可毕竟时间有些久远，即使抓获富克斯，调查组也难以取得确凿的证据去证明富克斯就是泄密的间谍。于是，英国军情五处最著名的审讯专家威廉·斯卡棠接到上面指派的任务：迫使富克斯招供。斯卡棠叼着烟斗，冷静地看着富克斯，用平缓的语调和他聊起来。斯卡棠暗示富克斯，军情五处已经掌握了他是间谍的证据，他现在唯一能做的就是坦白交待，确认证据为事实。而且他泄密的目的是为了促进世界和平，才让苏联分享这个伟大的科技成果，人们都会理解他的所作所为。斯卡棠同情的话语感动了富克斯，富克斯终于交待了自己如何单枪匹马一次次向苏联传递原子弹的情报，那曾是多么让他引以为豪的伟大行动。
1950年2月2日，英国人以触犯国家保密法的名义对富克斯提出起诉，他被判处14年徒刑。同年，戈尔德也被捕入狱，被判处30年徒刑。那年的年底，富克斯的国籍问题被提交到剥夺国籍委员会。富克斯既没有申辩，也没有请律师为自己辩护，他在写给委员会的信上说，他效忠谁已经不是什么问题，从被捕开始，他就一直很真诚地与有关部门合作。最终，根据内政大臣的命令，委员会以不忠为理由剥夺了富克斯的英国国籍。
在狱中的富克斯非常平静，似乎以前的荣耀和惊险传奇的经历从没属于过他。他经常慷慨地同狱友分享他的香烟和食品，还向他们传授基础科学课程，他的博学多才令大家十分佩服。1959年6月22日，表现良好的富克斯获得减刑，提前释放。在警察的护送下，他乘飞机到了柏林，向当局申请德意志民主共和国国籍，很快便得到批准。同年8月，民主德国宣布任命富克斯博士为德累斯顿附近罗森多尔夫的东德核物理研究所副所长，负责核反应堆的研究工作，年近半百的富克斯再一次开始从事他热爱的物理职业。
不久以后，富克斯同他少年时代的恋人格蕾塔·凯尔松结了婚，终于过上了安稳祥和的家庭生活。后来，所长哈维希教授叛逃到美国，富克斯博士便接替了他的职务，成为民主德国核物理研究所所长，一直默默工作到1979年退休。1993年，前苏联的原子科学家们终于承认，他们的第一颗原子弹主要是根据富克斯提供的情报制造出来的，而这时，富克斯已经去世5年了。对富克斯来说，这是个迟到的奖赏，他若泉下有知，会继续为自己感到欣慰而自豪的。
