6月6日，天色阴沉，下着小雨。两名美国联邦调查局的特工来到钱学森的办公室。钱学森现在占据了冯·卡门以前位于古根海姆大楼第二层的办公室。房间很大，办公桌上摆满中文杂志。桌子后面是一块写满了数学公式的黑板。两名特工的来意很简单：钱学森是不是，或是有没有加入过共产党？
联邦调查局宣称，20世纪30年代，钱学森在加州理工学院过从甚密的好几个人都是共产党员。在威因鲍姆家中举行的社交聚会，实际上是美国共产党帕萨迪纳支部122教授小组的集会。钱学森的名字出现在一份1938年的党员名单上，并与一个化名“约翰·德克尔”有关。联邦调查局特工向钱学森调查了他与美国共产党和威因鲍姆的关系。
钱学森否认所有“指控”。他不承认自己曾经加入过共产党。至于他的名字为什么会出现在共产党的花名册上，钱学森说，他对此毫不知情。他从来没有听说过约翰·德克尔这个名字。
此外，钱学森对联邦调查局特工表示，他相信威因鲍姆是忠于美国政府的。与钱学森其他的朋友一样，威因鲍姆或许偶尔会表现出一些左翼倾向，但钱学森并无法确定他们就是共产党。联邦调查局的报告称：“钱学森说，作为一名科学家，他衡量一个人是否忠诚的唯一标准是事实，但对于一个人的忠诚或政治信仰这种无形的东西，事实的标准又不能适用。因此，他拒绝怀疑他的那些朋友。”
但是，美国政府已经对钱学森的忠诚产生了怀疑。钱学森的保密许可证被收回。就在联邦调查局找钱学森谈话的那一天，加州理工学院校方收到了一封来自驻扎在旧金山的美国陆军第六军总部的信件。信上说，钱学森不再被允许参与机密军事项目。对于钱学森来说，这可不是一件小事。按照计划，他本来要为喷气推进实验室和美国航空喷气发动机公司担任顾问，而且经手加州理工学院的保密国防合同。现在那些都变得不可能了。鉴于喷气推进实验室研究项目的90%都属于保密范畴内，保密许可证几乎是在这里工作的必要条件。然而，钱学森知道，政府的行动并不会妨碍他的理论研究，这并不需要保密许可证。
加州理工学院的教职员工听到这条新闻时都感到不敢相信。钱学森，一个共产党员？在有些人眼里，钱学森可能是他们认识的人中贵族气最重的了。而且他不是娶了蒋介石军事顾问的女儿吗？不可能。在加州理工学院的教授里，钱学森可能是最不像共产党的人了。
当联邦调查局的特工离开他的办公室时，钱学森的直接反应是什么？没有人知道。但可以想象，他该是多么的震惊。多年以后，他的朋友们记得，在这段时间里，钱学森对成为这样一条“指控”的对象大惑不解，而且感到被深深地伤害了。这种伤害的程度是如此之深，以至于两个星期后，钱学森发表了一个令人震惊的声明：他将从加州理工学院辞职，返回中国。
当联邦调查局通过加州理工学院的一位情报员获知此事时，他们又找上了钱学森。这一次，是电话问讯。钱学森说，他觉得“除此以外，他已别无选择”。但他同意与联邦调查局的人再次见面。
6月19日，钱学森向联邦调查局递交了一份事先写好的声明文件。他说，在过去的10年里，在美国，他一直是一个受欢迎的客人，而他也生活得很好。他相信，这是一种互惠的关系，因为在“二战”期间，他为美国的科学进步贡献良多。既然现在这种受欢迎的地位已经不复存在，而怀疑的阴影也在他的头上盘旋，那么，最绅士的办法就是离开。
没人知道为什么钱学森决定在这时候离开。关于他的动机的种种猜测在加州理工学院流传多年，而他后来的行动也令这个故事更加扑朔迷离。令事情更加复杂的是，在钱学森返回中国后，在许多事情的叙述上，他都改口了。回过头来看，在当时，这种突然决定离开的做法，只有证实了联邦调查局最初对钱学森的猜疑：他就是一个共产党，或许还是一个间谍。
必须考虑到，钱学森从一开始就是一个极其骄傲的人，而一连串的成功又助长了他的傲慢，使得他有些时候甚至表现得令人无法忍受。他把剥夺了保密许可证这件事当成一种巨大的侮辱，觉得自己“丢了脸”。
在钱学森突然决定离开的背后，也隐藏着另一个更重要的原因。1949年10月新中国成立后不久，钱学森就开始收到父亲钱家治的来信，一封比一封口气更急迫。钱学森的父亲催促他尽快回国，因为自己将接受一个胃部手术。很显然，他也希望能够与从未谋面的孙子孙女共享天伦之乐。
在保密许可证被撤销前，钱学森和朋友们谈起过这些来信，表现得深为内疚。“他不知道该怎么做，”他的朋友马丁·萨默菲尔德回忆道。“看上去，他深为忠孝不能两全而苦恼，我认为，他想要留在美国，他想入籍成为美国公民，但是他必须找到安慰父亲的办法。”
撤销保密许可证这件事改变了钱学森的看法。他对美国的忠诚开始动摇，并且开始怀疑，专注于工作是否令他忽略了身为人子的责任。或许现在正是一个返回中国并待上一段时间的良机也未可知。
或许在那个时候，钱学森最需要的是来自他所信任的导师冯·卡门的抚慰和建议。然而，出任美国政府科学顾问的冯·卡门当时正好在巴黎出差。
