
科学家认为，格伦的飞行对了解人类衰老问题的确很有帮助。格伦也说："人类社会趋于老龄化，到2030年，美国超过65岁的人口将达到6900万，是目前的两倍多，这将严重影响我们的经济、文化以及保健问题。因此，对人的衰老问题的研究也就成了迫在眉睫的事情。"
格伦第二次太空之行圆满成功，年愈古稀的格伦也成为太空飞行生崖最长的人。1999年，美国宇航局为了纪念这位具有传奇色彩的宇航员，将"刘易斯飞行研究中心"更名为"约翰·格伦研究中心"。格伦研究中心是美国宇航局航空航天推进、太空动力、卫星通信领域的主要研究中心，也是美国唯一的微重力材料实验室所在地。
