新中国建立后，陈修和被任命为中央技术管理局副局长，以他在共产党、国民党两方面俱有威望的联系，对各方面情况的熟悉，因而在高级技术人才的安置、调配、任用上做了许多十分有益的工作。
1952年，中央技术管理局撤销，当时的重工业部部长何长工希望陈修和到重工业部当副部长兼总工程师。可他此刻无论如何也不肯再担任行政领导工作了，于是被当时的政务院聘为参事，成了没有具体职务的高级顾问。
没有具体行业划分的羁绊，无需费神平衡繁复的关系，又可尽其所能地直接向最高级领导层为国家振兴献计献策，这似乎更合陈修和的性情及意愿。
刚刚就任参事，陈修和便提出了一个后来引起极大争议并反复研讨数十年的建议——兴办三峡水利工程。他当时设想的是一个庞大的系统工程，包括南水北调，而利用长江水利资源发电，只是其中的一个子系统。
“我的重要专长是军工技术，为什么会就三峡工程提出建议呢？那是因为从抗战胜利以后，我更多地生活在北方，这时我才体会到赤地千里是一种什么光景。此前我生在南方，并长期工作在南方，那里雨水充足，从未领略过干旱的滋味，因而北方久旱无雨，大地龟裂、作物枯死的情景，给我留下了极深的印象，并从此牵动了我的心。”
“自20年代始，我就在川江造船厂、江南造船厂等处工作，乘江轮往返四川、上海之间，对长江丰富的水利资源有所了解。于是我想任凭长江水白白流入大海，为什么不能设法使之流到北方，造福于人呢？当我提出这一想法后，立即得到周恩来总理的赞许。经过一段调查，我得知三峡水位在海拔200米，郑州海拔在100米左右，北京的海拔在40—50米之间，三峡的水是完全可以引导到北方来的。”
