担心俄罗斯会把这件事作为借口，发动讨罪战争，侵略日本，东瀛三岛陷入极端的“恐俄症”中。事发第二天，天皇亲自出面赔礼认罪，政府则组织全国做出种种举动向俄罗斯示好，日本各地庙宇、教会全部被命令祈祷俄国太子痊愈，各种社团、人士发出的慰问电多达一万余封。更有甚者，日本山形县一个村子还通过法令，禁止姓津田的人家取名三藏。
5月20日，出现了一名27岁的日本少女留下向俄国政府的赔罪信后拔刀自杀、以命谢罪的极端举动。可在极力的弥补之外，又发生了一件令日本政府感到颜面难堪的事，尽管政府一再要求将凶手津田三藏处以极刑，但法院坚持司法独立，不受政令影响，只对他判处了无期徒刑。
面对日本国内一浪高过一浪的谢罪示意，俄国政府的反应非常冷淡，倒是对中国驻日公使的探望表现出了极度的礼遇，并通过电报向光绪皇帝致谢，“蒙大皇帝福庇，伤已平复，后日起程，由海参崴回国。大皇帝笃念两国友谊，前在广东、南京、湖北等处缛此优待，今复温旨垂问，贵使降临，感激无地。”[3]
离开日本，俄国太子在海参崴主持了西伯利亚铁路开工仪式，同时宣布加快海参崴军港的建设，从黑海、波罗的海舰队抽调军舰加强太平洋舰队实力。[4]修建西伯利亚铁路，意味着俄国可以以更快的速度从欧洲调运陆军来东亚；海参崴军港的营建，则表示俄罗斯将拥有在远东驻扎一支庞大舰队的硬件条件。种种迹象表明，俄国以日本为目标，进军东亚的战车开始大幅提速了。
在19世纪，日本在东亚政策问题上存在不同的呼声。围绕东亚局势，日本国内分为以当权的旧萨摩藩、长州藩人士为主的萨长派和以不直接参与政事的明治维新元老以及民间人士为核心的兴亚派，二派之间常常争得面红耳赤。
持“兴亚”意见的一派，主张在复杂多变的国际局势中，日本、中国两个同文同种的国家应该携手结盟，快速近代化，带领整个亚洲，对抗西方列强的东侵。“琵琶湖事件”发生后，日本感受到来自俄国的空前威胁，在这种危机压迫下，“兴亚论”渐渐占据上风，这才有了日本主动邀请北洋海军军舰访日，对外极力营造中日两国友好同盟的印象，从而达到警慑俄国的目的。
经历了一个月的访问，北洋海军舰船在热烈的欢送气氛中转棹返回，身后留下了罕见的广泛赞誉的报道。时隔不久，日本也派出“浪速”等军舰回访天津，进一步巩固中日同盟的既成面貌。
然而一股潜流，却在这段蜜月期内发出了越来越大的不同声音。萨摩藩、长州藩是近代打着“尊王攘夷”旗号，以不惜发动内战为代价，最终帮助天皇从各藩手中收取了国家权力的有功之臣。明治天皇夺取大权后，内阁主要由萨长派人物把持，著名的伊藤博文、西乡从道，都是这一派的代表人物。
