经过推测，断定是早餐时，在这船上发生了某些变数，于是再到船长室查看，发现重要的“航海日志”也不见了。
“这一定不是件单纯的事。有必要做更详细的调查。”摩亚哈斯船长便指示用绳缆拖着玛丽·塞雷斯特号，慢慢驰入直布罗陀港。
到了直布罗陀港，才知道就在德克拉吉亚号到玛丽·塞雷斯特号前一天的12月4日早上，在亚速尔群岛的岸边，一艘英国轮船高地号也与玛丽·塞雷斯特号擦身而过，当时，两船都还互相发出平安无事的信号。而德克拉吉亚号是于翌日的下午3点左右发现玛丽·塞雷斯特号，所以其间仅隔一天半。
随着调查的进展，得知玛丽·塞雷斯特号是载着酒精，由纽约前往意大利热那亚的。并且也同时得知，船上除了船长普利克斯及其夫人赛亚拉以及两岁的女儿苏菲亚之外，还有10名船员。那么，玛丽·塞雷斯特号里的人又是为什么突然消失的呢？
被海盗劫走。但是，这个意见几乎没有人赞同。因为，如果遭到海盗抢劫，船内应该残留打斗后的迹象。可是，不仅完全无此迹象，重要的财物也没有损失。
发现船侧受到轻微碰损，担心整个船沉，或是碰撞到大型流木之类，觉得危险才紧急逃生的。虽然这个理由说得过去，但是全员逃生不可能只用一艘小船。况且，因为惊慌失措而逃离主船的情况也令人难以理解。
载运的酒精经过强烈的日晒后，突然释放大量的瓦斯，船员有感于船身会爆炸之后，才匆忙逃离的。这个意见似乎显得有道理，然而同样的，仅靠一只小船能载着13人逃生，这一点还是说不过去；而且，假定这个意见是正确的，后来该船并没有到达任何港口。而就算全员皆亡故，为什么没一具尸体被发现？
美国政府相当重视玛丽·塞雷斯特号事件，其后的3年间也竭尽可能地调查，但是终究无法解开“无人船”之谜。不过，由于玛丽·塞雷斯特号的船体本身安然无恙，因此后来也找到了新的买主，而它也依然被作为货船使用。只是好景不长，数年后，它在大西洋上遇到暴风雨而沉没。
其实，一个多世纪以来，在浩瀚无际的威德尔海域，屡屡出现这种奇怪的无人漂船。而每一艘漂船，都是一桩难解的谜案。
1855年，英国“马拉顿”号三桅帆船，在威德尔海域碰到美国“斯特尔·勃朗”号三桅帆船，但见该船风帆落下，无人驾驶，随波逐流，船只完好无损，货物丝毫未动，食物、淡水充足，也没有任何搏斗和暴力痕迹，只是不见人，也找不到航海日志和罗盘。人们猜测该船船员也许乘舢板离去，于是，他们设法把它拖到纽约，经查询才知该船船员并未归来，在世界其他地方也没有发现他们。1880年，“德尔克拉”号帆船在威德尔海域被人们发现，也是同样的情况，船上一切完好无损，船长室的桌子上还摆着丰盛的早餐，可是全船人员却不知去向。次年12月，美国“爱伦·奥斯汀”号机帆炮舰，在威德尔海域发现一艘随风漂泊、无人驾驶的帆船，船上食物、淡水俱全，货舱里的水果、瓶酒完好，只是空无一人。
