２０００年早春２月，哈尔滨还是一片冰天雪地，孔令辉的奶奶不幸去世。其时，孔令辉正在备战马来西亚世乒赛。按理说，奶奶去世，本应让孔令辉回来奔丧，与奶奶见上最后一面。可是，孔祥智夫妇考虑，儿子是个孝顺的孩子，如果知道实情，情绪肯定波动，必然影响比赛状态，于是决定暂时不通知他。比赛结束后，孔令辉才得知奶奶去世的消息。
每每从国外打比赛回来，孔令辉都要给父母、朋友带些礼物。１９９６年亚特兰大奥运会归来，孔令辉给妈妈买了一个项坠儿。上面的英文写着"天下第一好妈妈"。谷淑霞知道，不善言语的儿子用这种礼物默默地表达着自己对母亲的感情。
孔令辉从小便开始打球，１０多岁便进入专业队训练，上学的那段时光对于他来说，是一生珍藏的记忆。自从进入国家队离开哈尔滨后，每逢新年，孔令辉都不会忘记给自己的班主任寄贺年卡，上面也总是流露着对"恩师"的一片祝福。碰上除夕、教师节他也会想起打个电话问候老师。第４３届世乒赛，孔令辉夺得自己的首个世界冠军之后，他回哈尔滨时，专程回母校为老师和同学们做了一次报告。整个报告中，孔令辉的话非常朴实，他说自己很怀念上学的日子，很感激老师给他的教诲，说着说着他流下了眼泪，话也说不下去了。在座的老师和同学也被他的真挚情感所打动，都流下了眼泪。后来，孔令辉的训练、比赛任务越来越重，他回家乡的次数也越来少，有时好不容易回不一趟，也只能在家待一两天。即使这样紧张，他也会抽出时间到昔日的班主任教师家坐坐，向老师汇报自己的学业和球技。
孔令辉与明星女友马苏的恋情虽然低调，却由于双方公众人物的身份而广为人知。马苏是孔令辉的哈尔滨老乡，她原本是学舞蹈的，从解放军艺术学院舞蹈系毕业后，偶然参加了电视广告的拍摄，由此萌生了学表演当演员的想法。于是潜心钻研，一举考取了北影表演系。
相识时，马苏还是北京电影学院的一名普通学生，而孔令辉已经是国人皆知的"乒乓王子"了。一次，马苏从哈尔滨乘火车去北影上学的时候，突然在车上听到大家喊孔令辉来了，全车厢的人都涌了过去。虽然也感到和世界冠军同乘一车很难得，但马苏却没有去看热闹，她独个坐在那里想，"总有一天我们可以以一种特别的方式见面的"。后来，两人受邀为一个运动品牌拍平面广告，于是就相遇、相识，并一见钟情。"我是幸运的人，可以梦想成真。"说起这句话，马苏一脸幸福。
出道以来，马苏相继出演了《大唐歌飞》、《夏日里的春天》、《红磨坊》等众多影视剧，还在一部名为《我的冠军》的电视剧里扮演了一位奥运冠军的女朋友，她清纯甜美的形象很受人们欢迎。可孔令辉说自己没看过马苏拍的戏，因为她拍的戏不是他喜欢看的类型，"她拍的全是一些偶像剧，我喜欢看大片，像《越狱》、《２４小时》这种片子，我不喜欢那种节奏很慢的片子"。而马苏与孔令辉相恋数年，却不会打乒乓球，也很少去看他的练习。以前，孔令辉当运动员时，马苏看过他的比赛，特别紧张，所以孔令辉就劝她不看比赛，这样就不会跟着着急。
由于马苏常年在外拍戏，而孔令辉以前一直忙于训练，现在又忙于教练的工作，两人相聚的时间少之又少。两人从２００２年展开恋爱，有时都是通过电话传达爱意。在孔祥智眼里，马苏是一个不同于一般的演艺明星的女孩，"她很乖，很清纯，家教很好。马苏的妈妈为了照顾她，辞去了工作到北京陪着她，所以你在她身上看不到娱乐圈明星的坏习气。我和小辉他妈都很喜欢她。"孔令辉的女弟子们也很喜欢马苏，她们非常愿意同马苏一起吃饭，往往这时候，"孔指导"就没有"指导权"了---女孩子们在一起叽叽喳喳，他根本就插不上话，索性就只管低下头吃自己的饭。
很多"文体恋"经常传出各种传闻，但这些绯闻都与孔令辉与马苏无关，"这两个孩子都比较认真，对待感情也都是真心投入，我相信他们会处理好感情问题。"孔祥智说，２００５年世锦赛前夕，传出马苏和孔令辉情变的传闻，也是捕风捉影的事情，"是马苏所在的剧组利用那个时机宣传自己的片子，娱乐圈就那样，也是没办法的事情。"说到结婚的话题，孔令辉表示，如果自己的运动员在２００８年奥运会上夺得金牌，他会选择结婚。
除了对身边人发自肺腑地挚爱，孔令辉也非常热心于社会公益事业。悉尼奥运会之前，孔令辉曾计划，如果他拿了金牌就拿出一部分奖金资助贫困大学生，他对家人说："从长远看，他们发挥的作用更大，对社会能做更大的贡献。"从悉尼回国后，孔令辉在哈尔滨只待了两天半，忙于各种社会活动。去哈尔滨工学院做报告时，孔令辉特意嘱咐妈妈带上４万元钱，准备资助１０名贫困大学生念完４年大学。每到新年之际，谷淑霞都会接到曾受孔令辉资助过的特困生们亲切问候，一声声"孔妈妈过年好"也让她和老伴感到儿子所做的事非常有意义。
在孔令辉的家里，除了他这些年获得的奖杯、奖牌，就是厚厚的球迷来信。以前当运动员时，每次打完比赛回到队里，孔令辉都会收到许多球迷来信，其中又以女球迷的信居多。对待球迷，孔令辉无论训练、比赛如何忙，都要抽时间给球迷回信。天津世乒赛时，孔令辉收到一个信封上画着大大红心的来信，这是山东淄博一位喜爱乒乓球的残疾女孩寄来的。孔令辉立即给这个女孩回信，鼓励她勇敢地面对生活。
１９９８年，长江流域、松花江流域都发生了特大洪水。得知哈尔滨发生了百年不遇的洪灾，孔令辉每天都给家人打电话，询问家乡的灾情。了解到一些乡亲因洪灾而受到损失，他还让妈妈替他捐赠价值１万元的东西，而且叮嘱妈妈不要写名字。谷淑霞拿１万多元钱买了２００件毛衣，装了５个大袋子，在袋子上写上"敬捐家乡灾区人民"，落款是"一个乒乓球运动员"。回家后，谷淑霞给儿子打电话。孔令辉一听母亲说落款的事，他就急了，说这不是让别人看得出是谁捐的吗，应该放下东西就走。尽管受到儿子一通埋怨，谷淑霞还是很高兴，因为她看到儿子的可贵爱心。后来，谷淑霞又从报纸上看到，孔令辉、刘国梁又向南方灾区各捐了５０００元钱。
２００７年，孔令辉与张怡宁、楼云、占旭刚等多位中国奥运冠军应美国野生救援协会之邀而合作拍摄了具有很大影响力、高质量的公益广告片。极少"触电"的孔令辉在剧中亲口告诉大家要保护大象。孔令辉坦言自己非常喜欢野生救援协会"没有买卖，就没有杀害"的宣传语。他觉得保护野生动物的感觉就像保护自己的队员一样，"从心里面就有一种责任感"。"现在，我有幸成为野生救援协会公益宣传片的主角，希望能通过我的微薄之力，让更多的朋友关注野生动物保护，从身边小事做起，参与到野生动物保护的行动中来。"孔令辉说。
对人，对物，孔令辉都很念旧情。天津是他的福地，１９９４年的亚洲锦标赛他在天津获得他的第１个亚洲冠军，１９９５年的世乒赛他在天津拿到自己的第１个世界冠军，１９９６年的总决赛他在天津拿到他的第１个国际乒联总决赛冠军。现在，只要有机会，他每年都要来天津一两次，"因为这里的确承载着我很多美好的回忆"。
