1937年战争全面爆发。资源委员会面临的首要工作是组织沿海工矿企业内迁。1938年1月，资源委员会接管军事委员会下属的第三部（主管国防工业）、第四部（主管国防经济），以及建设委员会改隶新近成立的经济部。翁文灏出任经济部部长兼资源委员会主委，钱昌照任副主委。自此，资源委员会便与经济部捆绑在一起。
1936年，资源委员会所属的工矿企业仅有21个单位，到了1939年，有67个单位，3年后膨胀至96个。至抗战胜利前夕，达到了121个。 1945年更增为130个。短短9年就扩展了六七倍，其故安在？
首先，国家的融资大量拨给资源委员会。该会资金来源主要依赖政府预算与中国、交通两银行的融资。钱昌照与宋子文关系颇为密切，宋在这段期间内担任中国银行董事长，而交通银行董事长胡筠与宋子文关系又非同一般，宋子文之弟宋子良又为交通银行董事之一，以银行的力量来支持资源委员会，是相当容易的。更何况宋自1940年6月起，被委为蒋介石的私人代表，专司争取美援，影响力提高。资源委员会与之结合，得以迅速发展是可想而知的。当时孔、陈两家都瞅准了资源委员会这块肥肉，想从中分一杯羹。孔祥熙一直想抓住钨、锑两大矿产资源，却没有达到目的，遂对钱氏怀恨在心；ＣＣ系的陈果夫、陈立夫想在资源委员会的各项事业内设立国民党党部，均遭拒绝。据钱昌照在回忆录中说，“资源委员会之所以能和孔、陈对抗，一则由于蒋介石在经济方面往往利用资源委员会牵制孔、陈，二则由于宋子文和孔、陈一向不和，钩心斗角，每当资源委员会和孔、陈发生争执的时候，他总是支持资源委员会的”。因而钱氏与孔、陈的对抗总是占尽上风。翁文灏等资源委员会人员担任经济部高官，主管工商事业，于分配上占尽便宜，使资源委员会在与私营企业竞争时占绝对优势。据统计，资源委员会和其他的公营事业的资本额在1944年达到战前的50倍，在全国总资额中所占的比率，从战前的12％增加到1942年的70％。资金既控制在公营事业手里，政府又实施统制与独占贸易、增税、收藏金银外币等政策， 私营企业必然要凋零破败。当各私营企业纷纷破产之际，资源委员会以国防建设的名义加以并吞，得以及速扩张，成为不可一世的资本大鳄。
对于这一畸形格局的演变，除了孔、陈为一己私利而仇恨外，也引起了社会有识之士的警觉和不满。傅斯年在1947年3月1日《观察》第2卷第1期刊发的《论豪门资本之必须铲除》中，就曾公开提及 “国家资本”这一被歪曲的社会痼疾，除了铁路、航业、银行业等豪门资本外，傅还特地指出：“又有资源委员会号称办理一切重工业，这样发达的国家资本，我们应该几乎要成社会主义国家了，然而内容大大不然。糟的很多，效能二字谈不到的更多。譬如两路局、资源委员会等，你不能说他贪污。但无能和不合理的现象更普遍。推其原因，各种恶势力支配着（自然不以孔宋为限），豪门把持着，于是乎大体上在紊乱着，荒唐着，僵冻着，腐败着。恶势力支配，便更滋养恶势力，豪门把持，便是发展豪门。循环不已，照道理说，国家必糟。”
曾做过资源委员会委员的胡适，在1954年曾借用朋友的话对此作过评论：“中国士大夫阶级中，很有人认为社会主义是今日世界大势所趋；其中许多人受了费边社会主义的影响，还有一部分人是拉斯基的学生。但是最重要的还是在政府任职的许多官吏，他们认为中国经济的发展只有依赖政府，靠政府直接经营的工业矿业以及其它的企业。从前持这种主张最力的，莫过于翁文灏和钱昌照，他们所办的资源委员会，在过去二十年之中，把持了中国的工业矿业，对于私有企业(大都是民国初年所创办的私有企业)蚕食鲸吞，或则被其窒息而死。他们两位(翁文灏、钱昌照)终于靠拢，反美而羡慕苏俄，也许与他们的思想是有关系的。”(《胡适之先生年谱长编初稿》第7册，台湾，经联出版事业公司1984年出版) 沈怡晚年在《自述》中，对钱这一时期的工作也多有批评，认为“资委会的主要负责人经常吃吃喝喝，工作效率不高”云云。钱为此很不高兴。
