王直：在对抗与招抚之间
卢镗出狱后，与随后亮相的戚继光、俞大猷等一起面对的对手，就是在上述战役中侥幸逃脱的王直。
王直在双屿战役后，率余部北上定海的烈港，也就是烈表山，距舟山县城30公里。1549年，因官方在遣散剿杀双屿港的福清捕盗船时不支粮饷，导致大半兵船投奔王直麾下，使王直集团成为舟山海域独一无二的大势力，名声大作，并逐步成为继李光头、许栋之后独霸江湖的走私商人集团首领。
1550年，海盗卢七集团抢劫战船，攻击杭州江头西兴坝堰，劫掠妇女、财货。浙江的海道副使丁湛以“拿贼投献始容互市”为条件，要王直前去剿灭卢七集团，王直遂打垮卢七、沈九等海盗，缴获船只十余艘，消灭千余人。
1551年，海道副使李文进命令负责宁波府监察之职的通判唐时雍、把总张四维（此四维非彼四维）前去和王直商议，希望合力消灭陈思盼海盗集团。陈思盼曾将带船前来投奔他的海商王丹杀死，吞并其船队，王直就与原来属于王丹的陈部取得联系，以海道官兵以及宁波慈溪县柴美德及其家丁数百人为外援，里应外合，斩杀了陈思盼，并将其侄子陈四及属下400多人押送海道。
此数役后，王直确立了自己的海上霸主地位。他自号“五峰船主”，海上船只只有插上“五峰旗”方能进退。在实力最为鼎盛时，他拥众20万人，巨舰百余艘，并让毛海峰、徐碧溪等分领船队，往来日本、暹罗诸国，自称徽王。
朱纨捣毁国际走私基地双屿港后，舟山的走私海商分裂成互市派与寇掠派。王直便是主张通商的互市派，尽管海上快意纵横，但他始终没有放弃“开放海禁”的愿望，以谋取“合法经商”的地位。在捕杀陈思盼时，他以此为功，再次向朝廷提出开放海禁的要求，但只得到百石米的馈赠，互市之求被搁置一旁。
1552年，王直公然在舟山开市贸易，傅衣凌在《明代徽州商人》一文中提到，王直曾言倭国缺丝棉，必须开市，海患乃平，但这仅是王直的一厢情愿，1552年，王忬抵达浙东之时，标志着王直与官府“合作”的短暂“蜜月期”结束，一场新的血雨腥风即将来临。
之后，王忬遣俞大猷等人率兵夜袭烈港。王直猝不及防，于慌乱中乘船突围而出。有人说王直在日本避了4年，也有人说王直勾结日本浪人，派部属回来进行了极端报复，导致1553年的“壬子之变”，史书称海寇“蔽海而来，浙东西，江南北，滨海数千里，同时告警”。
海盗来势汹汹，势不可挡，闽浙海道，由暗中走私恶化为公开武装对抗，并另行开辟了日本—台湾—澎湖—福建大金、浯屿和粤东南澳的海上通道。在明政府眼中，他们的做法已经不是一般的出格。
相反，学得乖巧的葡萄牙人在1553年取得了在澳门的居住权，这也是明政府化解倭乱的一大举措。4年后，葡萄牙人以租借澳门的方式，独享了之后百余年间澳门作为广州外港的独特优势。在倭乱期间，葡萄牙人通过澳门和日本平户等港直接贸易，这是东海海域唯一不受海禁影响的航线。
在荷兰霸占马六甲的1641年之前，澳门逐渐发展成为世界贸易体系中的重要一环。葡萄牙史学家儒塞斯记载了这个贸易链条：
欧洲与东洋的贸易，全归我国（葡萄牙）独占。我们每年以大帆船与圆形船结成舰队而航行至里斯本，满载上毛织物、绯衣、玻璃精制品、英国及富朗德儿出的钟表以及葡萄牙的葡萄酒而到各地的海港上换取其他的物品。船从哥亚航行至爱琴得到香料与宝石，又从爱琴至嘛喇甲（马六甲）更得香料与宋大岛的白檀。其次，再把此等物品，在澳门换取绢加入为船货。最后，又把以上的货物到日本换取金银块，可得到投下资本的二三倍利润。然后，再在澳门滞留数月，则又可满载金、绢、麝香、珍珠、象牙精制品、航器、漆器，细工木器以及陶器而返回欧洲。
从王忬到继任者徐州兵备副使李天宠、杨宜，浙江倭患还是没有得以平息的迹象。闽浙总督张经、浙江巡抚李天宠、苏松副总兵汤克宽等人先后因不服领导、贻误战机等存在争议的原因而被处决，弃尸于市，参将汤克宽坐牢。兵部员外郎杨继盛因弹劾严嵩“五奸十大罪”，惨遭毒手。
徽州人胡宗宪接替任职不过半年，同是徽人的杨宜便出任了浙江、南直隶总督。经过陶宅之败，胡宗宪及权臣赵文华认识到，单靠明军脆弱的武力难以剿灭飘忽不定的倭寇。在这种判断下，1555年，赵文华与胡宗宪在“当事诸君与之筹划不敢出一语”的情况下，派辩士蒋洲、陈可愿等前往日本招抚倭首王直。此时，胡宗宪已经将王直的母亲与妻儿接到杭州作为人质。
王直让其养子毛海峰答复说，“愿意听从胡公的命令，但要开放海禁”。胡宗宪一口答应。1556年，王直将胡宗宪手下的指挥夏正扣下，部队交给毛海峰，自己孤身一人，于嘉靖三十五年十一月入胡宗宪府邸。
胡宗宪对王直早有收归己用之心，使请皇帝饶其死罪，令其戍守海上，但浙江巡按御史王本固坚持要杀王直，双方争执不下。不久，朝廷有人怀疑胡宗宪收受了贿赂，群情激愤。胡宗宪为替自己辩白，将王直交给王本固，王直遂入狱。王直在死前于狱中以带罪犯人的口气曾写了这样一份上书：
连年倭贼犯边……劫掠满载，致使来贼闻风仿效，纷至沓来，致成中国大患……此臣拊心刻骨，欲插翅上达愚衷，请为说客游说诸国，自相禁治。日本虽统于一君……其国尚有六十六国，互相雄长。其犯中国之贼，大致出于沿海九州，其他十有二岛，臣已遍历，劝自约束……经臣抚谕，必不敢仍请攻犯。臣当自五岛征兵剿灭，以夷攻夷，此臣之素志，事犹反掌也。如皇上慈仁恩宥，赦臣之罪，得效犬马之微劳驰驱，浙江定海外港，仍如粤中事例，通关纳税，又使不失贡期；宣谕诸岛，其主各为禁制，倭奴不得复为跋扈，所谓不战而屈人兵者也。敢不捐躯报效，赎万死之罪。
在迟疑两年后，王直被斩首，这等于判了王直死刑缓期两年执行。《周末》杂志曾刊发吉青文章《明代舟山抗倭二十年》，用情景式描写简要记述了王直死前的情形：
那天，王直被一顶小轿抬到杭州官巷口法场。临刑前，他提出要求：与儿子见最后一面。王直把束发金簪交给儿子，父子相拥而泣。然后，他拭去眼泪，不发一言，伸颈受刀，就此毙命。
