最后是张之洞训练出来的湖北新军推翻了他效忠一生的大清王朝，历史最终给他的评价是错综复杂的。
美国学者裴士丹在他的《迈入20世纪的中国：张之洞与一个新的时代》中这样评价张之洞：
他作为一个官僚型的民族主义者，其民族主义思想既包含了对中国资源和中国具有某些外国资本所需要的东西的自豪，也包含了对中国在不平等条约体系内行动所受的各种束缚和限制的认识。张之洞与外国人打交道的历史表明他决不是一个易受西方外交官影响的人物，也不是外国利益的代言人。与1900年之后的其他官员一样，张之洞在与外国人的交涉、维护中国利益过程中卓有成效。然而值得注意的是，在建立全国铁路网的建设中，张之洞没有抽象地谴责帝国主义，只要条件合理他愿意向外国借款筑路。但在1900年之后，几乎所有与列强的协定不管其是否合理、必要，都会立即招致怀疑，结果导致各种利益集团的叛离，打击了中央权威。在中国积弱、面对帝国主义强权的时代，张之洞的官僚型民族主义在阻止帝国主义的浸透上虽然最终没有比公众舆论的慷慨陈词更为有效，但在能够去除帝国主义之前，等待建立一个有强有力群众基础的国家政治体制是必不可少的。
在与中央政府的关系上，张之洞对他本人是中央政府的一员的认同是最为根本的。1895年之后，特别是1900年改革运动开始后，中央官僚机构在有关目标的制定、资源的控制、计划的管理以及改革等方面的领导能力不断扩大。作为一个国家官僚，张之洞对这一趋势持欢迎和鼓励态度。同时，他也意识到中央政府需要继续与其他相关部门处理好关系，政治领域需要非官方的参与。张之洞对朝廷存在的各种弊端并没有视而不见，他常常希望自己有能力清除朝廷内的各种阿谀奉承和无能，但他对中央政府的认同和忠诚从来没有动摇过。
与关心士绅或地方势力的威胁形成鲜明对照的是，张之洞对近代学生阶层和以学生阶层为基础的革命运动并不那么担心。在他看来，只要民族主义是这些学生革命活动的主要动因，那么只要改革派或政府部门满足他们希图国家强盛的诉求，与学生的合作之门还是敞开的；再者，只要这些学生大多数具有上层阶级或士绅的家庭背景，那么他们回国后也极易为这个在社会、经济和政治上都占主导地位的阶级重新吸纳；他们与社会另一底端秘密会社的联合通常表现不佳，一部分也是因为受他们的上层阶级的家庭背景的影响。这些因素结合在一起，最终导致学生只能是一股不能产生实际影响的革命力量。只有当秘密会社卷入革命活动，他才对革命的威胁产生关注，对于大规模的秘密会社的活动，他总是迅速做出反应，毫不迟疑地用武力加以镇压。然而，尽管如此，张之洞并不认为秘密会社本身具有推翻朝廷的能力，他们只是制造骚乱；只有当秘密会社与上层阶级的领导和组织联合在一起时，他才害怕他们的力量。因此，当发现学生或知识分子与秘密会社的联合努力取得进展时，张之洞总是做出强烈的反应，在1900年的自立会事件和1906年底的萍、浏、醴起义中，他对学生和下层的叛乱进行了残暴镇压。
另外，逊清遗老指责张之洞为“祸首”，恽毓鼎认为，清王朝是因为派东洋留学生、编练新军、推行立宪等新政改革而灭亡的，“罪魁祸首，则在张之洞”。王先谦说：“张南皮主办学堂、新军二事，遂为乱天下之具”。刘体仁称：“文襄练兵廿载，至是成为戎首”。
革命党人后来则以张之洞为“功臣”。张继煦认为，张之洞在湖北办实业、练兵、兴学等新政活动，使湖北“精神上、物质上，皆比较彼时他省为优，以是之故，能成大功。虽为公所不及料，而事机凑泊，种豆得瓜”。日本首相伊滕博文曾称赞他为“中国最能办事之人”。
