徐阶在扳倒严嵩之后，立即重新整合了一下官场，选拔了许多自己信得过的人。他先让自己的同乡胡应嘉做了吏科给事中，又让与自己有相同爱好，都喜欢程朱理学的欧阳一敬做了兵科给事中。明朝实行六部六科并行的制度，六科牵制六部直接对皇帝负责，而各科的给事中虽然只是七品小官，但因为要直接向皇帝负责，他们的每一句话都成为皇帝的重要决策依据。尤其是用人及官员考核这一方面，给事中能起很大作用。
另外，徐阶先后调了几人入阁，但那几位都称病婉辞。不得已，徐阶又将裕王府里的高拱和张居正调进了内阁。而这两个人都是嘉靖皇帝的儿子裕王的老师，曾经做了长时间的同事，已经培养了很深的感情，这是徐阶万万没想到，也不愿看到的。
严嵩之所以猖狂，就是因为仗着嘉靖皇帝的宠爱。而此时的嘉靖皇帝已经奄奄一息，他不仅不问政事，而且从来不许提立储的事情，这使得朝廷上下对嘉靖之后皇位到底花落谁家都举棋不定。对严嵩的弹劾也是朝廷内部对嘉靖的一次投石问路，在新旧交替之际，一朝天子一朝臣的历史循环又要重新开始。虽然嘉靖还在，但他的宠臣已经被弹劾下去了。不光是因为人们被压抑得太久，找到了一丝发泄的机会，更因为一件事情使得朝廷大臣们对未来的把握更加准确。在嘉靖还没有驾崩时，他仅有的两个儿子之一景王就于嘉靖四十五年（1666年）去世，他也没有儿子，这一支就算断了线，与争夺王位已毫无牵连了。下一任皇帝非裕王莫属，一向门庭冷落的裕王府顿时热闹起来了。而做过裕王老师的高拱和张居正一下变成朝臣争相拉拢的香饽饽，一向善于察言观色的徐阶正好借着自己首辅的位置，做个顺水推舟的人情，把高、张二人提前提进内阁当然是顺理成章的事了。
张居正刚入内阁不久，嘉靖皇帝就去世了。徐阶为了牢牢掌控政权，正好想借皇帝去世大做文章。他把自己一手提拔起来的张居正请进皇宫，两人秘密拟定了皇帝遗诏，全文如下：
朕以宗人入继大统，获奉宗庙四十五年。深惟享国久长，累朝未有。乃兹弗起，夫复何恨！但念朕远奉列圣之家法，近承皇考之身教，一念惓惓，本惟敬天助民是务，只缘多病，过求长生，遂致奸人乘机诳惑，祷是日举，土木岁兴，郊庙之祀不亲，明讲之仪久废，既违成宪，亦负初心。迩者天启朕衷，方图改彻，而据婴仄疾，补过无由，每思惟增愧恨。
盖愆成昊端伏，后贤皇子裕至。仁孝天植，睿智夙成。宜上遵祖训，下顺群情，即皇帝位。勉修令德，勿遇毁伤。丧礼依旧制，以日易月，二十七日释服，祭用素馐，毋禁民间音乐嫁娶。宗室亲、郡王，藩屏为重，不可擅离封域。各处总督镇巡三司官地方攸系不可擅去职守，闻丧之日，各止于本处朝夕哭临，三日进香差官代行。卫所府州县并土官俱免进香。郊社等礼及朕祔葬祀享，各稽祖宗旧典，斟酌改正。
自即位至今，建言得罪诸臣，存者召用，殁者恤录，见监者即先释放复职。方士人等，查照情罪，各正刑章，斋蘸工作采买等项不经劳民之事悉皆停止。于戏！子以继志述事并善为孝，臣以将顺匡救两尽为忠。尚体至怀，用钦未命，诏告天下，咸使闻之。
其实，这里面的内容全是徐阶和张居正为了自己的需要而随意写进去的，嘉靖皇帝怎么会突然临死时醒悟呢？但广大老百姓信以为真，都拍手称快，有的地方甚至放鞭炮以示庆贺。不久，裕王朱载垕继位称帝，史称明穆宗，年号隆庆。但这位短命的隆庆帝在位仅6年就去世了，当时才36岁。他短暂的继替不仅加剧了朝廷内部斗争的势头，而且也引起北部蒙古遗部乘机加紧勒索大明朝廷。内忧外患一时齐聚，张居正避开了斗争复杂的宫廷，转向处理边疆事务。在此期间，他提用好多武将，在文人当政把权的大明朝廷开辟了一个新的阵地，并随着边疆事务的吃紧，使自己成为真正的实力派。
为了表示拉拢也顺便向人们展示一下自己取贤用能的形象，徐阶在把自己的门生张居正收进内阁时，也把沉寂多年的高拱请进了内阁。但对这个老资格的新任皇帝的老师，他多少有些不放心。而高拱自己也不是一般的教书先生，他也有自己的想法，很想干一番大事，对权力的渴望是不言而喻的。从甘愿在裕王府里煎熬等待就可以看出他的耐力和眼光都是不一般的，面对徐阶私自立遗诏，同是内阁成员，只请张居正，却把自己晾在一边的做法，高拱的内心很是不爽，他此时已经给徐阶暗记了一笔。
