白宫建成之后，五世达赖喇嘛就迁居至此，并在这里居住了三十四年，直到公元1682年圆寂。布达拉宫从此成为历世达赖喇嘛的冬宫，拉萨重新成为西藏政治权力的中心。
公元1690年，五世达赖圆寂八年后，他最宠信的摄政王桑结嘉措开始在“凹”字型白宫中央的尊贵位置修建红宫和五世达赖喇嘛的灵塔。这项浩大的工程历时三年，动用了将近七千名当时最好的工匠，其中包括一百多位清政府派出的工匠和近两百位来自尼泊尔的工匠。仅红宫的建筑材料、工头工资、装塑佛像和宗教仪式等项目，就耗费白银两百多万两。
如果用藏传佛教中转世轮回的说法来比喻，我们今天看到的布达拉宫就是她的第二世。但这两个不同时空中的布达拉宫却有很多相似之处。
松赞干布的布达拉宫分为“王宫”和“后宫”，达赖喇嘛的布达拉宫分为“白宫”和“红宫”。松赞干布的布达拉宫是政府机构所在地，同时也是他和两位虔信佛法的王妃静修佛法的道场。而达赖喇嘛的布达拉宫则兼具寺院和王宫的功能和属性，白宫是西藏的政治和行政事务中心，红宫则是西藏的文化和宗教事务中心。在当时西藏人们眼里，白宫中的达赖喇嘛是以人的形象显现的世俗权力的拥有者，是西藏的统治者；而红宫中的达赖喇嘛则是观世音菩萨的化身，一位以修行证果为目标的高僧。
在藏传佛教所说的“息、增、怀、诛”四种事业中，白色代表“息”，即灭除灾难、和谐安宁；红色代表“怀”，即权力威德、尊贵荣耀。作为西藏政教合一时代的中心，布达拉宫的红宫象征四业中的威望权力，白宫则象征四业中的和谐安宁，代表着当时的人们祈求西藏政教事业兴盛的美好愿望。
五世达赖喇嘛之后，历世达赖喇嘛都对布达拉宫进行了不同规模的维修和扩建。直到公元1936年，十三世达赖喇嘛灵塔完工，形成了我们今天看到的由经堂、宫殿、灵塔组成的完整建筑群。
建成后的布达拉宫依山垒砌，群楼重叠，殿宇嵯峨，气势雄伟，有横空出世，气贯苍穹之势，坚实墩厚的花岗石墙体，松茸平展的白玛草墙领，金碧辉煌的金顶，具有强烈装饰效果的巨大鎏金宝瓶、幢和经幡，交相映辉，红、白、黄三种色彩的鲜明对比，分部合筑、层层套接的建筑型体，都体现了藏族古建筑迷人的特色。
有一句成语叫做“救人一命，胜造七级浮屠”。“浮屠”就是指塔。塔，梵文为“窣都婆”，是印度埋葬佛祖释迦牟尼火化后留下的舍利的一种佛教建筑，也音译为“浮屠”或“塔婆”，是坟冢的意思。佛经中讲到，建造和礼拜佛塔可以消灾灭罪、积累福报、植下善根，有非常大的功德。
