作为独具个人魅力的"乒乓王子"，孔令辉的一举一动被很多人所关注，人们也很关心孔令辉退役后的选择问题，是转行做体育行政工作，或是利用自身品牌做生意，还是像"跳水王子"田亮一样涉足娱乐圈……种种猜测，都在孔令辉发布退役宣言时不攻自破。做教练，也是换一种方式继续自己的乒乓人生。因为爱乒乓球，孔令辉已经与乒乓球为伴２０多年了，他的人生已经注定与乒乓球分不开。荣耀，始于乒乓球；而今，乒乓球成为他不舍的情结。
其实，２００６年春节过后，刚刚度过而立之年的孔令辉就被宣布成为中国乒乓球队的教练兼运动员。孔令辉在跟队里沟通时，主动要求放弃一些世界大赛，将精力放到教练这个岗位。没有世界大赛的压力，自然也没有了训练的动力，孔令辉的训练不再像以往那么系统，而且肩伤总是反复发作，联赛中的战绩也不理想，这也推动孔令辉作出向公众宣布退役的决定。
２００６年１０月１５日，乒羽中心主任刘凤岩宣布国家乒乓球队竞聘会议的结果：孔令辉执教女一队，阎森执教女二队。在乒坛摸爬滚打了２０多年，孔令辉的退役被外国媒体评论为"中国乒乓球界一个时代的终结"。而孔令辉和阎森的上任，也意味着中国乒乓球队少壮派教练在北京奥运会前获得了宝贵的成长机会。
真正开始教练生涯的日子是孔令辉３１岁生日的那天，２００６年１０月１８日。他先在正定基地封闭训练到年底的多哈亚运会，这是实习的两个月。在正定，他分别在每个组都待上了一个星期，听每一位分管教练讲队员的特点。２００７年１月１日，女队主教练施之皓整队之后，宣布了孔令辉正式分管郭跃、姚彦、刘诗雯、木子的消息。
以前作为运动员，一直是在教练管理下训练、比赛，现在自己也当教练管理年轻运动员，孔令辉遇到最大的挑战是，"以前作为运动员很多时候要想的是战术问题，而教练要想的是战略问题。教练的工作更加宏观"。孔令辉如此评价自己现在的职业："好的教练不光是在球场上指导，更重要的还有场外指导，一些人生的规划建议都是很关键的内容。是什么样的运动员就会打出什么样子的球，所以要让我们的队员做一个正直的人。"他说："中国乒乓球历来不缺少天才，但真正打出来的天才却很少。"他也希望弟子们明白这一点，"要想超越自己，必须刻苦训练，踏踏实实地做人"。
作为新生代的教练，孔令辉在执教中有新的武器---书。不光是自己买书送给弟子们阅读，队里给教练员发图书费时，孔令辉也交给她们去买书，让她们从书里汲取营养，丰富自己。从４名队员平时的总结中，孔令辉发现木子爱写错别字，他就让木子买了字典。他还要求队员们把总结中的错别字改正，并且再抄上几遍。
女子技术男性化在国家乒乓球队已经提出很多年了。但是，到女队后孔令辉发现，无论是从身体能力还是从打球意识上，女孩和男孩都有很大差距，有些技术上的要求不那么容易达到自己最初想象的样子。更让他觉得最不可思议的就是在和队员们说自己的想法时候，她们的反馈是"不可能"。当出差深圳的刘国梁发短信问孔令辉感觉如何时，他的回复是："一看女孩儿打球怎么全是漏洞啊！"但是，孔令辉也承认，女子技术男性化正不断地有所成效，"这方面还需要她们慢慢去适应"。
好兄弟刘国梁成为中国乒乓球男队主教练后，一直以管理严格著称。孔令辉说到自己的执教风格，用了"恩威并施"这样的词。孔令辉"强令"女弟子们对他的称呼由原来的"辉哥"而改为"孔指导"。在孔令辉看来，作为教练员"既要保持适当的距离、要有教练的威严，又要在思想上生活上对她们有所帮助"。孔令辉坦言，其实一般情况下他不太和队员发火。尤其是对女孩，没必要天天和她们板着脸。孔令辉笑言："我们本来岁数就差不多，我经常跟她们开玩笑的。"一看到姚彦有长体重的趋势，孔令辉就开玩笑说，"你把矫正用的牙套脱下来再上场，是不是会轻一点"，把女弟子都逗乐了。
现在，孔令辉甚至认为自己带女队可能比带男队更适合，"男队的技术发展我更熟一点，但是他们把我当大哥一样，我没法管理。女队就好一点，虽然在技术和心态上我还需要有个了解的过程，但是我可以在管理上要求更严格一点。"比赛训练时，孔令辉一脸严肃、一丝不苟，要求队员们一定要按照要求去做。郭跃是孔令辉麾下女弟子中成绩最出众的，她的打法符合"女子打法男性化"的国际乒坛发展走势。在不少教练眼中，有"假小子"之称的郭跃很可能成为中国乒坛第２个邓亚萍或王楠。但孔令辉似乎对这位首席门生并不客气，输球了要责骂，赢球了也要数落几句。对此，孔令辉自有道理，"我的任务就是在队员身上发现问题，及时指导调整。"
对于弟子们的不足之处，孔令辉了然于心。他说，媒体的报道把郭跃捧得高了一些，这也造成她的抗压能力不够，在比赛中有时会很浮躁，心态起伏也比较大，容易找不着北。刘诗雯是一个很聪明的队员，但是比赛中存在保守，胆子小的问题。姚彦比较听话，进步得也比较快，但是还需要有所突破。由于经常在不同的大赛中，孔令辉分配给木子的时间比较少，但他也看到木子的弱点是自我要求不太严格。在女弟子眼里，球好人靓的孔令辉绝对是偶像。而且，她们的共识是"只要按照孔指导说的去打，基本上这球就有把握了"。
