各个总支机构的间谍活动基本上是独立于普拉赫的，分别负责一个方面或一个地区或一个国家。它们有自己的经费预算，只是在人事上依靠总部。它们的基本职责是开辟情报渠道，指挥和管理下属机构，接受地方分支机构上报的情报，经筛选后呈送普拉赫。普拉赫的王牌间谍，基本上都是从总支机构发迹的。
地区机构直属总支机构领导，几乎每个德国城市都设有一个地区机构，有的城市还不止一个。地区机构培训情报员，向他们分派任务，对他们进行监督；地区机构在工作上全面支持总支机构，领导下属各分支机构，监督分支机构所招募的情报员及招募程序，并充当总支机构和分支机构之间的联系纽带。在情报搜集上，地区机构对情报员提供的情报进行全面审查，然后把那些认为是真实和有价值的情报往上报。
分支机构是进行间谍活动的前线指挥部，直接负责情报搜集。这个级别的情报机构一般设在中等城市，有的不以城镇来命名，只是给它一个数码代号。分支机构的任务是负责招募、训练和指导情报员以及情报员的工作。它们把原始情报搜集上来，然后报给地区机构。分支机构的负责人同地区机构一样，一般都是由前德军中校或上校担任。
盖伦组织的最低一级机构是地方分支机构，是情报员传递情报的中心，称为分站，主要设在东西德的边界地区和西柏林。这些分站有一个组织员，手下通常有三到五个情报员，这些情报员一般是在东德进行间谍活动。分站的站长级别较低，资历也较浅，大部分是没有从事过情报工作的那些前德军少校。
普拉赫总部以外的所有盖伦组织的下属机构都伪装成商业公司，挂羊头卖狗肉。慕尼黑总支机构设在这个城市的埃米尔—盖茨大街50号，门口挂着“德意志南方工业品销售有限公司”的招牌。不来梅总支机构也叫北部总支机构，设在一幢别墅里，叫什么“乌斯德石油销售有限公司”。汉堡朗根坦格大街街口有一个第十七号分支机构，但自称是“农产品贸易公司”。卡尔斯鲁厄总支机构的代号是“L”，设在该市的格维希大街36号，掩护身份是“齐莱默窗帘生产公司”。
盖伦的情报机关非常复杂，它遍布西德和西柏林各地；它在东德和东方其他国家还有一个庞大的间谍网，数以万计的情报员为各分站、分支机构、地区机构、总支机构和普拉赫总部提供无数的情报。这些情报员长期潜伏在东方地区，或以各种掩护身份来往于东西柏林或东西德之间，不断接受来自普拉赫及其下属机构的任务，向盖伦组织提供各种情报。比如二战结束后，西德情报机构没有无线电，只好利用动物进行联络。他们在格里尼克湖训练了一只大天鹅。特工人员把情报放在小塑料袋里，藏在天鹅翅膀下面，让它从东岸波茨坦游到西岸，然后再带着指示游回东岸。这只天鹅一直老实地履行着职责，从未出过差错。每当天鹅从桥下游过时，不知情的守桥苏联士兵还向这位密使丢面包呢。
