曾国藩的目标是南京，他决不放弃努力。他一次又一次被太平军击败，他的大业似乎前途无望，但他无须别人鞭策。他的精神和毅力赢得了最大的崇仰，但他的军事才干很难指望人们的钦佩。不过，曾国藩从来未曾以军人自居，而把自己定位于文官。
在致力于消灭太平军的漫长过程中，曾国藩成了抵抗太平军的象征，他的人格成了忠君报国的凝聚点。直到1860年，他被任命为两江总督，辖区包括安徽、江西和江苏3省，他的地位才有几分非同寻常。在某种意义上他成了军队的最高统帅，但权力范围模糊不清，他主要依靠自己的才干来说服各省官员合作，而不是对他们动用指挥棒。一开始朝廷显然不信任他，把满人官员派到武昌，监视曾国藩及其汉人同事。
从曾国藩离开武昌到攻占南京的军事行动过程，是一个真正的拼图玩具，几乎超越了西方人所能掌握的范围。最难理解的情况之一是，事实上在这一时期，政府的军队一直徘徊在南京周边，从来不曾远离，偶尔还弥合了包围圈。可是，太平军在南京进进出出，大范围地蹂躏各省，给中央政府的军队以致命打击，攻下了几百座围城。他们多次击败包围南京的官军，却未能将之彻底驱散。官军总是很快又返回，如同苍蝇死缠着一罐蜜糖。
太平军不缺兵源，好几年在战场上保持着庞大的部队，但是这场目标明确的、具有凝聚力的反朝廷运动，逐渐蜕变为一个巧取豪夺的口实。他们在攻入内地的第一阶段失去了3个伟大的领导人，这个损失令他们缺乏建设性的纲领，这个纲领本来应该在他们取得最初的军事胜利之后就制订出来。莫尔斯说：
没有听说太平天国政府组建任何形式的文官管理机构，就连南京也没有。它为供养宫廷和军队而征税，办法很简单，即看见什么就收什么。它能靠在公共金库和谷仓中找到的钱币和粮食支撑一阵子，但这种供给总有一天要枯竭，接下来唯一的资源就是剥夺本国的个人财富。太平军攻克和再攻克一座又一座城市，克而不占，只为军事意图驻守几城，每克一次，必定洗劫一遍。他们向本国的各个方向出击，在1853年到1859年之间，打遍了湖北、安徽、江西3省，还涉足江苏西部，搜刮富人们可携带的财富，运到南京和其他有太平军驻守的城市。而太平军没抢走的东西，又被官军拿走了。国家遭到破坏，财富遭到挥霍，元气受到损伤，帝国一度最富庶繁华的城市周边，竟然成了野雉的窝巢。［13］
在这些多灾多难的岁月里，左宗棠一直是湖南巡抚骆秉章的幕僚。他没有真正的官位，只是巡抚的首席军事顾问，没有出现在帝国官员的花名册上。但他设法使自己成为举足轻重的人物。左宗棠说过，起初骆秉章对他看得很紧，但不到1年的时间，骆巡抚遇事总要征询他的意见，通常无不采纳。［14］梁启超说，骆秉章是一个才干平平的官员，能量不大，沉迷于酒色，不大愿意承担本职重任，实际上左宗棠是真正的湖南巡抚。［15］如果此情属实，那么湖南省是幸运的，因为在这乱世之中，该省处于全国最好的巡抚领导之下。
