这样的奏疏确乎是史无前例的。往常臣下向皇帝作诤谏，只是批评一种或几种政策或措施，这种指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等于说他这几十年的天子生涯完全是尸位素餐，而且连为人夫及为人父的责任也没有尽到，其唐突之处真的是古今罕有。
所以，在嘉靖皇帝读罢这篇奏疏，其震怒的情状自然可想而知。据说，他当时把奏折往地上一摔，嘴里喊叫：“抓住这个人，不要让他跑了！”旁边一个宦官为了平息皇帝的怒气，就不慌不忙地跪奏：“万岁不必动怒。这个人向来就有痴名，听说他已自知必死无疑，所以他在递上奏本以前就买好一口棺材，召集家人诀别，仆从已经吓得统统逃散。这个人是不会逃跑的。” 皇帝听了默默无言，过了一会又读海瑞上疏，说道：“这个人可和比干相比，但朕不是商纣王！”
在逮捕海瑞关进诏狱后，嘉靖又下令追究主使的人。狱词送上后，嘉靖却留在宫中不发布，整日叹息，因为他不能忘记这一奏疏，其中有那么多的事实无可回避，可从来没有人敢在他面前哪怕是提到其中的一丁点！皇帝的情绪显得很矛盾。
正遇上皇帝的健康欠佳，心情郁闷，便召来阁臣徐阶议论禅让帝位给皇太子的事，便说：“海瑞所说的都对。朕现在病了很长时间，怎能临朝听政。”又说：“朕确实不自谨，导致现在身体多病。如果朕能够在偏殿议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？”
徐阶连忙予以缓冲，说：“海瑞这个人，说话一贯愚憨，但其心还是可以原谅的，请陛下对他法外开恩。”
过了两个月，嘉靖皇帝死，明穆宗继位，海瑞被释放出狱。
终于摆平了海瑞的事情，徐阶又开始忙于内阁的人事调整，这可是关系到他将来能否顺利、体面地退休的大事，所以慎之又慎。这时候，张居正的机会也就来了。
徐阶对张居正的器重，是始终如一的。他有意保护张居正不卷入任何正面的政治斗争中，只留在幕后。张居正自然明白老师的苦心，也决心有朝一日大干一场。
他对张居正的栽培，处处都有心机。当年，他提拔张居正担任国子监司业，使张居正在众多监生中有了威望，这是在为张居正积蓄做大事的资本。明代由监生入仕而担任各级干部的，有一定的比例。在他们中间，酝酿出一种“谁人不识张江陵”的气氛来，对日后的发展必会有用。
嘉靖三十六年（1557年），张居正仍回翰林院供职。这时的他在苦闷思索中渐已成熟，在政治的风浪中，他模仿老师徐阶“内抱不群，外欲浑迹”，相机而动。
嘉靖四十二年（1563年），也就是严嵩罢相的第二年，徐阶又把张居正的位置挪了一挪，推荐他去参与重校《永乐大典》，又让他担任修撰《兴都志》的副总裁，实际上就是主持全盘工作。这是一次精心的安排，目的是为了能让张居正给嘉靖皇帝留下一个深刻的印象。《兴都志》不是一般的地方志，由于嘉靖是从外藩入嗣，出生在湖广的兴都（即安陆），这是他父亲兴献王的封藩之地，也是他的故乡。在他继位后，兴都即更名为承天。所以，《兴都志》又称为《承天大志》，这是国史也是皇帝的家史，能够参与编著这个不一般的志，也算是很有面子的差事了。
